Так как телеграмма была адресована и Сталину, находившийся в это время в Архангельске Кузнецов не решился что-либо ответить на нее, не получив указаний Верховного Главнокомандующего. Но, вернувшись 5 ноября в Москву и уточнив предварительно обстановку в Крыму у начальника Главного морского штаба, а затем и у начальника Генерального штаба, Кузнецов все-таки решил принять одно самостоятельное решение по этому вопросу.

Опасаясь, что Октябрьский опять отправится на Кавказ, нарком приказал заместителю начальника Главного морского штаба Алафузову «дать указание командующему флотом о его местонахождении», запретить тому покидать Крым. И командующему ЧФ полетела телеграмма следующего содержания: «В связи с обстановкой нарком приказал Вам находиться в Севастополе. Алафузов». Фактически ему запрещалось покидать Крым.

Как вспоминал впоследствии П. А. Моргунов, Октябрьский довольно болезненно воспринял ограничение его свободы передвижений, объявив всем присутствовавшим на ближайшем совещании: «пока идет наступление, мне приказано остаться в Севастополе. Окончательное решение будет принято Ставкой».

5 ноября, не дождавшись ответа, Октябрьский направил повторную телеграмму. Но, памятуя о реакции Кузнецова, командующий флотом на этот раз адресовал ее только Сталину. В ней он несколько сгустил краски, указав, что «до сих пор Севастополь ни от кого не получил помощи. Крымская армия была рассеяна, а остатки Приморской армии бродили по горам. Для обороны ГБ флот бросил все, что имел, и больше нечего было дать. Единственная надежда оставалась на то, что через день-два подойдут свежие армейские части. Если этого не будет, противник прорвется к Севастополю».

Командующий ЧФ напомнил, что, несмотря на тяжелое положение, он не получил руководящих указаний по новой дислокации кораблей и частей, эвакуации и размещению тылов, мастерских и по ряду других неотложных вопросов. Тогда же командующий доложил, что руководство сухопутной обороной базы он передал согласно приказу командующего войсками Крыма генерал-майору Петрову и предполагал по окончании эвакуации имущества ГБ на Кавказ перевести свой ФКП в Туапсе и оттуда руководить боевыми действиями флота на Азовском и Черноморском театрах.

Ознакомившись с телеграммой, Левченко расценил ее как оспаривание собственного решения и попытку осуществить не согласованные с ним действия. Но писать Сталину он не стал, а обратился к наркому ВМФ Кузнецову и начальнику Генерального штаба Шапошникову, сообщив им в своих телеграммах об организации в Крыму двух оперативных направлений: Севастопольского и Керченского.

Ответственным за Керченское направление Левченко назначил Батова, а командование Севастопольским возложил на себя. Таким образом, командующий войсками Крыма фактически попробовал разделить ответственность за оборону всего полуострова и в первую очередь Керчи, положение под которой становилось все более тяжелым. Одновременно Левченко брал на себя полную ответственность за оборону главной базы, несколько ущемляя полномочия флота.

Такое предложение вызвало категорическое возражение Кузнецова, считавшего, что «только командующий флотом может по-настоящему руководить обороной Севастополя». Однако прежде чем обращаться к Сталину по этому вопросу, нарком решил заручиться поддержкой начальника Генерального штаба. Вместе с ним Кузнецов составил совместную директиву, которой предусматривалось, что за оборону главной базы флота должен отвечать Военный совет ЧФ. Завизировав проект директивы своими подписями, Кузнецов и Шапошников отправили ее в секретариат Сталина.

Реакция Верховного Главнокомандующего была очень быстрой. Уже на следующий день вышла директива Ставки, определяющая новый порядок управления войсками Крыма:

«С целью сковывания сил противника в Крыму и недопущения его на Кавказ через Таманский полуостров, Ставка Верховного Главнокомандующего приказывает:

1) Главной задачей ЧФ поставить активную оборону Севастополя и Керченского полуострова всеми силами.

2) Севастополь не сдавать ни в коем случае и оборонять его всеми силами.

3) Все три старых крейсера и старые эскадренные миноносцы держать в Севастополе. Из этого состава сформировать маневренный отряд для действий в Феодосийском заливе по поддержке войск, занимающих Ак-Монайские позиции.

4) Отряду Азовской флотилии поддерживать войска на Ак-Монайских позициях с севера.

5) Линкор и новые крейсера базировать в Новороссийске, используя их для операций против берега, занятого противником, и для усиления отряда старых кораблей. Базирование эскадренных миноносцев установить по вашему усмотрению.

6) Часть зенитной артиллерии из оставленных районов использовать для усиления ПВО Новороссийска.

7) Организовать и обеспечить перевозку в Севастополь и Керчь войск, отходящих в Ялту, Алушту и Судак.

8) Истребители, штурмовики и часть самолетов МБР оставить в Севастополе и Керчи; остальную часть использовать с аэродромов Северо-Кавказского военного округа для ночных ударов по аэродромам, базам и войскам противника в Крыму.

9) Эвакуировать из Севастополя и Керчи на Кавказ все ценное, но не нужное для обороны.

10) Руководство в Севастополе возложить на командующего ЧФ с подчинением его вам. Заместителем командующего ЧФ иметь в Туапсе начальника штаба флота.

11) Вам находиться в Керчи.

12) Для непосредственного руководства обороной Керченского полуострова назначить генерал-лейтенанта Батова».

Директива была подписана Сталиным, Шапошниковым и Кузнецовым. Судя по глубине проработки поднятых вопросов и оптимальности предлагаемых решений, она подготавливалась Сталиным заранее, с момента возникновения конфликта.

По существу она представляла компромиссное решение, но направленное не на удовлетворение потребностей заинтересованных сторон, а на повышение эффективности обороны полуострова.

Ответственность за оборону полуострова решено было не дробить, а саму оборону не делить на главные и второстепенные направления. Сталин подчеркнул, что оборона Севастополя, несмотря на его важность для страны, неотделима от обороны всего Крыма, и флот должен защищать полуостров так же, как и свою собственную базу. Общее руководство всей операцией сохранялось за Левченко, а флот по-прежнему оставался в его оперативном подчинении. Таким образом был соблюден принцип единоначалия, который фактически пытались нарушить командующий ЧФ и нарком ВМФ.

При этом Сталин счел необходимым присутствие командующего флотом в Севастополе, а командующего войсками Крыма и 51-й армией — в Керчи. Так он максимально усилил командование обороной, поместив его оперативный центр на самое угрожаемое направление. Этой же директивой Сталин определил порядок участия флота в обороне Керченского полуострова и запирающих его Ак-Монайских позиций.

Таким образом, Сталиным были четко определены задачи Черноморского флота и командования войсками Крыма по обороне Севастополя и Керчи, неоднозначно трактовавшиеся обеими сторонами. И так как Сталин взял самое рациональное из позиций обеих сторон, возможный конфликт между наземными войсками и флотом не только был погашен в самом зародыше, но и обращен на пользу обороны полуострова.