В течение двух последующих месяцев подлодка находилась в Кронштадте в готовности к выходу. Несмотря на то что потребность в подводных минных заградителях была острой, у командования флотом просто не нашлось эскортных кораблей, чтобы обеспечить переход подлодки в Таллин. Вскоре это и вовсе было признано нецелесообразным — флот готовился оставить эту базу. 29–30 августа вырвавшиеся оттуда корабли Балтфлота прибыли в Кронштадт, и тут же критическое положение сложилось непосредственно на ближних подступах к Ленинграду. В связи с тем что падение города могло произойти со дня на день, 5 сентября корабли Балтфлота, включая «Л-3», были подготовлены к подрыву. В этой ситуации возник дерзкий, граничивший с авантюрой план прорыва подлодок на Север через Балтийские проливы. В качестве первого эшелона готовились «С-7», «С-9» и «Л-3». Автором плана являлся комбриг объединенной БПЛ Н.П. Египко, в то время как экипажи кораблей смотрели на него без энтузиазма, предпочитая погибнуть в сухопутных боях за город, а не подорвавшись на минах или запутавшись в сетях в непреодолимом, как считалось, проливе Эресунд. Тем не менее план был доложен на самый верх и утвержден Сталиным. Пока готовились к его реализации, сухопутная обстановка стабилизировалась и нужда в столь экстремальном способе спасения отпала. Теперь Египко стремился к отмене операции, в то время как командующий флотом вице-адмирал Трибуц собирался выполнить разрешенное вождем. Это привело к конфликту между военачальниками, который стоил Египко его поста. Тем не менее операцию отменили, и «Л-3» осталась стоять в Кронштадте. Здесь она была свидетелем массированных авианалетов на корабли Балтфлота, в ходе которых за 14 боев с самолетами выпустила 16 100-мм и 170 45-мм снарядов.

В конце сентября британская разведка передала нашей стороне сведения о концентрации немецкого флота во главе с линкором «Тирпиц» в устье Финского залива. Вывод наших штабов был однозначен — враг готовит прорыв главных сил флота к Кронштадту и Ленинграду. Спешно был сформирован так называемый передовой отряд КБФ, куда включили и «Л-3». По замыслу она должна была находиться в бухте острова Гогланд до момента получения сигнала «Альбатрос», означавшего, что корабли противника начали прорыв. Затем субмарине предстояло выйти им навстречу и атаковать не только торпедами, но и минами, которые ставились бы непосредственно по курсу. В ранние часы 1 октября подлодка перешла в бухту острова.

Скопление тут советских кораблей не осталось незамеченным финской авиаразведкой. Вечером в море вышли торпедные катера «Сису» и «Нуоли», имевшие задачу нанести внезапный торпедный удар по кораблям на стоянке. Этот замысел блестяще удался, но финнов подвело торпедное оружие. Под покровом темноты, при видимости, не превышавшей 2–2,5 кб, «Сису» последовательно выпустил обе своих торпеды по «тральщику», которым оказалась «Л-3». Одна из рыбин прошла мимо и взорвалась на берегу, но вторая, шедшая точно в борт, внезапно сделала «мешок» и взорвалась при ударе о каменистое дно на расстоянии 15 м от борта субмарины. С лодки катер заметили перед самой атакой, но из-за неудовлетворительной организации выходов и возвращений своих катеров начали запрашивать опознавательный сигнал. Артиллерийский огонь (выпущено 12 100-мм и 20 45-м снарядов) был открыт уже в момент отхода противника и результатов не имел. От близкого взрыва появились течи в топливно-балластных цистернах № 3, № 4 и № 7, вышла из строя часть приборов и механизмов в 6-м отсеке. После этого эпизода «Фрунзевцу» пришлось проводить на грунте не только дневное, но и ночное время, лишь раз в сутки всплывая для вентиляции отсеков. Так продолжалось до вечера 15 октября, когда «Л-3» вошла в бухту острова, чтобы зарядить батарею. Разыгравшийся свежий ветер начал бить ее кормовой частью в районе ЦГБ № 9 о корму «Щ-310». Поскольку Грищенко в этой ситуации никаких мер не принял, действовать пришлось командиру «щуки» капитан-лейтенанту Д.К. Ярошевичу. Он попытался, подтягиваясь на швартовых, подойти ближе к берегу, а затем отдал кормовые концы и развернулся параллельно «Л-3». Увы, это не спасло ситуацию: минный заградитель навалило на южную оконечность мола, а в довершение ко всему на нее сдрейфовал находившийся в аварийном положении тральщик «Шпиль», которого шторм сорвал с якоря. Его ударом помяло обшивку ЦГБ № 8, и теперь, когда половина цистерн главного балласта потеряла свою герметичность, командиру не оставалось ничего другого, как вернуться в Кронштадт на ремонт. Хотя Грищенко пытался переложить вину за аварию на командира «Щ-310», который якобы слишком слабо закрепил свой корабль, расследование пришло к противоположным выводам, указав, что «Фрунзевцу» следовало сразу после начала шторма выйти в море и либо дрейфовать за пределами гавани, либо лечь на грунт. За вывод подлодки из строя на 15 суток приказом № 049 нового комбрига Трипольского командиру «Л-3» был объявлен строгий выговор с предупреждением, что в следующий раз за подобное отношение он будет предан суду военного трибунала. Тем не менее 27 ноября, через 9 дней после выхода вышеуказанного документа приказом командующего КБФ Грищенко был награжден орденом Красной Звезды. На том кампания 1941 года и закончилась.

Поскольку еще в конце осени корабль успел пройти доковый ремонт, зимний судоремонт 1941/42 года не отнял у экипажа слишком много сил. За окончание его на месяц раньше срока командир подлодки получил второй орден Красной Звезды, а инженер-механик М.А. Крастелев — орден Красного Знамени. До вскрытия Невы ото льда лодка стояла у борта плавбазы «Иртыш» у набережной Летнего сада, а со вскрытием перешла на временную стоянку за Финляндским мостом, где отрабатывались погружения. Гораздо большую проблему, нежели техника, создавал личный конфликт между Грищенко и военкомом подлодки батальонным комиссаром А.И. Бакановым. Последний, проанализировав походы подлодки в 1941 году, пришел к выводу, что командир корабля на самом деле трус, но скрывает свою трусость за очковтирательскими докладами. Кроме того, он узнал о присвоении командиром 4 тысяч рублей из корабельной кассы. Жаловаться он не стал, но после безрезультатных бесед всякое общение с Грищенко прекратил, а в нескольких случаях пользовался своим правом отмены командирских решений, в частности в вопросах расстановки кадров на корабле и увольнения личного состава на берег. Этого командир подлодки, ставший к тому времени капитаном 2-го ранга, стерпеть не смог и пошел жаловаться в политотдел. Он обвинил Баканова в пьянстве, развале партийно-политической работы и желании списаться с подлодки на берег. Комиссар привел свои контраргументы, которые отчасти подтвердились и только запутали дело. В конечном итоге командование приняло «соломоново» решение: Грищенко остался командиром «Л-3», его дело замяли, а Баканова перевели служить на «Щ-310». Вместо него на должность военкома 15 июня был назначен инструктор политотдела старший политрук М.Ф. Долматов.

С 8 июля подлодка находилась в готовности к походу и в ночь на 14-е перешла в Кронштадт. Здесь ее задержало командование флота, которое решило дождаться результатов развертывания подлодок 1-го эшелона. Зато в составе 2-го эшелона она была первой. По замыслу командования подлодка должна была действовать на самой дальней позиции, в районе острова Борнхольм, и там же поставить свои мины. В ночь на 10 августа подлодка перешла из Кронштадта к Лавенсари, а в ночь на 12-е начала свой поход. На первом этапе Грищенко ровно за трое суток скрытно форсировал Финский залив, сумев пересечь 24 линии мин без единого задевания за минреп. Интересно отметить, что на закате жизни в беседах с писателем О.В. Стрижаком он утверждал, что командование требовало, чтобы он форсировал Финский залив за сутки в надводном положении! Любому, кто мало-мальски знаком с организацией форсирования залива в кампанию 1942 года, понятно, что это совершенная чепуха, попытка выставить командование намного более глупым, чем оно на самом деле являлось. Двое суток ушло на тренировку экипажа в районе маяка Богшер, после чего «Л-3» пошла на позицию вдоль побережья Швеции. При этом командир рассчитывал обнаружить достойные атаки цели и не ошибся. Вечером 18-го у северного входа в пролив Кальмарзунд он заметил крупный караван, включавший 16 немецких, финских и шведских торговых судов в сопровождении трех шведских эсминцев и сторожевого корабля. Торпедная атака прошла как по нотам, ив 17:10 подлодка с дистанции 9—10 кб выпустила две торпеды по второму в колонне судну водоизмещением 15 тысяч тонн. Обе торпеды попали в цель, буквально сметя с поверхности воды шведский сухогруз «Ц.Ф. Лильевальх» (5513 брт), перевозивший 6 тысяч тонн железной руды для экономики рейха. Судно затонуло за 30–35 секунд, унеся в пучину 33 из 40 членов экипажа. Грищенко результатов атаки пронаблюдать не смог, поскольку сразу после залпа лодка начала всплывать на поверхность, а после приема воды в цистерну быстрого погружения и уравнительную — проваливаться на глубину. Шведские эсминцы «Норденшельд» и «Норчепинг» сбросили в течение 45 минут 38 глубинных бомб, но так и не смогли нанести «Фрунзевцу», уже ушедшему на глубину 35 метров, каких-либо значимых повреждений. И все-таки попадание под первый с начала войны серьезный удар противника имело для экипажа и особенно командира серьезные последствия. Разумная агрессивность вновь сменилась в его решениях крайней осторожностью, граничившей с трусостью. Об этом наглядно говорят последующие действия Грищенко: вместо движения к Борнхольму подлодка отошла на северо-восток, к северной оконечности Готланда, обогнула его с востока, где никаких торговых маршрутов, по данным разведки не было, и только оттуда легла на прежний курс. Зная, что конвои ходят вдоль самого берега в пределах 6-мильной полосы территориальных вод, она обошла южную оконечность Эланда на расстоянии 35 миль. Когда днем 22-го акустик доложил об обнаружении в районе Карлскроны шумов конвоя, Грищенко отказался от атаки, мотивируя это тем, что «после первой атаки, приняв на лодку 40 глубинных бомб, был не уверен в минах и минном устройстве, почему решил, пока не освобожусь от мин, никаких ТР не атаковать». Намек на возможность детонации мин тут сделан впустую — печальный опыт «систершипа», подлодки «Л-2», погибшей в ноябре 1941-го в составе конвоя на Ханко после трех подрывов на минах, — свидетельствовал об обратном. По этой же надуманной причине вечером 24-го командир отказался от атаки немецкой подлодки, шедшей в надводном положении, хотя она в случае срыва атаки уж точно не могла забросать «Л-3» глубинными бомбами. Одновременно командиру постоянно мерещились «преследующие» его корабли и субмарины, от которых он лишь «благодаря своему мастерству» мог уклоняться. На самом же деле, забегая вперед, отметим, что все крейсерство субмарины в южной части Балтики так и осталось незамеченным противником.