Летописец прямо называет имя главного убийцы – Годунов.

Поскольку смерть царевича не могла не вызвать кривотолков, Борис, действительно, назначил сыскную комиссию, которая и была отправлена в Углич для розыску. Комиссия приехала в Углич 19 мая и первым же делом вызвала на допрос Михаила Нагого. Приезжих интересовали любопытные действия, которые были произведены в Угличе сразу после того, как распространилась весть о смерти Дмитрия. Почему сразу после этого Михаил приказал убить Михайлу Битяговского, его сына Данилу, Никиту Качалова, Данилу Третьякова, Осипа Волохова, посадских людей, слуг Битяговского и Волохова? Почему он велел собрать ножи, пищали, железную палицу, сабли и положить их на убитых людей? Почему тут же были собраны посадские и сельские люди? Почему Нагой заставил целовать крест и привел к присяге городского приказчика Русина Ракова и почему требовал от него давать заранее обговоренные показания? Все это записано в сыскном деле. Но удивительно, что комиссия начинает допрос Нагого, зная уже некие порочащие его факты, хотя она как бы только-только въехала в город и не видела ни тела царевича, ни места преступления! Следовательно, комиссия уже многое знала, ее перехватили по дороге и кое-что рассказали. И встретил эту комиссию не кто иной, как упомянутый Русин Раков. Свидетели, вызванные на допросы, путались и противоречили друг другу. Михаил Нагой говорил, —

«…что царевич зарезан Осипом Волоховым, Никитою Качаловым и Данилою Битяговским, что убийц побили черные люди, без его, Михайлова, приказа, что оружие на убитых положил Русин Раков сам, также без его ведома, и к присяге городового прикащика он, Михайла Нагой, не приводил».

Русин Раков потребовал позвать брата Михаила Григория Нагого и слугу Бориса Афанасьева. Те подтвердили: оружие положено по приказу Михаила. Вызвали сторожа дьячей избы Евдокима Михайлова, тот показал, что к нему приходил человек Михаила Тимофей, он принес с собой живую курицу, зарезал ее, этой кровью и вымазали оружие, которое потом положили на трупы убитых. Вызвали снова Бориса Афанасьева, но тот сказал, что Тимофей еще во вторник куда-то убежал. Тимофея так и не нашли. Дело запутывалось. Оказалось вдруг, что сам Михаил не видел, убили царевича или он сам себя зарезал. В момент смерти мальчика рядом его не было, а когда раздались крики, он решил сперва, что горит дворец. Григорий же упорно говорил, что мальчик сам накололся на нож, когда играл и упал в припадке, и у него припадки и прежде бывали. Сам он тоже не видел, прибежал позже, но царевич умер уже при них. Кормилица подтвердила, что мальчик умер у нее на руках. Андрей Нагой подтвердил, что сам он находился в доме и сидел за столом, когда вдруг закричали, что царевича зарезали. Сам он момента происшествия не видел, но знал, что мальчик играл с ребятами на заднем дворе, кидая ножик через черту. Вызвали мамку Волохову, та дала такие показания:

«…царевич играл с детьми ножом и в припадке падучей болезни покололся сам в горло; тогда царица Марья сбежала на двор и начала ее, Василису, бить поленом, не слушая никаких оправданий, пробила ей голову во многих местах, приговаривая, что Димитрия зарезали сын ее, Василисин, Осип, вместе с Данилою Битяговским и Никитою Качаловым; потом царица велела бить ее, Василису, брату своему, Григорию Нагому, после чего бросили ее замертво. Потом начали звонить у Спаса в колокола, сбежались посадские люди, и царица Марья велела им опять взять ее, Василису; мужики взяли ее, ободрали и простоволосу держали пред царицею; прибежал на двор Михайла Битяговский и начал уговаривать посадских людей и Михайлу Нагова; но царица и Михайла Нагой велели убить Битяговского».

Она добавила, что вместе с ней тогда были кормилица Ирина и постельница Марья Самойлова. Позвали и этих. Женщины в один голос сказали: играл с ребятами в ножик и сам накололся. Позвали детей, с которыми Дмитрий играл: те подтвердили, что он упал и сам накололся. Нашелся еще свидетель – Семейка Юдин, стряпчий – он тоже подтвердил, что мальчик накололся сам.

Соловьев, рассматривая это следственное дело XVI века, пришел к выводу, что следствие было произведено из рук вон как плохо. Показания с показаниями просто не стыкуются. Противоречий множество. Например, кто приказал бить в колокол, и когда это произошло? Михаил и Григорий говорят, что прибежали на колокольный звон. Волохова говорит, что Григорий уже был при царевиче и бил ее, Волохову, поленом до всякого звона. Григорий говорит, что в колокол бил пономарь Огурец. А пономарь Огурец говорит, что сидел дома, а звонил сторож Кузнецов, а он, «Огурец, от себя с двора побежал в город, и, когда прибежал к церкви к Спасу, встретился ему кормового дворца стряпчий, Суббота Протопопов, и велел ему звонить в колокол у Спаса, да ударил его в шею и заставил силою звонить, говоря, что царица Марья приказывает». И это он утверждал на очной ставке с Григорием Нагим. Григорий на это ответил: «Того он не слыхал, что тому попу Федоту велел звонить Суббота Протопопов; а сказывал ему тот же поп Федот, что велел ему звонить Суббота и что прибегал к нему Михайла Битяговский, и он заперся, на колокольню его не пустил». Вызвали указанного Субботу, тот сказал: «Как приехал на двор Михайла Нагой и велел ему, Субботе, звонить в колокола для того, чтобы мир сходился, то он и приказал пономарю Огурцу звонить». Но если звонили по приказу Нагих, удивлялся Соловьев, то как они сами узнали о несчастье (пусть о том, что прибежали по звону, и врут)? Если Огурец утверждал, что прибежал на звон колокола, а звонил сторож Кузнецов, то зачем же тогда Суббота Протопопов, встреченный им по дороге, велел звонить в колокол и дал ему по шее – ведь в колокол уже звонили? Кузнецова никто на допрос даже не вызвал. Священник Богдан, вызванный на допрос, показал, что обедал у Михаила Битяговского, когда зазвонили в колокол, Битяговский тут же послал своих людей узнать, почему звонят, и они донесли, что царевича не стало, «Михайла тотчас приехал на двор к царевичу, начал уговаривать посадских людей и был ими убит; а сын Михайлы Битяговского, Данила был в то время у отца своего на подворье, обедал». Но вызвали углицких рассыльщиков, и те показали, что «Михайла Битяговский, услыхав шум, пошел вместе с сыном в дьячью избу; здесь сытник Моховиков сказал ему, что царевич болен падучею болезнию, и Битяговский отправился к царице, а сын его остался в дьячьей избе». «Какое же из этих двух показаний справедливо? – недоумевал Соловьев. – Если справедливо показание священника Богдана, то Михайле Битяговскому, извещенному, что царевича не стало, не за чем было сначала идти в дьячью избу: он должен был прямо спешить во дворец. Разумеется, для объяснения этого противоречия нужно было спросить сторожа дьячьей избы, Евдокима Михайлова: он должен был знать, был ли Михайла Битяговский в избе, и как попал туда сын его, Данила, как вместе с последними очутился там и Качалов? Но сторожа Евдокима спросить об этом не заблагорассудили. Спрашивали Кирилла Моховикова, который, по объявлению рассыльщиков, первый дал знать Битяговскому о болезни царевича; и Моховиков не сказал ни слова о том, давал ли он об этом знать Битяговскому, и объявил только, что когда царевич покололся ножом и начали звонить, то Михайла Битяговский прибежал к двору, к воротам, а ворота были заперты, и он, Моховиков, побежал к Михайле к воротам и ворота отпер; когда Михайла вошел на двор и начал посадских и всяких людей уговаривать, то Моховикова начали бить и забили насмерть, руки и ноги переломали. Но каким образом ворота были заперты, когда толпа народа находилась уже на дворе, когда нарочно велено было звонить, чтоб народ собирался на двор; и за что били Моховикова? На эти обстоятельства следователи не обратили никакого внимания; упустили из виду и слова пономаря Огурца, что Михайла Битяговский прибегал к нему на колокольню, но что он заперся».