Ньютон предположил, что пассивные материальные частицы не способны так себя организовать, чтобы создать некие жизненные формы. Этими частицами, по Ньютону, управлял некий божественный промысел, некий скрытый дух, присутствующий во всех элементах. Это был виталистический и активный дух, способный направлять частицы пассивной материи в нужном направлении, чтобы в результате на свет появлялись прекрасные растения, животные и минералы в соответствии с общим божественным планом. Этот дух Ньютон еще называл «витальным посредником» (Vital agent), или «вегетативным духом», как мы это видим в Смитсоньевской рукописи. Это был тайный дух жизни, суть которого и собирался познать Ньютон через алхимию.

В своем трактате «Of Natures laws…» Ньютон проводит резкое различие между вегетацией и механизмом. «Акт Природы, – пишет он, – более вегетативный, нежели механистический». Механистическую философию Ньютон сравнивает с так называемой «вульгарной химией». Вдохновленный своими поисками божественного активного начала. Ньютон, именно в алхимии пытался найти обоснование спонтанному процессу ферментации, распада, генерации и вегетации. По его мнению, подобные процессы и лежат в основе бесконечной вариативности живых форм и не могут быть объяснены простыми механистическими действиями инертных корпускул и атомов. Механическое действие, по Ньютону, не может лежать в основе ассимиляции, в результате которой простая пища, простое питание превращается в тела различных животных, растений и минералов. «Не может так быть, что все многообразие жизненных форм каким-то образом появилось из общей для всех лишенной жизни материи», – писал Ньютон. Божественно направляемый дух и был «вегетативным духом» (vegetable spirit) Ньютона, его «активным посредником (the active agent) во всех алхимических штудиях ученого.

Хотя алхимия и механистическая философия имели весьма схожие взгляды на некую единую материю, казалось невозможным отыскать исключительно внешнюю механистическую причину внутренней активности, которая бы согласовывалась с идеей виталистического, алхимического по своей природе, посредника («Vitalistic alchemical agent»), которого Ньютон уже успел упомянуть в своих «Предположениях» («Propositions») около 1669 года. Этого посредника ученый обозначил как «magnesia», термин, напрямую заимствованный из алхимических трактатов, с помощью которого агенты герметического учения пытались объяснить для себя наличие определенных субстанций, способных вдохнуть в пассивную материю живительные небесные начала, столь необходимые для появления жизни.

Ньютон был увлечен изучением процесса дезорганизации и реорганизации, способствующего тому, что материальные формы могут порождать нечто новое. Алхимический посредник, в этом смысле, нес на себе полную ответственность за все изменения виталистического и универсального характера. Этот посредник был обозначен также как «добродетельный фермент» («fermental virtue») или «вегетативный дух» (Vegetable spirit) и становился силой, определяющей собой весь процесс ферментации, о котором Ньютон пишет в своей «Оптике». В «Предположениях» («Propositions») можно найти описание некоего посредника, который в начале ввергает все в хаос, чтобы затем создать или обновить определенные части материи.

Определяя это различие между двумя химиями (вульгарной и вегетативной), Ньютон, по сути дела, разрабатывал свою знаменитую иерархическую систему частиц и пор, расположенную в трехмерном пространстве.

В другом месте Ньютон указывает на то, что сложные субстанции состоят из различных частей, образованных смесью воды, земли, воздуха, масел, спирта и т.д.: «Эти части во всех различных вариантах неизбежно соединяются между собой». Эти малые сочетания воды, солей и прочее образуют нечто большее; и эти соединения характеризуются и описываются Ньютоном в соответствии с данными современной ему химии, предполагавшей пять или шесть основных элементов и их комбинаций. Эта идея берет свое начало из теории Аристотеля и его представлений о материи, где четыре основных элемента: земля, воздух, огонь, вода были ключевыми, плюс идея Парацельса, который добавил еще три принципа: соль, ртуть, сера. Комбинация этих элементов часто появляется и в «Оптике», и в трактате «О природе кислот».

По мнению Ньютона, процесс гниения доводит материю до состояния полной дезорганизации, в котором части этой самой материи могут быть перемодулированы, и принять любую из форм, продиктованную вегетативным духом. В трактате «О природе кислот» «витальный посредник» может проникать в поры золота, и если золото обладает «ферментацией», то оно может распадаться до первоэлементов.

Ранние заметки по алхимии Ньютона содержат две доктрины, касающиеся идеи трансмутации материи, с одной стороны, и иерархической системы частиц – с другой. Но они ни в коей мере не могут дать полной картины алхимических представлений великого ученого. В этих заметках ничего не сказано о неких порах как о свойствах любой материальной субстанции. Но именно концепция пор станет ключевой в общей иерархической системе Ньютона. В действительности в 1672 году теория материи Ньютона еще не готова была принять концепции пустых пор. Его вселенная была наполнена так называемым всепроникающим и постоянно циркулирующем эфиром, несущим «священный огонь» («secret fire») и «вегетативный дух» (vegetative spirit), то есть то, что называлось еще посредником, медиумом, «единственным ферментом и началом всеобщей вегетации».

Ньютон начал всерьез обсуждать концепцию пустых пор в связи с проблемой реакции материи на свет, как это нашло свое отражение в ранних трудах ученого, посвященных проблемам оптики. В этих трудах поры были заполнены жидким посредником тонкой материи, с которым и вступали в связь частицы света.

Дальнейшее развитие взглядов на вселенную и природу материи в алхимическом ключе Ньютона пойдет по пути прояснения, прежде всего, той связи, которую он пытался установить между процессом вегетации и иллюминации, а также влияния Библейской традиции и алхимической космогонии на взгляды английского ученого.

Начиная с 1660-х годов Ньютон был увлечен поисками теологического толка. Ученый, как и его соотечественники Исаак Барроу, Генри Мор и Ральф Гудворд, был встревожен нараставшим атеизмом, причину которого многие видели в распространявшемся картезианстве. Хотя античный атомизм не имел ничего общего с атеизмом в современном понимании этого слова, но само учение о мельчайших и неделимых частицах, находящихся в непрерывном движении, словно исключало вмешательство в их механическое движение каких бы то ни было богов. Декарт, Гассенди и Чарльтон, предложили решение этой проблемы, предположив, что молекулы начали свое нескончаемое движение по божьей воле в самый момент творения. А все, что получилось в результате, произошло благодаря корпускулам и их движению, без всякого божественного вмешательства.

По мнению Ньютона, механистическое движение атомов мало что могло объяснить. С точки зрения чистой механики, невозможно было объяснить жизненные процессы, их весьма таинственную природу, где всевозможные трансмутации и сцепления молекул были просто необходимы. Получалось, что явление, или феномен, оказывалось богаче предписанного картезианством закона. Если все материальные формы, по мнению Ньютона, при всем их немыслимом разнообразии, могли редуцироваться назад в состояние так называемой первоматерии, то как все это разнообразие могло вообще появиться на свет? И по чьей воле, в конце концов, все это могло свершиться? Появление бесконечной вариативности из некого единого начала, из первоматерии привлекало внимание ученого.