Уже в начале августа 1918 года Кирстой были найдены и 7 августа опрошены важнейшие свидетели. Среди них – бывший охранник «дома особого назначения» Летемин и жена начальника караульной команды, стерегшей семью царя, Мария Даниловна Медведева. Оба они достаточно подробно и почти одинаково описали картину расстрела всей царской семьи в подвале дома Ипатьева. Мария Медведева узнала об этом от своего мужа, который якобы присутствовал при казни и даже был в числе палачей, а Летемин обо всех событиях узнал от товарища по охране дома Ипатьева Андрея Стрекотина. Стрекотин стоял на посту у пулемета возле комнаты, в которой происходил расстрел.

Кирста проводил обыски и в доме Ипатьева, и в других местах, где обнаружилось множество предметов, принадлежащих царской семье. Также он выезжал и в район Ганиной ямы – взглянуть на работу команды, пытавшейся отыскать там трупы расстрелянных.

Но чем дольше Кирста вникал в суть полученных им сведений, тем большие сомнения им овладевали. Он был опытным юристом, некоторые обстоятельства, вскрывающиеся в ходе расследования, настораживали его. В духе французской революционной традиции большевики обычно предъявляли рабочим комиссиям трупы наиболее видных расстрелянных «врагов трудового народа». В случае с семьей императора все было иначе. Когда Филипп Голощекин на собрании торжественно объявил о расстреле Николая Кровавого, из зала сразу же раздались выкрики, требующие предъявить тела. «Товарищ Филипп» явственно смутился и увел разговор в сторону.

Тщательный осмотр шахт и окрестностей Ганиной ямы показал, что, вероятнее всего, там только сожгли одежду узников «дома особого назначения», причем и такие части гардероба семьи Николая Романова, которые никак не могли быть на узниках, приведенных в предполагаемую расстрельную комнату (например, шинель наследника престола Алексея и его ранец). А вот следов уничтожения или захоронения тел здесь практически обнаружено не было. Найден был только аккуратно отрезанный палец, принадлежность которого императрице, как это иногда утверждают, весьма сомнительна.

10 февраля 1919 года произошло первое странное событие, косвенно подтверждающее возможность того, что кому-то из членов царской семьи удалось выжить. Кирста, к тому времени помощник начальника Военного контроля штаба 1-го Средне-Сибирского корпуса, в качестве свидетеля допросил жителя Перми, некоего доктора Уткина Павла Ивановича, который по делу императорской фамилии показал, что в последних числах сентября 1918 года он был срочно вызван в вечернее время, между 5–6 часами, для оказания медицинской помощи. Войдя в помещение, занятое больной, он увидел лежащую на диване молодую особу, темную шатенку со стрижеными волосами. Возле нее находилось несколько мужчин и одна женщина, блондинка, на вид 22–24 лет. По просьбе врача все мужчины ушли. Женщина же, бывшая с больной, осталась, мотивируя это тем, что ее присутствие мешать врачу не может.

Когда ее спросили, кто она такая, больная слабым голосом ответила, что она дочь государя Анастасия. После сказанных слов больная потеряла сознание.

При осмотре удалось обнаружить следующее: больших размеров кровяную опухоль в области правого глаза и разрез в несколько сантиметров (1,5–2) в области угла правой губы. Каких-либо других изменений на голове и груди обнаружить не удалось.

Приглашенный медик наложил пострадавшей повязку и выписал лекарства, после чего его попросили покинуть помещение.

В конце лета и осенью 1918 года царская семья, кроме, возможно, самого императора, находилась в Перми. Об этом рассказала капитану Кирсте одна из свидетельниц. Она сообщила следствию, что семья государя была привезена в Пермь в сентябре и помещена сначала в доме Акцизного управления под не слишком строгим надзором, после чего через некоторое время государыню с дочерьми перевели в подвал дома, где находятся номера Березина, и там держали под строгим караулом.

Кроме того, женщина рассказала, что однажды во время дежурства ее брата, который охранял подвал номеров Березина, она зашла туда, и в полумраке, царившем вокруг, увидела императрицу и трех ее дочерей, лежащих на тюфяках на полу. Волосы у двух девиц были острижены. Одна из княжон сидела на тюфяке, на котором вместо подушки лежала солдатская шинель. У государыни поверх шинели находилась маленькая думка. Караул размещался в той же комнате, где и арестованные.

Караул был усилен, и вообще был введен строгий режим содержания заключенных после того, как одна из великих княжон бежала из Акцизного управления или из подвала. Бежавшая княжна была поймана за Камой, избита красноармейцами и позднее привезена назад. Свидетельница говорила, что предполагаемая царица и ее дочери, находившиеся в подвале, были чрезвычайно истощены и имели болезненный вид.

О предполагаемом маршруте на Пермь по горнозаводской линии поезда, в котором могла находиться царская семья, рассказали двое свидетелей: кондуктор Омской железной дороги и ревизор хозяйственного вагона. Они сообщили, что 19 июля 1918 года на станцию Екатеринбург поступило требование о срочной подготовке экстренного поезда из двух классных вагонов и одного крытого. Поезд ушел из Екатеринбурга 20 июля, и в нем были замечены государь и его жена.

Вскоре приказом сверху Военному контролю было запрещено заниматься расследованием судьбы царской семьи; все материалы необходимо было передать следователю Соколову. Кирста настаивал на том, чтобы ему было разрешено участвовать в дальнейшем расследовании, его активно поддержал товарищ прокурора Пермского окружного суда Л. Тихомиров. Он даже направил по инстанции документ о том, что считает совершенно необходимым дать возможность Кирсте закончить начатые розыскные работы. К сожалению, дальнейшие следственные действия, судьба и обстоятельства смерти Александра Федоровича Кирсты исследователям неизвестны.

17 января 1919 года надзирать за расследованием дела об убийстве царской семьи Верховный правитель России адмирал Колчак назначил главнокомандующего Западным фронтом генерал-лейтенанта М. К. Дитерихса. 26 января Дитерихс получил подлинные материалы следствия, проведенного Наметкиным и Сергеевым. Приказом от 6 февраля 1919 года расследование было возложено на белогвардейского следователя по особо важным делам Омского окружного суда Николая Алексеевича Соколова.

Пытаясь отыскать захоронение царской семьи, Соколов посетил Поросенков лог. Ему удалось найти остатки кострища. Он даже обратил внимание на мостик из шпал, но не догадался заглянуть под него, тем более что рядом с переездом № 184 имелось еще одно подобное нагромождение. Времени для необходимых тщательных исследований у белых уже не оставалось (для обеспечения результата, по мнению Соколова, Поросенков лог следовало перекопать вдоль и поперек). Это очень важная деталь, ибо именно на том факте, что при первом заходе не удалось обнаружить тела членов расстрелянной императорской семьи, позднее будут строить свои теории так называемые «спасшиеся Романовы».

7 февраля Соколову в Омск были переданы по приказу Дитерихса подлинные документы и вещественные доказательства по делу о семье императора. С 8 марта по 11 июля Соколов продолжил следственные действия в Екатеринбурге, а затем по приказу Дитерихса он выехал из Екатеринбурга (11 июля 1919 года) и вывез все акты подлинных следственных документов вместе с вещественными доказательствами.