В такой обстановке речь об очередном контрударе уже не шла, и отданный в 1:15 ночи на 28 октября боевой приказ № 0041 впервые поставил перед частями армии оборонительную задачу: «Части Примармии производят перегруппировку с задачей не допустить дальнейшего продвижения пр[отивни]ка на юг». Частям дивизии предписывалось к рассвету 28 октября занять рубеж Мангит — Дармен-Шигим — Найлетен.

Приморская армия вынуждена была выравнивать свой фронт. Чтобы избежать прорыва противника в центре, где накануне ему удалось добиться опасного вклинения, фланги армии несколько отводились назад. Но при этом командование армии пыталось правым флангом добиться стыка с 9-м СК, а на левом выйти к Каркинитскому заливу (ЦАМО РФ, ф. 288, оп. 9900, д. 33, л. 33).

Однако произвести подобную перегруппировку было уже невозможно, так как понесшие большие потери части армии не смогли бы удерживать столь протяженный фронт.

21 октября 1941 года Военный совет Черноморского флота заслушал доклад командира Одесской ВМБ контр-адмирала Кулишова о действиях базы при эвакуации Приморской армии в Крым. Командующий флотом вице-адмирал Ф. С. Октябрьский дал высокую оценку организации и проведению отвода войск.

При этом командующий флотом подчеркнул, что Приморская армия «оказала Южному фронту неоценимую помощь», и тут же заметил, что в Крыму, скорей всего, все будет совсем по-другому. Как вспоминал впоследствии присутствовавший на этом заседании исполняющий обязанности начальника штаба Одесской ВМБ капитан 1 ранга Деревянко, командующий флотом в предельно резких выражениях оценил ситуацию в Крыму как крайне тяжелую: «А вот положение на Перекопе для нас катастрофическое, оборона на недостаточно подготовленных Ишуньских позициях потрясена до основания, и вряд ли выдвигаемая к Ишуню Приморская армия выправит положение. И вообще: кто не удержал турецкий вал, тот не удержится на Ишуне. А в связи с этим главная база флота — Севастополь — попадает под удар противника с суши».

Выступивший следом за Октябрьским член Военного совета флота дивизионный комиссар Кулаков согласился с данной ком-флота оценкой и подтвердил опасность сложившегося положения. Похожие мнения и на Военном совете, и позже высказали другие представители высшего эшелона флотского командования. Позицию Октябрьского поддержали начальник штаба флота контр-адмирал Елисеев и начальник береговой обороны главной базы флота генерал-майор Моргунов.

В целом руководство флота пришло к выводу, что турецкий вал был потерян по вине армейского командования и в основном по субъективным причинам: в результате просчетов и ошибок в руководстве обороной Крыма со стороны генералов Кузнецова и Батова.

Так как флотское начальство в свое время само считало десантную операцию основной угрозой Крыму и активно занималось подготовкой к отражению возможных десантов, эта причина была сразу же отвергнута. Командование флота теперь назвало оперативную обстановку на море благоприятной. Боевой и транспортный флот противника был охарактеризован как слабый, а Черноморский — как способный отразить любой вражеский морской десант. С воздушным десантом, как выяснилось на заседании Военного совета, легко могла справиться «сильная истребительная авиация флота» при поддержке армейской авиации. Добить противника на земле теперь казалось возможным силами наземных формирований флота и ополчения, так как и те, и другие «не требовались на Перекопе».

Оборона на Перекопе также показалась командованию флота недостаточно прочной в инженерном отношении. Так как бои шли уже на Ишуне, тут же было высказано мнение, что оборону нужно было строить на всю 30-километровую глубину Перекопского перешейка, до самого Пятиозёрья, так как это являлось «основой жесткой обороны Крыма».

Общий смысл высказываний присутствовавших на заседании Военного совета флота сводился к тому, что оборону Крыма пора поручить флоту. И, разумеется, подобные настроения не были случайными. На следующий день, 22 сентября, директивой Ставки было создано командование войск Крыма, явившееся, по сути, попыткой организации объединенного командования под общим руководством флота.

Кандидатура вице-адмирала Левченко, возглавившего войска Крыма, также не была случайной. Левченко находился на Черноморском театре боевых действий в качестве представителя наркома ВМФ адмирала Кузнецова. Он обладал большим опытом координации действий между армией и флотом, занимаясь этим во время обороны Одессы, Очакова, Николаева, Тендры и Западной Таврии. В Крыму Левченко координировал действия ЧФ и 51-й армии.

Передача руководства обороной Крыма представителю флота означала и смену приоритетов этой обороны. В советской мемуарной литературе руководители ВМФ часто называли решение Ставки о передаче командования обороной полуострова флоту правильным, но запоздавшим. На самом деле оно было вполне логичным и своевременным.

После выхода противника на оперативный простор удержать контроль над всей территорией полуострова уже не представлялось возможным. В этой ситуации наиболее важной задачей становилась оборона Главной базы ЧФ, что и было доверено флоту.

После переноса боевых действий на прибрежный театр эта задача становилась не только наиболее важной, но и посильной для флота. Как и при обороне Одессы, он мог, имея в оперативном подчинении одну-две армии, длительное время отстаивать Севастополь, используя береговые батареи и огневую мощь многочисленных надводных кораблей, начиная от линкоров и кончая морскими охотниками.

Однако смена приоритетов происходила не сразу, а постепенно, так как новый командующий вынужден был учитывать не только интересы флота, но и требования Ставки, основным приоритетом которой по-прежнему было стремление не отступать ни при каких обстоятельствах.

26 октября командующий войсками Крыма вызвал к себе в Симферополь членов Военного совета флота. Вместе с Октябрьским, Кулаковым и бригадным комиссаром Азаровым, только что назначенным членом Военного совета, поехал также и заместитель наркома ВМФ Рогов. Левченко проинформировал членов Военного совета о тяжелом положении на фронте, после чего потребовал перебросить в район боевых действий прикрывавшую Севастополь 7-ю бригаду морской пехоты. Командование флота начало протестовать, считая, что нельзя «оставить главную базу флота без прикрытия хотя бы одной относительно крупной стрелковой частью». Но Рогов поддержал Левченко, и решение было принято. Вечером того же дня Рогов, сославшись на неотложные дела, уехал на Кавказ.

После того как обе крымские армии были сбиты с Ишуньских позиций и обстановка стала неясной, командование флота приложило все усилия к тому, чтобы в первую очередь выяснить положение на Севастопольско-Симферопольском направлении.

28 августа начальник штаба Черноморского флота Елисеев отправил в штаб Приморской армии представителя флота для сбора информации о положении на Севастопольском направлении. Кандидатура представителя была выбрана лично командующим флотом Октябрьским, что говорило об особой важности для флота этого задания. От его результатов зависела судьба флотских аэродромов, развернутых на севере Крыма, и базирование кораблей в главной базе флота.