января 1921 года принял постановление о формировании специальных войск ВЧК. До издания этого постановления «в Туркестане для обслуживания органов ЧК никаких отдельных отрядов или батальонов не существовало».

По плану формирования на войска ВЧК Туркестана было возложено проведение операций органов ЧК, охрана границ Туркреспублики (с Китаем, Афганистаном и Персией) и борьба с бандитизмом.

Каждой областной ЧК был придан отдельный батальон особого назначения. Кроме того, непосредственно при ТуркЧК имелось 67 отдельных батальонов, а при Полномочном Представительстве ВЧК на территории Туркестана — отряд особого назначения.

Вместе с частями Красной Армии бойцы войск органов государственной безопасности непосредственно участвовали в боевых операциях против басмачей, показав при этом образцы выдержки, мужества и героизма.

13 сентября 1921 года кавалерийская группа отряда особого назначения ПП ВЧК в составе лишь одного эскадрона и конно-пулеметного взвода в районе кишлака Кокан-Аманчура Самаркандской области внезапным налетом выбила из кишлака банду курбаши Исраила в количестве 1200 человек. Не ожидавшие нападения басмачи в панике бежали, оставив много убитых и раненых.

В боях в районе кишлаков Яка-Тут и Кудаш-Дам, недалеко от Коканда, сводный отряд 68-го отдельного батальона особого назначения Ферганской ОблЧК в составе 230 бойцов разгромил банду басмачей численностью около 1000 человек. Четыре с половиной часа длился этот неравный бой. Несмотря на численно превосходящие силы басмачей, чекистский отряд вышел победителем.

В мае 1922 года кавалерийский взвод этого же батальона в количестве 35 всадников получил приказание двинуться в г. Ош на соединение с находящимися там красноармейскими частями.

В пути следования на чекистский отряд напала банда Муэитдина численностью около 600 басмачей. Чекисты не растерялись и, спешившись, заняли круговую оборону. В течение нескольких часов длился кровопролитный бой с крупными силами басмачей. Проявив исключительную отвагу и героизм, взвод успешно отразил все нападения бандитов и вышел на соединение с нашими частями.

Рука об руку с частями Красной Армии героически сражались с басмачами славные чекисты-пограничники, пресекавшие попытки ухода за кордон разгромленных шаек и отражавшие вылазки на нашу территорию ранее бежавших за границу остатков басмаческих банд. Особенно отличалась в боях с басмачами 37-я пограничная бригада под командованием Василия Степановича Сахно.

В конце декабря 1921 года банда басмачей в количестве 750 человек внезапно напала и захватила имевший стратегическое значение г. Ширабад. Нужно было в кратчайшие сроки выбить басмачей из города и уничтожить банду. Такую задачу командование поставило перед 37-й бригадой.

Для выполнения поставленной задачи пришлось сформировать отряд из вспомогательных подразделений, так как основные силы бригады в этот период вели упорные бои с другими бандами. Взяв на себя лично руководство этим отрядом, командир бригады тщательно разработал план разгрома банды. В бою за город Ширабад пограничники наголову разгромили басмачей.

37-я пограничная бригада под командованием В. С. Сахно в последующих боях с бандами басмачей нанесла им ряд поражений, захватив только пленными около двух тысяч бандитов.

За умелое руководство бригадой, личное мужество и отвагу Коллегия ОГПУ наградила командира бригады В. С. Сахно именным маузером с надписью «За успешную борьбу с басмачеством в Средней Азии».

23 декабря 1923 года 200 басмачей, перейдя государственную границу, напали на кишлак Бага-Чакал, разграбили его и угнали с собой часть жителей. Получив сообщение об этом, командир подразделения Климов, имея в своем распоряжении всего 15 конных пограничников, организовал преследование банды и, настигнув ее, повел свое подразделение в атаку. Бой был упорным и тяжелым. Каждый пограничник вел бой больше, чем с десятью басмачами, но никто из пограничников не дрогнул. В самый критический момент боя рядовой Донских с ручным пулеметом бросился в контратаку, расстреливая басмачей в упор. Этот героический поступок воина-чекиста решил исход сражения: растерявшиеся басмачи в замешательстве бежали, оставив на месте боя несколько десятков убитых и раненых.

Маленький отряд пограничников в этой неравной схватке вышел победителем. Воины-чекисты освободили всех людей, захваченных басмачами.

За умелое руководство боем и личную храбрость Советское правительство наградило командира эскадрона Климова орденом Красного Знамени, а пограничники Кравченко, Донских, Черевенко, Кравцов и другие за проявленное в бою мужество и героизм приказом ОГПУ были награждены именными серебряными часами.

Велика роль органов государственной безопасности в ликвидации басмачества. Раскрывая замыслы и планы басмаческих курбашей, чекисты оказывали большую помощь партийно-советским органам в разработке мер по искоренению басмачества, а также содействовали командованию Красной Армии в успешном осуществлении операций против шаек. Обезвреживая басмаческую агентуру, закрывая каналы снабжения банд оружием, боеприпасами и военным снаряжением и, наконец, участвуя непосредственно в боевых операциях, сотрудники и войска органов государственной безопасности были верными исполнителями воли Коммунистической партии и трудящихся в ликвидации басмачества.

По докладу В. И. Ленина IX Всероссийский съезд Советов 28 декабря 1921 года принял резолюцию, в которой, отметив героическую работу органов ВЧК, постановил: «...Ныне укрепление Советской власти вовне и внутри позволяет сузить круг деятельности Всероссийской Чрезвычайной Комиссии и ее органов, возложив борьбу с нарушением законов советских республик на судебные органы. Исходя из этого, Съезд Советов поручает Президиуму Всероссийского Центрального Исполнительного Комитета в кратчайший срок пересмотреть положение о Всероссийской Чрезвычайной Комиссии и ее органах в направлении их реорганизации, сужения их компетенции и усиления начал революционной законности».

Во исполнение постановления IX съезда Советов РСФСР, Президиум ВЦИК 6 февраля 1922 года издал декрет об упразднении ВЧК и ее местных органов. Подавление открытых контрреволюционных выступлений, в том числе бандитизма, принятие мер борьбы со шпионажем, охрана границ РСФСР, борьба с контрабандой, а также выполнение специальных поручений Советского правительства по охране революционного порядка — все это было возложено на Народный комиссариат внутренних дел. Для осуществления этих новых для НКВД функций при нем образовывалось Государственное Политическое Управление (ГПУ) под руководством наркома внутренних дел, а на местах при ЦИК автономных республик и губисполкомах — политические отделы.

В соответствии с утвержденным 6 февраля 1922 года ВЦИК РСФСР Положением о Государственном Политическом Управлении, председателем ГПУ являлся народный комиссар внутренних дел или назначаемый Совнаркомом его заместитель. Коллегия ГПУ образовывалась при Председателе, с утверждением правительством ее членов.

Для объединения руководства и координации работы органов государственной безопасности на местах, в автономных республиках создавались полномочные представительства.

В соответствии с телеграфным указанием ВЧК от 9 февраля 1922 г. Полномочное Представительство ВЧК на территории Туркестана было реорганизовано в Полномочное Представительство Государственного Политического Управления, а Туркестанская Чрезвычайная Комиссия преобразовывалась в государственное Политическое Управление Туркестанской республики.

28 марта 1922 года в соответствии с приказом Полномочного Представителя ГПУ на территории Туркреспублики был создан Туркестанский отдел ГПУ, а в областях учреждались областные отделы ГПУ. Вместо политбюро был создан институт