Верховный военно-полевой комендант Литвы генерал-майор Э. Юст (E. Just) и генеральный комиссар Литвы Т. фон Рентельн (Т. von Renteln) возлагают цветы у памятника Неизвестному солдату

Успех в организации МДЛ только увеличил напряжённость между литовцами и немцами. Ещё до завершения организационной стадии немцы вздумали взять МДЛ под своё командование, потребовали мобилизовать литовскую молодёжь и дать на нужды вспомогательной службы немецкой армии 70–100 тысяч мужчин. 22 марта командующий Северного фронта генерал-фельдмаршал Вальтер фон Модель (Walther Görlitz von Model) [133]и высший руководитель СС и полиции в Остланде Ф. Еккельн в Полоцке потребовали у генерал-лейтенанта П. Плехавичюса до 15 апреля создать 15 новых батальонов (9000 человек) и передать их в распоряжение вермахта Германии — для охраны военных аэродромов. После отказа П. Плехавичюса выполнить это требование, фон Рентельн потребовал, чтобы генерал объявил всеобщую мобилизацию, однако она ничего хорошего немцам не дала.

В своих воспоминаниях генерал С. Раштикис писал, что «9 мая в штабе дружины было получено письмо, в котором говорилось, что приказом Ф. Еккелъна находящиеся в Вильнюсском крае батальоны МДЛ (их там было 7) переходят в непосредственное подчинение самому Ф. Еккельна, а все остальные батальоны, все комендатуры Местной дружины в уездах и все другие части переходят под власть немецких областных комиссаров, что все литовские батальоны получат немецкую униформу СС, что с этого момента они являются вспомогательными батальонами немецкой полиции». В мае несколько батальонов МДЛ были преобразованы во вспомогательную службу полиции и переодеты в эсэсовскую униформу. Кроме того, командиру МДЛ было сообщено, что принято решение бойцов дружины включить в состав немецкой полиции и назвать их вспомогательными батальонами немецкой полиции.

Генеральные советники литовского самоуправления и офицеры мешкали, искали аргументы, чтобы отказаться от создания частей, подвластных немецкому генералитету. Штаб МДЛ с требованиями и самоволием немцев не согласился, и уже 15 мая в Каунасе руководство дружины вместе с генералом П. Плехавичюсом и начальником штаба О. Урбонасом были арестованы гестапо и отправлены в Саласпилсский концентрационный лагерь (Латвия)[134]. Затем уже сформированные части были ликвидированы. Большинство их чинов были вывезены в Германию и переданы в вспомогательные части немецких военно-воздушных сил. Часть чинов МДЛ укрылась в лесах. Некоторые части МДЛ не успели разойтись и скрыться, поэтому были застигнуты немцами. Так случилось в Калварии, где подразделение МДЛ с утра окружила рота СС, литовцы имели менее сотни французских винтовок без патронов. Немцы арестовали, насильно одели в униформу военно-воздушных сил и вывезли в Германию около 3500 мужчин, которые служили в наземной службе военно-воздушных сил в Германии и в Норвегии, несколько десятков литовцев были расстреляны во время ареста. В Вильнюсе (в Панеряй) при разоружении 310-го батальона было расстреляно 13 литовцев, 17 мая — 17 солдат 306-го батальона, а 21 мая — ещё 53 бойцов. За казнью своих товарищей обязаны были наблюдать десять отобранных немцами бывших солдат МДЛ. Из арестованных бойцов 110 очутились в концентрационном лагере Штутхов.

Прибывший 15 мая 1944 г. в Каунас высший руководитель СС и полиции в Ф. Еккельн заявил, что литовская нация, как негодная, выбрасывается из сообщества создателей «новой Европы».

Начальник мобилизационного штаба полковник Генерального штаба А. Биронтас 24 мая огласил в печати, что члены МДЛ, « которые выразят добровольное желание, смогут и дальше остаться в батальонах литовской полиции или в местных комендатурах. Для этой службы их обратно принимают местные коменданты, которые позже об этом сообщают областному руководителю СС и полиции, а также и начальнику мобилизационного штаба .

Руководитель СС и полиции в Литве 27 мая 1944 г. объявил в литовской печати о том, чтобы все офицеры и солдаты ликвидированной МДЛ сдали в военную комендатуру униформу, оружие и боеприпасы. Это указание выполнили только 7% воинов МДЛ, это оружие было передано литовской полиции. Из остальных вооружённых воинов стали создаваться литовские партизанские отряды, общая численность которых составила более 8000 человек. Летом того же года перед этими соединениями была поставлена невыполнимая задача — остановить приближающиеся советские войска на литовской границе. Абсурдность такого задания понимали члены Верховного комитета освобождения Литвы, которые со вступлением Красной армии в пределы Литвы призывали народ к пассивной форме сопротивления. Однако пассивное сопротивление оказалось неэффективным, и уже осенью 1944 г. отряды литовских партизан вступают в вооружённую борьбу с войсками НКВД и регулярными частями Красной армии. О размахе сопротивления свидетельствует численность партизанских отрядов, в которых к весне 1945 г. насчитывалось уже около 30 000 бойцов. Своей цели литовское партизанское движение не достигло — слишком неравными были силы, но литовский народ продемонстрировал свою волю к независимости.

В начале 1944 г., когда Красная армия готовилась к очередному вторжению в Прибалтику, начальник VI управления Главного имперского управления безопасности бригадефюрер СС Вальтер Шелленберг (Walter Schellenberg) и оберштурмбаннфюрер СС Отто Скорцени разработали план по созданию на территории Прибалтийских республик широкой сети разведывательно-диверсионных групп и отрядов. Эти формирования должны были обеспечивать базу для возможных операций вермахта, если бы ход войны изменился.

После приближения фронта к Литве 24 июня 1944 г. усилиями генерала П. Кубилюнаса было получено разрешение немцев в уездах создать охранные команды[135]. Немцы поняли, что литовцы будут сопротивляться новой советской оккупации, а это им было выгодно. Развитие событий на фронтах войны привело к тому, что в июле 1944 г. приказом Гиммлера было объявлено решение об образовании самостоятельных формирований литовских, латышских и эстонских националистов. Подбором и подготовкой кадров для этих формирований занималась в основном немецкая разведывательная организация — истребительное соединение войск СС (Waffen-SS Jagdverband).