Личность шарантонского узника, неуживчивого, вспыльчивого, одержимого идеей преследования, в «Изабелле Баварской» отразилась, возможно, наиболее ярко, нежели в других его романах. Гневный пыл, вкладываемый им в инвективы, которые в письмах своих он обрушивал на всех, кто вызывал его неудовольствие, в «Изабелле» достался историкам, как ныне здравствующим, так и современникам описываемых событий; де Сад обвинил их в необъективности, лени и отсутствии любопытства. Ведь никто из них — кроме него! — не удосужился обратиться к тем документам, с которыми ознакомился он, и поэтому только его история Изабеллы является подлинной. Но автор лукавил: пергаменты сгорели, и проверить, извлек ли он свои факты из архивов или же додумал сам, возможности не было. Но, как известно, маркиз никогда не отказывал себе в удовольствии обмануть своих ближних, особенно когда обман можно было подать в изящной упаковке. Тем более что, по словам автора, в романе ему была важна не столько истина, сколько то «правдоподобие», с каким восполняются «утраченные в цепи событий звенья», ибо «истинное не всегда правдоподобно, но очень редко случается, чтобы правдоподобное не оказалось бы истинным». Лакуны, разрывы в цепочках исторических событий интересовали маркиза более всего остального, иначе «вся история свелась бы к простой хронологии событий». Именно лакуны он заполнял по собственному усмотрению, утверждая тезис о том, что «в то ужасное царствование без участия Изабеллы не пролилось ни единой капли крови, не совершилось ни единого преступления; каждое злодеяние она либо задумывала, либо устраивала его исполнение».

Обратившись к фигуре слабоумного короля Карла VI, де Сад, возможно подсознательно, пытался защитить себя от угрозы безумия, остро осознанной им в Шарантоне, особенно когда к нему вновь вернулась мания цифр, посредством комбинаций которых он в свое время пытался провидеть собственное будущее, и в частности дату своего освобождения. Тогда, в Бастилии, он прибегал к мудреным подсчетам от отчаяния, так как стал узником на основании королевского «письма с печатью» (lettre de cachet), без суда и следствия, а потому срок заключения ему определен не был. Теперь он сознавал, что Шарантон — это навсегда, ибо, во-первых, у него не осталось сил для борьбы за свое освобождение, а во-вторых, борьба вполне могла завершиться его переводом в крепость где-нибудь в глухой провинции, откуда вызволять его будет некому, так как ни его верной супруги, ни старшего сына Луи-Мари уже не было в живых (они скончались, соответственно, в 1810 и 1809 годах), а к Клоду-Арману он доверия не питал. Вынужденный ежедневно общаться с людьми, повредившимися рассудком, и не имея возможности хотя бы иногда покидать пределы лечебницы, он не мог не опасаться наступления безумия. Постоянно выражая сочувствие Карлу, де Сад на протяжении всего романа доказывал, что безумие короля являлось результатом происков Изабеллы, то есть не относилось к свойствам его натуры, а было привнесено извне. Вероятно, таким образом маркиз убеждал себя в необходимости «не доверять врагу», которым при его обостренной мнительности в любую минуту мог стать каждый, кто окружал его. Французской исследовательнице Шанталь Тома пара Изабелла Баварская — Карл VI напомнила августейшую пару Мария Антуанетта — Людовик XVI, какой ее представляли в памфлетах эпохи: коварная преступная королева и добродетельный, но безумный (неумный) король, желающий блага своим подданным, но не знающий, что для этого надо сделать.

Возлагая на Изабеллу ответственность за все несчастья Франции, де Сад одновременно убеждал себя в том, что причиной его собственных злоключений является некто третий, «враг», творящий зло и ненавидящий его исключительно потому, что так его создала природа. Проблемы выживания, видимо, настолько существенно волновали де Сада, что традиционное для него противопоставление преступницы (Изабеллы) и добродетельной девы (Жанны д’Арк) прописано в романе довольно бледно. Сад представил «добродетельную Жанну» готовой пожертвовать собой ради сохранения престола за Карлом. «Какая, однако, разница! — восклицал он. — Жанна хотела умереть за своего короля; Изабелла желала смерти этому королю и заплатила за смерть той, которая хотела умереть за короля». Исторический конфликт, предоставивший автору возможность в очередной раз столкнуть добродетель и порок, решался на политическом поле, а потому гибелью для Изабеллы стал уход из власти, а чистота девы-спасительницы Жанны осталась неоскверненной. Маркиз описывал преступления коварной королевы с позиций возмущенной добродетели, и цензоры не усмотрели в рукописи ничего оскорбительного для общественной нравственности. Так что скорее всего, если бы издатели оказались более расторопными, маркиз смог бы взять в руки томик «Тайной истории Изабеллы Баварской», автором которой значился бы Донасьен-Альфонс-Франсуа де Сад.