В 16 часов 27 сентября корабли вышли из порта, а с ними вместе портовый буксир, танкер «Вектор», судно-толкатель, судно «Радуга» и катера «Амтхел», «Псоу», «Капитан Почулия». Так как на них тоже находились беженцы, контр-адмирал Михальченко решил взять их под свою защиту, что вызвало недовольство абхазской стороны, которая выразила протест по поводу ухода принадлежавших ей судов. Командование отряда на этот раз изменило маршрут, пойдя вдоль берега, чем поначалу сбило с толку абхазских моряков, пытавшихся перехватить отряд в открытом море, памятуя о маневре отряда в прошлый раз. Опомнившись, катера бросились нагонять отряд, но, когда они приблизились, отряд повернул вправо, имитируя выход из тервод, и опять сбил их с толку.

Высадку было решено произвести в два этапа, чтобы избежать столпотворения в Поти. Когда до Поти было уже недалеко и абхазские катера стали отставать, в порт, увеличив скорость, направился «БДК-69». Но едва десантный корабль стал удаляться от отряда, его стали нагонять катера абхазов, и ничего не оставалось, как вернуть «БДК-69» в состав отряда, тем более что по корме у замыкавшего строй и обеспечивавшего прикрытие каравана МТЩ «Снайпер» на дистанции 4–5 кабельтовых упали несколько снарядов. В ответ на это флагман дал на «Снайпер» команду – открыть предупредительный огонь. На катера передали, что они взяты на сопровождение радиолокационными станциями, и если они не прекратят стрельбу, будет открыт огонь на поражение. После этого катера ушли. Было вывезено 7597 человек (по другим данным 7507 человек), из них на БДК «Константин Ольшанский» – 2523 человека, включая 1200 женщин.

Разгрузившись в Поти, корабли отправились в третий рейс. Панорама Сухуми представляла собой страшное зрелище: над развалинами стелился дым от пожаров, гремели выстрелы и взрывы. Стоянка у пирсов и берега стала еще опасней, поэтому беженцев решили принимать только на плаву. Это затянуло посадку, и лишь в 22 часа корабли начали движение и без дальнейших задержек доставили беженцев в Потийский порт. Утром 29 сентября русские моряки завершили третью операцию по вывозу беженцев, в ней среди прочих были задействованы большие десантные корабли «Константин Ольшанский» и «БДК-69», а также сторожевой корабль «Ладный» проекта 1135. Они эвакуировали 2818 человек (по другим данным – 2901 человек), 162 из которых были ранены.

Шесть дней и ночей черноморцы занимались эвакуацией беженцев из Сухуми, вывезя 13 781 человека (количество беженцев в разных публикациях различаются). В операции участвовали большие десантные корабли «Константин Ольшанский», «БДК-69», сторожевой корабль «Ладный», минный тральщик «Снайпер», спасательные суда «Эпрон» и «ГС-402» проекта 872, средний морской танкер «Свента» типа «Дубна». В сентябре – октябре 1993 г. поисково-спасательный корабль «ПСК-137» Черноморского флота обеспечивал ход эвакуации беженцев из Сухуми.

В первой половине октября корабли Черноморского флота, участвовавшие в эвакуации, вернулись в Севастополь. За участие в операции 24 наиболее отличившихся военных моряка были представлены к наградам.

27 сентября малый десантный корабль на воздушной подушке «МДК-93» проекта 1232.2 Черноморского флота доставил в район грузинского города Очамчира морской десант в составе разведгруппы отдельного разведбатальона морской пехоты Черноморского флота под командованием старшего лейтенанта А.В. Белявского. Морские десантники способствовали выводу из района боевых действий десантно-штурмовой роты российских миротворческих сил. Пятьдесят десантников ВДВ были эвакуированы с морского побережья и доставлены в район города Гудаута. Эвакуация проходила на фоне продолжавшихся боевых действий, обе стороны вели беспорядочный огонь, угрожавший безопасности десантников и морских пехотинцев. Во время эвакуации катер без опознавательных знаков четыре раза обстрелял «МДК-93». К счастью, обошлось без жертв среди моряков.

Для моральной поддержки грузинских войск и для собственного пиара в Сухуми в июне 1993 г. прибыл сам Эдуард Шеварднадзе. Оказавшись в окруженном городе, Шеварднадзе обратился за помощью к американскому президенту Клинтону. А тот в свою очередь, попросил Ельцина спасти Эдуарда Амвросиевича. Если верить СМИ, в Сухуми Шеварднадзе побожился Ельцину, что Грузия вступит в СНГ.

По приказу Ельцина Черноморский флот обеспечил эвакуацию Шеварднадзе, войдя в прямое огневое соприкосновение с абхазской стороной. В операции был задействован «МДК-93». Подробности в декабре 1993 г. рассказал корреспондент «Красной Звезды» Владимир Пасякин: «Черноморцам была поставлена задача эвакуировать из Сухуми главу грузинского государства на десантном корабле на воздушной подушке типа „Зубр“. Обязанности командира на этом „летающем“ корабле исполнял начштаба дивизиона капитан 3-го ранга Сергей Кременчуцкий, старшим на борту был комбриг капитан 1-го ранга Виктор Максимов. Однако в указанном месте и в указанный час „Зубр“ дважды был встречен буквально шквалом огня. В то же время Шеварднадзе совсем другим путем покинул Сухуми. Была ли в этом случае утечка информации или же черноморцев специально подставили – время покажет».

Спустя семь лет ситуацию прояснил на страницах «Независимой газеты» (за 25 января 2000 г.) командующий береговыми войсками и морской пехотой Черноморского флота в 1987–1995 гг. генерал-майор Владимир Романенко: «В сентябре 1993 года Шеварднадзе отправился в Абхазию, решив на месте ознакомиться с ситуацией. Однако в результате активных действий абхазских вооруженных сил президент Грузии оказался блокирован на Сухумском аэродроме. Положение было критическим – аэродром был окружен со всех сторон „шилками“, охрана Шеварднадзе из последних сил отбивала наступление абхазских вооруженных формирований.

За развитием ситуации внимательно следили в Москве и Верховный главнокомандующий Ельцин, и министр обороны Павел Грачев. Задача обеспечить вывоз Шеварднадзе из Абхазии была поставлена непосредственно Грачевым. Из Севастополя в срочном порядке вышел высокоскоростной десантный корабль „Зубр“ на воздушной подушке под командованием капитана первого ранга Максимова. На корабле находилась рота морской пехоты, которую возглавлял полковник Корнеев. Руководил операцией непосредственно с командного пункта командующий флотом Эдуард Балтин, я находился рядом с ним.

В Сухуми в это время находилась рота ВДВ, но у нее к тому времени кончались боеприпасы и продовольствие, и она не могла оказать влияния на ситуацию. Планировалось, что воздушно-десантная рота выведет Шеварднадзе на берег и посадит на корабль. Естественно, все абхазские зенитные средства стояли вокруг аэродрома в ожидании взлета самолета Як-40 с Шеварднадзе на борту.

Надо сказать, что шум двигателей десантного корабля напоминает шум реактивного самолета. „Зубр“ подошел ночью к берегу, и абхазы решили, что их атакует мощное российское авиационное соединение. Все средства ПВО были выведены на берег.

С корабля было видно сплошную линию огня, и к берегу подойти было невозможно. Корабль сделан из легко воспламеняемых сплавов и может получить пробоину, ведь стреляли прямой наводкой. „Зубр“ несколько раз уходил обратно в море. Корабль все время менял направление ожидаемой высадки, кроме того, ночью его видно не было, слышно только мощный рев. Корабль всеми своими средствами вел огонь на поражение по берегу. Абхазские формирования, не понимая, с кем ведут бой, то пытались отражать удары авиации, то препятствовали высадке морского десанта. Воспользовавшись отвлечением сил и средств абхазской ПВО, пилоты Шеварднадзе подняли Як-40 и на очень малой высоте над рекой вышли в море, развернулись, ушли в сторону Поти и сели под Кутаиси…