Ни один поступок Цезаря нисколько не устрашил александрийцев. Гонцы спешили во все города Египта, призывая восстать заодно против ненавистных римлян. Тысячи людей по всему городу собирали оружие и боеприпасы. Буквально за ночь по всей Александрии открылись десятки мастерских, где ковали копья, мечи и другое оружие. Богатые люди даже вооружали доверенных рабов и поручали последним нести дозор в стратегических точках города, а солдат, прежде стоявших на карауле, посылали на передовую. На улицах города появились баррикады высотой до сорока футов, а у низких домов александрийцы выстроили высокие башни, чтобы с них обстреливать римлян. Кроме того, они соорудили подвижные башни, которые можно было передвигать с помощью лошадей в нужное место. Таким образом, александрийцы не только защищали свои укрепления, но и нападали на неприятеля.

При этом горожане не только готовились к обороне, но и при всяком удобном случае дерзко нападали на римлян. Будучи искусными мастерами, что, пусть неохотно, признавали сами римляне, они без труда воспроизводили все виды вооружений, применявшиеся врагами, и все их воинские приемы. И даже когда сражение разгорелось, они продолжали обсуждать эти приемы и тактику. Споров было много, но все соглашались, по крайней мере, в одном — врага необходимо разбить:

Александрийцы хорошо понимали, что они обязаны разбить войско Цезаря до подхода к римлянам подкреплений.

Пытаясь сломить сопротивление римлян в городе, Ахилла также распорядился атаковать римский флот, стоявший в гавани близ дворца, а затем и захватить саму гавань, чтобы отрезать Цезаря от ожидавшихся подкреплений. Римляне отбили атаку, повредив немало вражеских кораблей. Но затем Цезарь понял, что ему не удержать малыми силами все свои корабли и приказал большую часть их сжечь. Огонь с кораблей перекинулся на дома, склады, а затем на стоявшую на возвышенности библиотеку, равной которой не было во всем мире. Ученые до сих пор ведут спор, сгорел ли при том пожаре весь ее фонд, но даже если сгорела только часть ее папирусных свитков, то и эта потеря невосполнима.

Затем Цезарь на оставшихся кораблях высадил свое войско на Фаросе, острове, лежащем у входа в гавань. Захватив Фарос, Цезарь поставил там гарнизон, обеспечив тем самым безопасный подход ожидавшихся подкреплений. Хотя Цезарь не пишет об этом в своих трудах, но, оказавшись на Фаросе, он, должно быть, поднимался на верхнюю площадку знаменитого маяка, чтобы полюбоваться открывавшейся перспективой.

Тем временем Арсиноя, младшая дочь Птолемея XII Авлета и сестра Клеопатры, отправилась в стан Ахиллы вместе со своим наставником евнухом Ганимедом. Цезарь намеревался сделать Арсиною и ее брата Птолемея XIV, младшего из детей Птолемея XII, подвластными ему правителями Кипра, но Арсиноя надеялась овладеть вакантным престолом в Александрии. Она, как и ее сестра Клеопатра, была умной, напористой и расторопной особой и намного превосходила решительностью и хваткой своих неуверенных в себе братьев. Ахилла вскоре осознал, что Арсиноя хочет присвоить себе верховную власть. Между ними начались распри, и Арсиноя, заручившись поддержкой войска, приказала убить своего соперника. После смерти Ахиллы войском от имени Арсинои стал командовать Ганимед.

Возглавив войско, Ганимед пришел к мысли, что можно значительно ухудшить положение неприятеля, если отрезать его от пресной воды. Питьевая вода подавалась в Александрию из Нила по подземным каналам с отводами в каждый дом. Войско Цезаря стояло в северной части города, куда вода подавалась в последнюю очередь. Не имея возможности перекрыть все каналы, ведущие в эту часть города, Ганимед приказал закачивать в них воду из моря. Солдаты Цезаря поначалу никак не могли понять, почему вода стала солоноватой, но когда вода стала совсем негодной к употреблению, они уразумели, в чем дело.

Солдаты могли долгое время недоедать, но обойтись без воды были не в состоянии и потому впали в панику и потребовали от Цезаря уйти из Египта. Цезарь воспринял это требование не с гневом, как было несколько лет назад, но с пониманием: он объяснил, что отход невозможен — и не нужен. Ведь они не смогут оставить свои позиции незаметно, и, едва лагерь начнет сворачиваться, александрийцы преодолеют возведенные баррикады и не дадут погрузиться на корабли. Тут не Галлия с ее холмами и лесами, где можно укрыть армию, но равнина, отлично просматриваемая с городских стен. В любом случае Ганимед им не угроза. Александрийцы черпают воду из Нила, поскольку в городе слишком много жителей, чтобы напоить всех из колодцев; но нас-то, сказал он солдатам, куда меньше, а потому нам хватит и колодцев. Римляне приободрились и принялись копать. К утру они получили воду.

Солдаты Цезаря воспрянули духом, а вскоре еще более ободрились, когда узнали, что к побережью Египта подошли корабли Домиция Кальвина с продовольствием и оружием на борту. Однако Домиций пришел в Египет на парусниках (арендованных у купцов) и из-за сильного восточного ветра до Александрии дойти не смог и бросил якорь в нескольких милях западнее, в ожидании попутного ветра. Узнав об этом, Цезарь решил с помощью своих гребных кораблей привести флот Домиция в город. Он сел на корабль и велел всему флоту следовать за собой, но войско оставил в Александрии, чтобы держать оборону.

Добравшись до стоявшего на якоре флота Домиция, Цезарь взял эти корабли на буксир и при слабом противном ветре пошел обратно в Александрию. Во время встречи с Домицием Цезарь послал гребцов за водой, и несколько человек, отдалившихся от берега моря, были захвачены неприятелем. От них александрийцы узнали, что у Цезаря нет на борту солдат, и, решив воспользоваться благоприятной возможностью, вывели весь свой флот навстречу неприятельским кораблям. Один из кораблей Цезаря, укомплектованный родосскими моряками, отбился от строя; александрийцы решили начать с него и атаковали родосцев силами нескольких кораблей. Цезарь поначалу решил, что раз родосские моряки сами виновны в том, что отбились от строя, то пусть они сами и отбиваются, но увидев, что родосцы храбро дерутся, поспешил им на помощь. Бой закончился полной победой римлян: противник потерял два корабля и большое число людей.

Александрийцы были удручены поражением, тем более что потерянные в сражении с Цезарем корабли были не первыми, утраченными в боях. За несколько последних недель римляне уничтожили большую часть их флотилии. Александрийцы считали себя искусными моряками и со страхом спрашивали себя: если мы не смогли одолеть римлян на море, то разве сумеем победить их на суше?

Ганимед понимал, что подобные настроения гораздо опаснее реально существовавшей римской угрозы, и потому во всеуслышание уверил александрийцев, что они построят новые корабли, да еще лучше тех, что имели, и тогда навеки изгонят коварных римлян из независимого Египта. И александрийцы принялись за строительство кораблей. Им не хватало леса, и тогда на изготовление весел пошли стропила общественных зданий, крыши которых пришлось снести. Кроме того, александрийцы стали чинить старые корабли, давно стоявшие на причале, а с Нила привели в город сторожевые суда. Александрийцы работали с огоньком и за несколько дней, вопреки ожиданиям, построили двадцать семь кораблей. Конечно, это не были корабли океанского плавания, но в прибрежных водах они представляли собой грозную силу.