Когда бои приближались к восточным границам Литвы, в Жемайтии, в окрестностях Тельшяй, 29 июля 1944 г. была сформирована Жемайтийская дружина, иначе называемая Армией обороны Отечества (АОО) (Tėvynės Apsaugos Rinktinė — TAR). В ее состав в основном вошли отступившие из Аукштайтии бывшие сотрудники полиции Литвы, военные и по-боевому настроенная молодежь. Бойцы АОО были одеты в униформу вермахта (немцы не возражали, чтобы на левый рукав были бы нашиты щитки национальных цветов, а военные грузовики имели бы эмблему «Столбы Гедиминаса»), вооружены французским и советским оружием. Идейным создателем АОО был ксендз, доктор психологии, бургомистр Зарасая Ионас Степонавичюс (Jonas Steponavičius). Он надеялся, что немецкие физики создадут тайное атомное оружие и остановят наступление Красной армии. Командиром 1-го пехотного полка дружины был назначен майор А. Урбонас, 2-го пехотного полка — подполковник инженер Мечис Карейва (Mečys Kareiva), а после его смерти — подполковник Генерального штаба Матас Науиокас (Matas Naujokas). После отказа бывшего командира 3-й дивизии довоенной армии дивизионного генерала Эдвардаса Адамкявичюса (Edvardas Adamkevičius) возглавить дружину ее возглавил бывший начальник Мажейкяйского уезда капитан Изидорюс Ятулис (Izidorius Jatulis), начальником штаба стал капитан Ионас Чесна (Jonas Čėsna). С немецкой стороны дружиной командовал немецкий полковник (позже генерал) Гельмут Мадер (Helmuth Maeder). Советские войска наступали на запад, АОО стала арьергардом отступающих немецких частей. Произошло несколько кровавых боёв, особенно сильные бои были при Седе. АОО была слабо вооружена, а неравенство сил было очень велико, поэтому она была вынуждена отступать в Германию. Её остатки были распределены по восьми строительно-сапёрным ротам, которые возводили укрепления в Восточной Пруссии.

Один из командиров Армии обороны Отечества (Tėvynes Apsaugos Rinktine или TAR), известная также как «Жемайтийская армия» (Žemaičių rinktinė) немецкий генерал-майор Г. Мадер (H. Maeder)

Почти сотня литовцев попала в военно-морской флот Германии — в 9-е морское запасное подразделение (9. Marine Ersatz Abteilung). Здесь вместе с литовцами обучались 400 латышей и 150 эстонцев. Позже, в октябре 1944 г., латыши и эстонцы были вывезены в Данциг, где располагались учебные лагеря их легионов СС.

В конце 1944 г. — начале 1945 г. немцы предприняли усилия создать из проживающих в Германии военных беженцев так называемый «литовский национальный комитет» и с его помощью попытаться мобилизовать в военные части находящихся в Германии литовцев-беженцев. Для этой цели использовалось действующее в Германии Литовское вспомогательное учреждение (Litauische Hilfsstelle), руководимое бывшим генеральным советником по вопросам труда и социальным проблемам д-ром Ионасом Паукштисом (Jonas Paukštys). Ещё 20–21 сентября 1944 г. в этом учреждении прошло совещание по вопросу создания литовских военных частей в Германии. Должность командующего будущих военных частей вновь была предложена генералу С. Раштикису, однако он категорически отказался, вплоть до решения всех политических вопросов. Отказались от этого предложения и генералы С. Пундзявичюс и К. Таллат-Кялпша. Так что и на этот раз немцам не удалось найти общий язык с литовцами.

Руководитель Союза противовоздушной обороны Литвы генерал бригады Казис Таллат-Кялпша (Kazys Tallat-Kelpša)

Ни одно создаваемое в объятой пламенем войны Литве военное формирование не обходилось без литовских полицейских. Ещё 7 декабря 1941 г. в Литве были созданы и начали активно действовать части Армии свободы Литвы (Lietuvos laisvės armija — LLA), которую создал студент Вильнюсского университета Казис Веверскис (Kazys Veverskis)[136]. Армия территориально состояла из 4 округов, а функционально делилась на действующий сектор — вооружённые повстанцы — и организационный сектор, который осуществлял функции разведки и материального обеспечения. ЛЛА в целом старалась придерживаться позиции нейтралитета по отношению к немцам. Кто рассматривался в качестве главного противника, несложно понять, исходя из предвоенных реалий. Их лозунг — «Не отступать из Литвы и бороться». Они в Литве выполняли полицейские функции, защищали жителей от немецких реквизиций, помогали бороться АОО. Состав ЛЛА, по определению ее командующего (1 августа 1944 г.), был следующим: «Это не была группа, отколовшаяся от какого-либо тогдашнего политического движения или партии. Это была новая военная организация, пионерами, руководителями и членами которой были литовцы различных политических направлений и течений». Руководством ЛЛА территория Литвы была разделена на несколько округов: Вильнюский, Каунасский, Шяуляйский, Паневежский и Телыняйский, Мариямпольский. Но в основном деятельность ЛЛА сводилась к вербовке новых участников, к созданию вооруженных отрядов и идеологической подготовке населения. ЛЛА установила контакт с немецким командованием и разведорганами, которые оказали ей значительную помощь в вооружении, в снабжении амуницией, радиосредствами, деньгами, создали при Кёнигсбергской разведшколе специальную литовскую группу. По решению руководства Армии свободы Литвы и Союза борцов за свободу Литвы в немецкие разведывательно-диверсионные школы в Восточной Пруссии и на севере Польши было направлено свыше 300 человек. Подготовка и заброска агентуры в тыл наступающей на Литву Красной армии осуществлялась германскими разведорганами — Абверкомандой-203 и др. Уже к осени 1944 г. на территорию Литвы было заслано около 20 хорошо вооружённых групп с общей численностью более 150 человек.

В 1944 г. в Плателяй (Жемайтия) был создан штаб «Армии свободы Литвы», а сама военная организация назвалась «ястребами» (Vanagai). Немцы и АОО отступили на запад, «ястребы» остались в Литве, разделились на маленькие части и продолжили партизанскую войну с Советской армией. Уже в августе 1944 г. в приказе № 4 по ЛЛА ставилась задача вооружённой борьбы против Красной армии, НКВД, его осведомителей и местной советской администрации.

В историю партизанских движений XX столетия борьба литовских партизан («лесных братьев», как их ещё называли) против советизации Литвы вошла как одна из наиболее упорных и продолжительных. В лесах основных исторических земель Литвы — Жемайтии и Аукштайтии — сталинский режим встретил наиболее ожесточённое, по сравнению с другими странами Балтии, сопротивление: против Советов воевали 50 000 литовцев. В этой войне приняли активное участие и оставшиеся в живых на территории Литвы бывшие литовские полицейские. Эта война дорого обошлась литовскому народу: погибли или были убиты НКВД 20 000 литовцев, были арестованы 200 000 человек (примерно 20% общества). Политическое и военное руководство резистенции в Латвии и Эстонии раньше поняли бесперспективность партизанской войны против советского строя, и в результате генофонд этих стран пострадал меньше.