Что подарки тяжело ложились на карман ставленников, относительно этого сохранились прямые указания в исторических материалах. Сами ставленники неоднократно жаловались на это. В то время возле архиереев, несомненно, царили те порядки обирания зависимых духовных лиц, какими искони славились такие учреждения, как духовные консистории.

Такими-то путями шло образование черноморского духовного сословия. Немногие теневые стороны в этом процессе формирования духовных руководителей казачества были, конечно, продуктом времени и обусловливались степенью казачьей культуры; но они не убили живого начала, легшего в основание своеобразного казачьего института. И само население, и Войсковое Правительство, и духовные власти заботились о том, чтобы пастыри и церковный клир состояли из лиц, избранных населением из своей среды, людей излюбленных по приходам и «доброго состояния» по своим нравственным качествам. Выборное начало служило тем связующим звеном, которое прикрепляло пастыря духовного, члена общества, к пасомым – приходу. Духовенство, избранное из казачьей среды, навсегда оставалось, вместе с тем, и в казачьем сословии, получало земли наравне с другими общинниками, а дети его числились в посемейных списках в казачьем звании и несли военную службу, раз не причислены были по тем или другим причинам к службе духовной.

Уже в первые годы существования вой-ска образовался на таких началах довольно значительный контингент казачьего духовенства. Так, в списке протоиерея Порохни за декабрь 1797 года значатся чисто казачьи фамилии – по куреню Таманскому – священник Демешко, Полтавскому – священник Стрешенко, Сергиевскому – Говоруцкий, Величковскому – Суима, Коневскому – Соболь, Ирклиевскому – Кус, Березанскому – Косогон, Дядьковскому – Трофименко, Незамаевскому – Левченко и т.д. В это время в войске были уже и протоиерей, один диакон, 22 священника и один кандидат на священника. А по списку 2 января 1799 года значилось 16 отстроенных церквей, строилось 9 в девяти куренях и предполагалось к постройке 2, всего, следовательно, 27 приходов. Кроме священников и кандидатов в священники к этим церквам, состояло 43 дьячка и пономарей, уволенных и не уволенных еще из военной службы. 29 августа 1799 года протоиерей Порохня сообщил Войсковому Правительству, что епископ Феодосийский Христофор, посетивший Черноморию, лично приказал ему укомплектовать церковный клир уволенными в духовное звание и избранными по куренным обществам казаками. Порохня представил Войсковому Правительству список церковнослужителей, из которого видно, что, кроме г. Екатеринодара, состояли уже в войске и диакон, 38 дьячков и пономарей, из которых 9 предстояло еще уволить в духовное звание, а два сверх того – Яков Тирса и Яков Лебединский – оказались «неспособными и нерадивыми по должности». На пополнение недостающего количества церковнослужителей протоиерей Порохня, по указаниям куренных обществ, внес в списки еще 18 лиц. Этим как бы заканчивалось то спешное формирование казачьего духовенства, в котором принимали такое деятельное участие Вой-сковое Правительство, куренные общества и все вообще войско.

Если в устройстве церквей по куреням и в избрании к ним священников и причетников особенно сильно заинтересовано было рядовое казачье население, разбросанное по разным местам заселенного края, то излюбленным делом Войскового Правительства и чиновной старшины была постройка войскового собора в Екатеринодаре. Собор предполагалось построить по образцу существовавшего в Запорожском Коше храма, но в более грандиозных размерах. Черноморцы хотели разом и помянуть старину и удивить людей. За религиозными нуждами ярко выступало своего рода тще-славие. Главарям войска нужно было создать что-либо особенное, выдающееся. Начало этому, можно сказать, предприятию положено было Екатериной II. Письмом 2 марта 1794 года на имя кошевого Чепиги граф Платон Зубов известил, что «Государыня пожертвовала на построение храма в Екатеринодаре 3000 рублей и ризы». Казачье начальство использовало этот дар. С 1799 года оно начало подготовляться к постройке собора в Екатеринодаре.

Были сделаны распоряжения о заготовке леса, употреблено 6000 р. пожертвованных денег и заключен контракт с подрядчиками – Гусельщиковым и Николаевым. Подрядчик обязался выстроить деревянную церковь с колокольней своими рабочими и на своих харчах. «Церковь должна быть пятиглавой, с железной крышей, в длину, ширину крестообразно и в вышину 50 арш., а колокольня в вышину по пропорции с церковью». Постройку собора подрядчик обязался начать с декабря 1799 года и окончить в течение года. Плата за работы определена в 10 000 руб. – 1000 р. задатка, 4000 при закладке церкви и 5000 «по усмотрению работ».

Постройка храма, однако, задержалась. Только на 29 июля 1800 года назначена была закладка в Екатеринодаре церкви Воскресения Христова, причем требовалось еще отыскать мастеров для высечения камня и отливки оловянной тарелки под фундамент здания. Войсковое Правительство распорядилось вместе с тем пригласить из куреней стариков и казаков для участия в этом торжественном войсковом акте. Но уже в следующем, 1801 году, раскрыты были обстоятельства, бросившие неблаговидную тень на строителей и обнаружившие крупные недостатки в строительстве. Посланный в войско генерал Кираев донес генерал-прокурору Святейшего синода о злоупотреблении и ошибках при постройке Екатеринодарской церкви. Строилась, по словам Кираева, «преогромная деревянная церковь архитектурой подобная той, какова была в старой Запорожской Сечи». Постройка была задумана неразумно и нерасчетливо. Благодаря дороговизне леса, получаемого с Волги и обходившегося по 6 р. за бревно, на те средства, которые были затрачены на церковь, давно уже можно было бы построить превосходный каменный из жженого кирпича храм. На церковь Войсковым Правительством было отпущено 30 000 рублей, а издержано было уже более 60 000 рублей – церковь при этом не достроена. В результате приказано было местному архиерею расследовать дело.

Из рапорта подрядчика сотника Плетневича в войсковую канцелярию от 13 февраля 1807 года видно, что в этом году иконостас в Екатеринодарском соборе был окончен.

Более серьезную задачу в деле церковного строительства и религиозных установлений представляло устройство обители войском. Запорожцы имели свой монастырь – Самарскую Николаевскую пустынь, которую поддерживали щедрыми пожертвованиями и в которой наиболее религиозные представители казачества оканчивали свои дни, принимая монашество и схиму. Черноморцы пожелали иметь такую же свою собственную обитель, мотивируя необходимость ее тем, что многие престарелые и раненые казаки желали окончить жизнь свою в монашеском чине. Местом для нее было избрано красивейшее урочище у так называемого Лебяжьяго лимана, напоминавшего своей фигурой лебедя и изобиловавшего лебедями. Поэтому и самый монастырь был назван Екатеринолебяжинской пустынью. Черноморцы пожелали устроить свой монастырь по образцу Саровской пустыни. Из указа Синода от 7 августа 1794 года видно, что прежде чем Вой-сковое правительство обратилось в Синод с просьбой о разрешении устроить обитель, оно просило о том же и государыню Екатерину II, которая и дала разрешение на это указом на имя Святейшего синода. Синод, следовательно, только исполнил волю царицы. На основании этого указа было предписано Иову, епископу Феодосийскому и Мариупольскому, выяснить: 1) что и где представляло собой место для устройства обители на строителя, 30 монахов и 10 больничной братии и 2) какое лицо желало Вой-сковое Правительство представить в настоятели. В следующем году отношением Феодосийской консистории за подписью иеромонаха Коментария было сообщено Войсковому Правительству, что, согласно просьбе войска, возведен в сан архимандрита избранный войском иеромонах Феофан, бывший настоятелем Самарского Николаевского монастыря и назначенный настоятелем Черноморской монашеской пустыни. 26 мая 1796 года епископ Иов известил Чепигу, что он согласен наименовать казачий монастырь Екатерино-Лебяженской Свято-Николаевской пустынью и велел архимандриту Феофану приступить к постройке в ней третьей церкви во имя великомученицы Екатерины. В том же, 1796 году, епископ Гервасий послал в помощь архимандриту Феофану иеромонаха Иосафа и иеродиакона Галактиона. В ноябре того же года вой-сковой атаман Чепига просил епископа Гервасия назначить, вместо одряхлевшего и больного Феофана, другого настоятеля.