В Дальней Испании Квинт Кассий Лонгин, назначенный Цезарем наместником этой провинции, своей непомерной жадностью и стяжательством настолько возмутил местное население, что испанцы восстали и изгнали его из страны.

Но наибольшую озабоченность Цезаря вызвало положение в Малой Азии. Фарнак, сын Митридата Великого и царь Боспорского государства, высадился на южном берегу Черного моря и разбил армию легата Цезаря, Домиция Кальвина, усиленную войском тетрарха Галатии Дейотара. Домиций торопился к Цезарю в Египет и потому схватился с врагом, толком не подготовившись. Он потерял большую часть войска, но сам сумел бежать и укрылся в римской провинции Азия. Одержав эту победу, Фарнак занял Понт, бывшее отцовское царство, и истребил римское население.

Тревожило Цезаря и положение в Риме. К тому времени (после победы при Фарсале) Цезарь был объявлен диктатором, но в его отсутствие Римом управлял Марк Антоний, действовавший по отношению к неугодным с позиции силы. В городе было множество нерешенных социальных проблем, включая извечные распри между должниками и кредиторами. Однако вместо того, чтобы заняться городскими делами, Антоний убыл в Кампанию, где зрело недовольство солдат, расквартированных близ Неаполя. Во время его отсутствия в Риме начались беспорядки: погромы, грабежи и насилия. Когда Антоний вернулся, сенат его обязал навести в столице порядок любыми средствами. По мнению Марка Антония, для этого следовало ввести в город войска и истребить сотни римлян, озлобленных своим бедственным положением, а зачинщиков беспорядков сбросить с Тарпейской скалы (отвесного утеса с западной стороны Капитолийского холма).

Происходившие в Риме события встревожили Цезаря, и все же прежде чем вернуться в столицу, он решил первым делом побывать в восточных римских провинциях, чтобы навести там порядок и обеспечить их безопасность. Успехи Фарнака наглядно продемонстрировали, что нестабильностью в римских провинциях и в землях, союзных Римскому государству, могут воспользоваться агрессоры и, прежде всего, Парфянское царство. Во время посещения восточных земель Цезарь также намеревался наградить тех людей, кто верно служил ему, и, что было совсем не лишним, пополнить свои денежные ресурсы.

Сначала Цезарь посетил Палестину, совершив длительный переход вдоль побережья Средиземного моря. Там он подтвердил права Гиркана II на царский престол и сан первосвященника, а Антипатру даровал статус римского гражданина. Этот статус получил и сын Антипатра Ирод. Цезарь, должно быть, встречался с этим молодым человеком, ставшим впоследствии царем Иудеи, который в пору своей всесильности придал новый блеск Иерусалимскому храму и с именем которого связана евангельская легенда об избиении младенцев в Вифлееме и «во всех пределах его».

В провинциях и землях по пути своего следования Цезарь собирал деньги, обещанные ими раньше Помпею за покровительство, а в Тире опустошил храм Геркулеса. Он также поощрял восточный обычай вручения золотых венцов проходящим через город победителям. Цезарь взимал эти поборы, как говорит его биограф Дион Кассий, не из корысти, а для содержания армии. Сам Макиавелли одобрил бы прямоту Цезаря по этому поводу:

Затем Цезарь побывал в Сирии, где уладил распри и разногласия между местными официальными лицами. Сирия граничила с Парфией, и Цезарю было необходимо обеспечить стабильность в этой провинции, равно как и ее безопасность. Проведя в Сирии несколько дней, он поставил во главе местного войска своего друга и родственника Секста Юлия Цезаря, а сам отправился в Киликию. Остановившись в Тарсе, главном городе этой провинции, Цезарь вызвал к себе представителей всех местных общин, а также людей, ранее поддерживавших Помпея, а затем отрекшихся от него после поражения полководца. Среди последних был Гай Лонгин Кассий, бывший командующий флотом Помпея (впоследствии возглавивший заговор против Цезаря). За Кассия вступился Брут, его шурин, и Цезарь благосклонно его простил. И напрасно, ибо, по словам Цицерона, Кассий уже тогда замышлял убить Цезаря.

Оставив Киликию, Цезарь прибыл в Галатию. Там к нему явился тетрарх Дейотар с покорной просьбой его простить за поддержку Помпея, к которой его принудили силой. Далее он сказал, что не его дело вмешиваться во внутренние дела Римского государства, союзником которого он неизменно являлся, а примкнул он к Помпею лишь потому, что в то время в его краях начальствовали Помпей и его сторонники и он был вынужден им подчиниться.

Цезаря пояснение Дейотара не убедило. Он заявил ему, что тот, принимая решение присоединиться к Помпею, должен был знать, что выступает против законной власти, ибо Цезарь в то время являлся одним из консулов. Все же Цезарь не стал наказывать Дейотара, оставив за собой право рассмотреть его дело в будущем, и лишь потребовал от него передать ему свое войско, которое и включил в свою армию.

Укрепив свою армию, Цезарь в августе 47 года направился в Понт, царство на севере Малой Азии. К тому времени в Понте воцарился Фарнак, сын Митридата Великого, разбивший войско легата Цезаря Домиция Кальвина. Когда Цезарь неожиданно появился у Зелы, города близ побережья Черного моря, Фарнак послал к нему своих представителей, которые сообщили, что царь Понта настроен миролюбиво и его единственное желание — сохранить независимость отцовского царства. Далее они подчеркнули, что Фарнак никогда не оказывал помощи помпеянцам. В заключение послы попросили Цезаря не предпринимать против Понта военных действий. Цезарь не внял их просьбе, заявив, что не может заключить мир с правителем, который, захватив Понт, истребил проживавших в стране римских граждан.

Фарнак и Цезарь стали готовиться к сражению. Холмистая местность определила их диспозицию: оба войска заняли по холму, отделенному друг от друга глубокой долиной протяжением около мили. Когда римляне еще занимались укреплением лагеря, производя шанцевые работы, Цезарь неожиданно увидел, что солдаты противника спускаются по крутому склону в долину.

Действия Фарнака привели Цезаря в изумление: ведь если противник намерен атаковать римский лагерь, солдатам Фарнака придется взбираться в гору, что поставит их в трудное положение. Вероятно, Фарнак просто хочет продемонстрировать свою силу и в долине остановит солдат. Однако солдаты противника тем же шагом, каким спускались в долину, стали подниматься на холм, занятый Цезарем. Не ожидая такой атаки, Цезарь был застигнут врасплох. Ему пришлось срочно отозвать солдат от работ и выстраивать войско. Римляне пришли в замешательство. Оно еще более увеличилось, когда их стали атаковать четырехконные царские колесницы с серпами. Но постепенно римляне обрели спокойствие духа и, восстановив боевой порядок, стали теснить противника, пользуясь своим более выгодным положением на холме. Солдаты Фарнака начали отступать по крутому склону холма, сбивая с ног тех, кто подпирал их сзади. В результате ожесточенного рукопашного боя римляне разбили противника. Цезарь настолько обрадовался быстрой победе, что позволил солдатам разграбить Зелу.