Первый кризис случился в конце 60-х гг. XII в. Мы уже говорили об обстоятельствах отречения магистра Жильбера д’Эссайи и о требованиях Конвента на капитуле к магистру выполнить определенные обещания, прежде чем принять его обратно в орден. Разумеется, это были новые условия, и Жильбер отказался признать их, но они были важны. Конвентуальные братья просили, чтобы в будущем магистр не приобретал замков на границе владений сарацин, не обременял финансовое положение Госпиталя излишними расходами и не начинал какое-либо большое предприятие, не поставив их в известность. Когда два года спустя папа Александр III утвердил избрание преемника Жильбера, он одновременно ввел новые ограничения власти магистра, которые вошли в текст его присяги. Вновь избранный магистр должен был придерживаться старых и полезных обычаев ордена. Он не должен был предпринимать каких-либо важных решений без согласия капитула или большей части его членов. Это касалось выборов провинциальных администраций, вопроса приобретения и строительства замков на границе владений сарацин. Ни один брат не был обязан приносить ему присягу лично, но только на собрании капитула, не мог он присягать и кому-либо еще без согласия на то большинства капитула. После кризиса 1170 г. магистр мог решать любой важный вопрос, не получая согласия Конвента, и его действия ограничивались законами, принятыми при его предшественниках.

Следующий важный шаг Генеральный капитул предпринял, вероятно, в 1206 г. во время правления Афонсу Португальского. В 1299 г. до Конвента дошло известие, что Афонсу лишился поста магистра по причине того, что он собрал капитул вне границ Иерусалимского королевства. В XIII в. господствовало мнение, что конвентуальные братья отказались выполнить его приказ и что он не одобрял статуты, принятые капитулом. Мы предположили, что эти истории были частью той же самой традиции и что действия этого Генерального капитула вызвали еще один конституционный кризис: определенно статуты трактовали не в пользу магистра. После своего избрания ему пришлось обещать в присутствии собравшихся братьев, что он будет соблюдать обычаи и статуты Госпиталя и поступать по совету Конвента и придерживаться решений Генерального капитула. И хотя он созывал Генеральные капитулы и председательствовал на них, каждый раз он был обязан следовать предложенному ему совету. Он не имел права голоса при назначении капитулярных бейлифов, хотя формировал выборный комитет и назначал его председателя, который консультировал его по всем вопросам. Участие в работе комитета компаньонов магистра, входивших в него по должности, давало возможность последнему опосредованно влиять на принятие решений. Именно Генеральный капитул был обязан вызывать административных руководителей провинций для участия в судебном разбирательстве. Результаты применения статутов понятны. Права магистров трактовались ими не в его пользу. Магистр был связан в своих действиях присягой, которая предполагала коллективное управление, и магистр не мог непосредственно контролировать назначение руководителей своей администрации, высшей инстанцией для которых был Генеральный капитул.

Однако на власть магистра не посягали вплоть до 70-х гг. XIII в. Несомненно, что их личная власть усилилась во второй половине XIII в. Мы уже видели, что орденский обычай позволял брату требовать суда капитула, если распоряжение магистра казалось ему незаконным. Когда появился подобный обычай, сказать трудно. Но он нашел отражение в первом статуте, принятом Генеральным капитулом в 1206 г. В это же самое время было принято решение о проведении проверок деятельности магистра на предмет превышения им властных полномочий. Однако в 1265 г. Генеральный капитул под председательством Гуго де Ревеля постановил, что если магистр отдаст какой-либо приказ брату в Европе и тот попросит высказать свое мнение о нем компаньонов магистра или потребует судебного разбирательства, то в таком случае его принудят прибыть на Восток и сложить с себя сутану. Он сможет снова надеть монашеское облачение, если смиренно попросит о прощении. Этот статут делал фактически невозможным подвергнуть сомнению приказ магистра, в противном случае это привело бы к подаче жалобы на брата в суд при магистре. Статут был отражением концепции об абсолютной власти магистра, с которой было покончено в 1299 г., и сделано это было руками конвентуальных бейлифов. Сила магистров росла в годы молчания, которые последовали за принятием статутов 1206 г.; но послание Конвента 1296 г. заставляет думать, что авторитаризм был относительно недавним явлением. Конвентуальные бейлифы жаловались, что Одон де Пен и его предшественники поступали антиконституционно, не обращая внимания на статуты и указы. Братьев отзывали на Восток без консультаций с Конвентом, распоряжения, зачастую бессмысленные и произвольные, противоречили друг другу. Магистры не настаивали на обязательном выполнении статутов Генерального капитула. Приоров вызывали вскоре после их назначения, и без их ведома отдавались распоряжения их подчиненным. Более того, участились случаи коррупции. На приорства смотрели как на магистерские коменды, что означало, что их доходы шли только магистру. Многие дома и коменды находились непосредственно в ведении магистров ради получения с них доходов для личных нужд. С приорств требовали уплаты дополнительных налогов и вассальной дани, что поставило их на грань разорения. Магистры забирали себе то, что по праву принадлежало капитулярным бейлифам, и они были расточительны в своих тратах ради достижения временной славы. По-видимому, Гуго де Ревель был первым из целого ряда волевых и самодержавных магистров.

Однако было бы ошибочным полагать, что на своем пути к власти они не встречали никаких препятствий. В одном очень важном аспекте Конвенту удалось ограничить магистрам свободу действий. Мы уже упоминали о свинцовой висячей печати магистра, которая первоначально была печатью Госпиталя. Но с 1239 г. Конвент начал пользоваться своей печатью. Позднее на ее лицевой стороне появилось изображение магистра и бейлифов в молитвенном предстоянии кресту, а обратная сторона выглядела точно так же, как и обратная сторона свинцовой печати магистра. Однако вполне возможно, что уникальная печать на документе 1221 г. была той самой оригинальной печатью Конвента. На ее лицевой стороне был изображен Пасхальный Агнец, несущий Крест и Хоругвь с надписью Sigillum S. Johannis, по окружности. На обратной – тщательно прорисованный Крест с надписью Hospitalis IHRXM. Генеральный капитул 1278 г. одним росчерком пера лишил печать магистра юридической силы. Его решение придало законную силу печати Конвента, которой должны были скрепляться все документы дарений, продаж, все виды обязательств, компромиссные соглашения должника с кредитором, акты о смене собственника и доверенности. Печать должна была храниться у казначея, но магистр и Конвент могли ею пользоваться только совместно. Генеральный капитул 1302 г. пошел еще дальше, приняв постановление, что скреплять документ печатью можно будет только в присутствии писаря Конвента, Главного командора, маршала, госпитальера и казначея или их заместителей и только после достижения соглашения на капитуле. В XIII в. эволюция конвентуальной печати имела место в истории многих монашеских общин. Во многом это было следствием попыток госпитальеров воспрепятствовать самовольным действиям магистра. О том же говорит и постановление Генерального капитула 1283 г. о необходимости ежемесячной ревизии казначейства в присутствии представителей конвентуальных братьев. Тем не менее эти меры были недостаточны для того, чтобы пресечь злоупотребления властных магистров.