В 1504 г. хан планировал строительство еще одного города, о чем также сообщал московскому князю: «Да еще сам на Днепре на Таване хочю доспети один город велик, а городище есть, и яз то хочю город доспети. Бог даст ся весна будет, перекоп сделаю; а салтан Баязит тысячю человек дал, перекоп крепкой сделай, молвил».

Перекоп был достроен к 1509 г. Он представлял собой обложенный камнем восьмикилометровый вал с башнями и шестью бастионами. Перед валом был прорыт глубокий ров (собственно «перекоп» или «кырым», если следовать этимологии происхождения хоронима Крым от татарского «ров», «окоп», «земляное укрепление»). Через ров был переброшен подъемный мост, подводивший к единственным крепостным воротам.

Перекопское укрепление, по сути, полностью перекрывало всю северную границу полуострова, и вторгнуться в его пределы по суше, минуя это мощнейшее по тем временам сооружение, было невозможно. Построено оно было на перешейке шириной от 8 до 23 км, располагающемся между Азовским морем на востоке и Перекопским заливом (частью Керкинитского залива Черного моря) на западе.

Простота государственной организации и примитивность делопроизводства во всех отраслях управления позволяли татарам обходиться без постоянных, стационарных правительственных учреждений, расположенных в каком-либо месте, в котором был бы вынужден в основном находиться и сам хан как носитель верховной власти. Это вело к тому, что в татарском государстве в Крыму долгое время не было столицы как устоявшегося географического пункта, места расположения правительства, государственных учреждений и служб. Напротив, вся власть сосредотачивалась вокруг хана, и там, где находилась в тот или иной момент его кочевая ставка – стойбище-стан, – организовывалась и работала вся государственная машина: выдавались, записывались и провозглашались указы, разбирались судебные тяжбы и приводились в исполнение приговоры, принимались иностранные посланники, собиралось войско и даже чеканилась монета. Складывалась ситуация, когда столица буквально кочевала вслед за передвигавшимся преимущественно по степному Крыму властелином, а не правитель был привязан к стольному граду, как это было в оседлых централизованных государствах.

Изначально столицей Крымского улуса условно можно было считать Солхат (Старый Крым), затем она переместилась в Кырк-Ер (Чуфут-Кале), а после – в Салачик у подножия Чуфут-Кале. И лишь постепенно в первой трети XVI в. в роли столицы утвердился Бахчи-Сарай (Бахчисарай). Его название Сарай-Даулет (Счастливый) часто переводится как «Веселый город» или «Счастливый город». Использовались также названия Счастливый Кермен и Сарай. После завершения его строительства в 1503 г. сюда была перенесена ханская ставка, и город постепенно сделался полноценной столицей и стал быстро разрастаться.

Бахчи-Сарай (Бакчэ-Сарай) расположен посередине между Эски-Юртом и Салачикским ущельем, ведущим к Чуфут-Кале. Слово «Бахчи» в переводе означает «Сад», здесь была расположена одна из пригородных ханских ставок (Эльма-Сарай, Ашлама-Сарай и другие), разбросанных в окрестностях Эски-Юрта. Русские послы Тяпкин и Зотов, посещавшие Крым в конце XVII в., называют «бакчами» и другие ханские ставки: «Приехали мы с приставом своим беем на реку Качю, где стоял в бакчах Ханово Величество». «Все упомянутые чины к Хану съехались и засели в думе с его Хановым Величеством в бакчах его Хановых, на Каче».

Сам Хаджи Герай, согласно преданию, устроил себе погребение в Салачике, на границе между спуском с Чуфут-Кале и Бахчисарайской долиной. Гробницы знаменитых предков, почитавшиеся как священные места, чтились татарами, и неудивительно, что в случае с Крымским ханством именно погребение в Бахчисарае правивших государством ханов сыграло значимую роль в том, что городок стал ханской столицей. Менгли Герай почтил память отца строительством у его погребения мечети и медресе.

Один из ближайших преемников Менгли Герая Сахиб Герай и ханский княжич Шегбаз Герай, погибшие в пределах черкесских, также были затем перенесены в Бахчи-Сарай и погребены возле своих предков. А Менгли Герай настойчиво просил прислать ему для погребения в Крым прах своего умершего в России брата Нур-Давлета: «Нурдоулата царя брата старшаго кость». Великий князь Московский ответил согласием, сообщив крымскому хану в грамоте, что «царица брата твоего жена царева Нурдоулатова Юмадыкова дочь, да и с костию брата твоего с Нурдоулатовою в Путивле будут».

Показательна ктиторская надпись на «Железных вратах» Бахчисарайского дворца 1503 г., гласившая: «Приказал построить этот величественный порог и эту возвышенную высочайшую дверь султан обоих материков и хакан обоих морей, султан, сын султана, Менгли Герай хан, сын султана Хаджи Герая». В ней утверждается статус нового города как главнейшего места ханской ставки, а также подчеркивается преемственность власти правящего хана от его отца, основателя династии – Хаджи Герая.

За пределами Крымского полуострова хану подчинялись несколько кочевых орд – многочисленные ногайские кланы, кочевавшие между Дунаем и Кубанью. Они были известны как под условными названиями, в зависимости от территории кочевий, – Белгородская орда, Аккерманская орда, Буджакская орда, очаковские татары (XVI–XVII вв.), так и под собственными названиями – Едисанская орда, Едичкульская орда, Джамбайлуцкая орда (XVIII в.). В XVII в. главнокомандующим ногайцев был ор-бей (перекопский бей), с XVIII в. в каждую орду назначался сераскер – командир, военачальник и каймакам – гражданский администратор.

Белгородская орда (Буджакская, Добруджская или Малая Ногайская) кочевала в степях Буджака между устьями Днестра и Дуная. Татары начали заселять эту местность еще до XIV в. Во второй половине XIV в. орда заняла степи между устьями Днепра и Дуная от Белгорода (современного Белгорода-Днестровского) до Килии. Около 1569 г. сюда из прикаспийских степей переселились более 30 тысяч ногайских родов, которых со временем стали называть буджакскими татарами по названию городка Буджак в Днепровском лимане.

В начале XVII в. произошло массовое переселение ногайцев в буджакские степи. Большинство из них занималось скотоводством – разведением крупного рогатого скота, коневодством и овцеводством. В отличие от остальных ногаев, чистых кочевников-скотоводов, население Буджакской орды занималось также и земледелием: выращивало пшеницу, рожь, ячмень и просо. Изредка практиковалось виноградарство.

Впрочем, грабительские походы на соседние страны в любом случае оставались главным источником обогащения для местного татарского населения. Даже в начале XVIII в. Дмитрий Кантемир в «Описании Молдавии» отмечал, что местные крестьяне постоянно страдали от татарских набегов: «…для крестьян особенно большим несчастьем является то, что они живут по соседству с татарами, которые не только тайно воруют все, что могут, но даже иногда под видом похода в Польшу – а в этом случае они не могут миновать Молдавию, – открыто совершают величайший грабеж, уводя в плен всех жителей деревень, которых потом продают в Константинополь как русских. Хотя подобные набеги уже давно запрещены неоднократными приказами султана, но кто может избежать при этих обстоятельствах преступных действий татар? Однако более счастлива участь тех, коих судьба приведет в Константинополь, ибо там княжеские резиденты могут взять без выкупа и отпустить на волю пленника молдаванина, где бы его они ни нашли».