Успешные испытания Ту-16 побудили использовать его в качестве носителя этого уже отработанного ракетного комплекса, что должно было значительно повысить боевые возможности системы «Комета». Модернизированная противокорабельная авиационно-ракетная система дальнего действия получила обозначение Ту-16КС, экипаж носителя возрос до семи человек. Весь комплекс управления вместе со станцией «Кобальт-М» был полностью взят с самолета Ту-4К и размещался вместе с оператором в грузоотсеке. Две управляемые крылатые ракеты КС-1 подвешивались под крыльями. Радиус действия Ту-16КС составлял 1800 км, дальность пуска КС-1 – 90 км.

Заводские испытания, Ту-15КС проведенные экипажем во главе с летчиком-испытателем Ю.Т.Алашеевым успешно завершились в ноябре 1954 г. Всего было выполнено 18 полетов. В начале следующего года опытный Ту-16КС успешно прошел испытания на полигоне Багерово, после чего был рекомендован для принятия на вооружение. С 1954 по 1958 гг. завод №22 в Казани выпустил 107 Ту-16КС, из них в 1958 г. 59 машин с системой дозаправки Ту-16КС (ЗА). Порядка 40 носителей в 1960-х гг. были переданы Индонезии и Египту.

Экипажи Ту-16 полки морской авиации направляются к своим самолетам для выполнения учебного либо разведывательного вылета. Во время таких вылетов на самолеты Badger G обычно не подвешивалось ракетное вооружение. Все самолеты полностью цвета натурального металла.

Антенна в виде перевернутой буквы «Т» на носу этого Badger G является антенной станции «Рица», предназначенной для облегчения пилоту полетов на малой высоте перед пуском ракеты.

Дальнейшим развитием советских авиационных крылатых ракет стала ракета КСР-2, которая в сочетании с носителем Ту-16 и системой наведения «Рубикон» образовала комплекс К-16, предназначенный для поражения радиолокационно-контрастных морских и наземных целей: кораблей, мостов, плотин, электростанций, заводов, железнодорожных узлов, аэродромов и т.п. Его крылатая ракета КСР-2 (К16)с активной головкой самонаведения начала разрабатываться с конца 1957 г. и оснащалась ЖРД типа С5-6 с тягой до 1200 кгс в момент пуска и до 700 кгс на маршевом режиме. На КСР-2 устанавливалась система радиоуправления с бортовым локатором КС-ПМ, связанная с самолетной РЛС «Рубин-1 К». Длина ракеты – 8,62 м, размах крыла - 4,52 м, стартовая масса – 4077-4100 кг, масса боевой части – 840-850 кг, максимальная скорость – 1260 км/ч и дальность полета- 120-150 км.

Благодаря автоматизации процесса прицеливания специальный оператор в составе экипажа уже не требовался, поэтому его гермокабина в бомбоотсек Ту-16К-16 не устанавливалась, а сами ракеты подвешивались на крыльевых балочных держателях. Таким образом, в бомбоотсеке сохранялась возможность подвески бомб. В случае, если ракетоносец переоборудовался из Ту-16А, он мог применяться и как носитель ядерных боеприпасов. В результате система К-16 стала первым смешанным авиационно-ракетным и бомбардировочным комплексом.

После повторных Госиспытаний, проведенных в июле-августе 1961 г., доработанную систему К-16 Постановлением Совмина СССР № 1184-514 от 30 декабря того же года приняли на вооружение ДА и Авиации ВМФ.

Левый подкрыльевой пилон самолета Ту-16 Badger G. Различные ракеты, которыми оснащались Ту-16, имели одну общую черту – все они устанавливались ни подкрыльевой пилон одинаковой конфигурации и с одним посадочным местом.

Badger G с антенной станции «Рица» установленной на переплете кабины штурмана-бомбардира.

Badger G египетских ВВС. Самолет несет большой тактический номер в передней части фюзеляжа и номер выполненный арабскими письменами в задней части фюзеляжа (оба – черные). Такие самолеты, вооруженные ракетами КСР-2 использовались для итак израильских целей во время войны Судного дня.

С июля 1957 г., то есть практически одновременно с работами по комплексу К-16, в котором использовалась КСР-2 с активной ГСН, велось проектирование комплекса К-11 под ракету КСР-11 (К11) с пассивной головкой самонаведения. Последняя предназначалась для поражения работающих наземных и корабельных РЛС обнаружения, управления огнем зенитной артиллерии и наведения зенитных ракет. К концу 1959 г. основные проблемы, связанные с разработкой системы управления ракеты и системы радиолокационной разведки и целеуказания, получившей название «Рица», были решены. «Рица» предназначалась для обнаружения работающих РЛС, ее Т-образная пеленгационная антенна устанавливалась в самом носу фюзеляжа на переплете фонаря штурмана, а основная часть аппаратуры – на месте демонтированных передней пушечной установки и прицела ПКИ. «Рица» позволяла определять в переднем секторе обзора тип работающих РЛС с автоматической регистрацией результатов, производить выбор цели по индикатору в координатах азимут-дальность и настраивать на выбранную цель аппаратуру ГСН ракеты, а также выводить самолет в точку пуска.

Сама ракета КСР-11 по конструкции была подобна КСР-2. Две штуки КСР-11 подвешивались на крыльевых балочных держателях. Боевая часть – фугасная или осколочно-фугасная. Максимальная дальность пуска составляла 85 км с высоты 4 км и 120 км с высоты 10 км. На КСР-11 в передней части фюзеляжа под удлиненным обтекателем устанавливалась пассивная ГСН типа 2ПРГ-10, из-за чего общая длина ракеты увеличилась до 8,6 м. Пуск КСР-11 происходил в момент взятия цели на сопровождение головкой самонаведения. Крейсерский полет ракеты проходил на высоте носителя, а на последнем участке она переходила в пикирование с углом 300. На случай обнаружения противником пуска и выключения атакуемой РЛС в системе управления КСР-11 предусматривался режим памяти, позволявший в течение некоторого времени сохранять направление полета на цель. После пуска носитель мог свободно маневрировать.

В течение двух лет система К-11 проходила комплексные совместные испытания, после чего Постановлением Совмина СССР №314-157 от 13 апреля 1962 г. была принята на вооружение. Она имела следующие характеристики: радиус действия – 2000 км, диапазон высот пуска – 4000-11000 м, дальность обнаружения РЛС – 270-350 км, дальность пуска -160 км. Как и Ту-16К-16, ракетоносец Ту-16К-11 мог применяться и в качестве бомбардировщика.