Вначале анаулы встретили появление незнакомых вооруженных бородатых людей с опаской. Дело дошло до столкновений. Позже Дежнев так описал эти столкновения: «И взяли мы два человека, за боем ранили меня смертною раною, и ясак с них взяли. И по ясачным книгам поименно с кого что взято, и что взято государева ясаку, и больше того, я, Семейка, у тех анаульских людей что взять государева языка хочу» (36, с.223).

Постепенно между русскими и анаулами установились, видимо, добрые отношения. Вероятнее всего, в этом заслуга именно Дежнева, который был всегда сторонником установления с местным населением именно таких отношений. Более того, некоторые из дежневцев взяли себе в жены анаульских женщин. Среди них был, например, Фома Семенов Пермяк, о котором уже упоминалось ранее. Его жена, названная после крещения Устиньей, была впоследствии венчана с ним по православному обряду.

На Верхнем Анадыре Дежнев основал зимовье. Он выбрал место для него на возвышенном островке, на Среднем Анадыре, чуть выше устья Майна, правого притока Анадыря, в районе, где сейчас расположено селение Марково. Поблизости произрастал строевой лес, из которого срубили жилые избы, аманатскую избу, амбары для хранения «мягкой рухляди» и съестных припасов.

В 1649 г. попытку пройти морем из устья Колымы на Анадырь предпринял казак Михаил Стадухин, но его коч вынужден был возвратиться из-за непроходимых льдов у северных берегов Чукотки, дойдя, вероятнее всего, до Колюченской губы. От юкагиров колымские казаки узнали о сухопутном пути на р. Анадырь через долину р. Анюй, верховья которой близко подходят к верховьям р. Анадырь и разделены хребтом.

В начале марта 1650 г. этой дорогой на собачьих и оленьих упряжках отправился с небольшим отрядом казак Семен Иванов Мотора, которого колымские власти назначили приказчиком на Анадыре, так как ничего не знали о судьбе Алексеева и Дежнева. Туда же отправился небольшой отряд Михаила Стадухина, влиятельного и честолюбивого казака-землепроходца, который стремился сам представлять колымские власти на Анадыре. Стадухин догнал Мотору на Анюйском хребте, и они вместе прибыли в Анадырское зимовье.

Дежнев сразу признал старшинство Моторы, но присутствие на Анадыре неоднозначного, беспокойного и разгульного Стадухина очень осложнило жизнь и Моторы, и Дежнева. Так продолжалось до ухода Стадухина и его людей на р. Пенжину.

Зимой 1652 г. во время похода объединенного отряда Моторы и Дежнева против анаульского князца Мекерки, который со своими людьми грабил мирных объясаченных анаулов, во время одного из столкновений погиб Мотора. С этого времени предводителем объединенного отряда и приказчиком на Анадыре стал С. И. Дежнев.

Во время походов и поездок он ознакомился с долиной Анадыря и частью его притоков. Более того, по возвращении Дежнев представил чертеж Анадыря и главных его притоков. Он же дал первое описание природы этого региона: «А река Анадырь не лесна и соболей по ней мало, с вершины малой лисвяк днищей на шесть или на семь (на протяжении пути в шесть или семь дней. — М.Ц.), а иного черново лесу (лиственного. — М.Ц.) нет никаково, кроме березнику и осинника. А от Малого Маена (р. Майн при разветвлении образует Малый и Большой Майн. — М.Ц.) кроме тальника нет лесу никаково, а от берегов лесу не широко, все тундра да Камень» (31, с.128).

В 1652 г. Дежневу удалось обнаружить в устье Анадыря крупное лежбище моржей, что явилось большой удачей, так как сулило громадные прибыли из-за добычи «рыбьего зуба»: «И того ж 160 году пошли мы в судах на море, — сообщал он в отписке яукутскому воеводе, — чтоб где государю учинить прибыль большая, и нашли усть той Анандыру реки корга (коса Русская Кошка, расположенная в устье р. Анадырь и прикрывающая вход в реку с моря. — М.Ц.), за губою вышла в море, а на той корге заморной зуб зверя того. И мы, служилые и промышленные люди, того зверя промышляли и заморной зуб брали. А зверя на коргу вылегает добре много, на самом мысу вкруг с морскую сторону на полверсты и больше места, а в гору сажен на тритцать и на сорок (более 60–80 м. — М.Ц.). А весь зверь с воды с моря землю не вылегал, в море зверя добре много, у берегу. А потому всего зверя на землю не выжидали, что ясашное зимовье вверху Анандыря реки и рыбные ловли высоко в шиверах (речных порогах. — М.Ц.), а корму у нас нет, и того б рыбного промыслу не проходить и не опоздать и голодною смертью не помереть бы… А которые промышленные люди-поморцы, и они сказывают, что в Руском де Поморье столь много зверя того нет» (31, с.126).

В 1660 г. закончилась трудная служба Дежнева на Анадыре, по его просьбе он был заменен и с грузом «костяной казны» сухим путем, который был открыт казаком Семеном Ивановичем Моторой в 1650 г., прошел на Колыму, а оттуда морем — в Жиганск, расположенный на Лене. Весной 1662 г. Дежнев прибыл в Якутск, а в конце июля того же года отправился в Москву.

Он приехал в столицу в сентябре 1664 г., доставив туда «костяную казну»— 289 пудов моржовых клыков на сумму 17340 руб. серебром. В январе следующего года с ним был произведен полный расчет: ведь с 1641 по 1660 г. Семен Иванович не получал ни денежного, ни хлебного жалования. По постановлению Сибирского приказа «Великий государь, царь и великий князь Алексей Михайлович… слушав сее выписки и челобитья ленского казака Сеньки Дежнева, пожаловал — велел ему, Сеньке, свое государево годовое денежное жалованье и за хлеб на прошлые годы со 151-го по 170-й год (1643–1662 гг. — М.Ц.) на 19 лет за ево службу, что он в тех годех был на ево, государеве, службе на Андыре реке для государева ясашново збору и прииску новых землиц, и будучи на государеве службе упромышлял кости рыбья зубу 289 пуд, цена по штидесят рублев пуд, и ясак на великого государя збирал, и аманаты имал. А на те прошлые на 19 лет государева годового денежного и хлебного жалованья нигде не имал. И за ту ево, Сенькину, многую службу и за терпение пожаловал великий государь, царь и великий князь Алексей Михайлович… ленскому казаку Сеньке Дежневу за государево годовое денежное и за хлебное жалованье… всего сукнами и деньгами на 100 на 20 на 6рублев на 6алтын на 4 деньги дано» (24, с.285, 286).

Кроме того, царь «за его, Сенькину, службу и за прииск рыбья зуба, за кость и за раны поверстать в атаманы» (18, с.294). За лично добытые Дежневым моржовые клыки (31 пуд 39 фунтов) он получил от московских властей 500 руб. Известный полярный исследователь член-корреспондент АН СССР В. Ю. Визе считал, что эта сумма составляла всего примерно третью часть действительной стоимости (36, с.290).

В Сибири атаман С. И. Дежнев служил еще на реках Оленек, Вилюй и Яне. Он сопровождал в Москву соболиную казну и прибыл туда в конце 1671 г. Семен Иванович успешно выполнил последнюю службу. В Москве он заболел, видимо сказались годы и все трудности и тревоги сибирской службы, все болезни и раны, полученные за время походов и плаваний. Он не вернулся в Якутск, не увидел более свою жену Пелагею и сыновей казаков Любима и Афанасия и скончался в начале 1673 г. Так окончилась земная жизнь славного русского морехода-первопроходца Семена Иванова Дежнева, совершившего с экспедицией Федота Алексеева Попова одно из выдающихся географических открытий — отыскание морского прохода из Ледовитого моря в Восточный океан.