До точки рандеву транспорты должен был сопровождать небольшой эскорт. Местное сопровождение осуществляли 2 эскортных миноносца типа «Хант»: «Эскдейл» (лейтенант М. Дж. У. Посей, однако корабль находился в распоряжении норвежского командования и старшим офицером на борту был норвежский капитан 2 ранга) и «Фарндейл» (лейтенант Дэвид Трентхэм). К ним следовало добавить 2 старых эсминца «Кэмпбелл» и «Маккей», а также 5 траулеров «Пейнтер», «Кинг Сол», «Араб», «Хью Уолпол», «Данктон». «Ханты» располагались впереди и позади длинных колонн, «Кэмпбелл» шел на траверзе замыкающего судна правой колонны, а «Маккей» — левой. Траулеры образовали широкий полукруг в носовом секторе.

Погода была свежей и продолжала ухудшаться дальше. На рассвете 3 сентября выяснилось, что транспорты «Джон Пенн» и «Борегар» оторвались от конвоя. Пропажа 2 транспортов буквально на первых милях пути вызвала беспокойство, и «Эскдейл» отправился на поиски, но не нашел ни малейших признаков 2 американских транспортов. Однако некоторое время спустя была получена радиограмма. Выяснилось, что «Борегар» вернулся обратно в порт из-за проблем с машинами.

В дневное время ордер предусматривал, что эсминцы будут находиться в 4000 ярдов, а траулеры — 1500 ярдов от транспортов. Коммодор Боддэм-Уитэм перестроил транспорты в 10 колонн, так как сейчас у него было достаточно пространства для этого. Эти колонны ничуть не напоминали прямые линии, и коммодору без конца приходилось посылать сигналы и приказы американским кораблям, требуя соблюдать строй. Отношения постепенно накалялись, так как коммодор старался навести хотя бы подобие порядка в рядах конвоя. Но это удавалось плохо, так как на следующую ночь погода ухудшилась, и вскоре конвой попал в зону сильного шторма. Внешние Гебридские острова уже не прикрывали караван, и вскоре строй рассыпался окончательно. Корабли конвоя разбросало в разные стороны.

Довольно быстро торговые суда оказались в сложном положении. «Кэмпфайр» радировал: «Юго-восточный шторм, очень сильная волна. Вижу два корабля, поднявшие сигнал «Не могу управляться». На борту американского транспорта «Патрик Генри» определили, что сила ветра составляет от 9 до 10 баллов, очень сильная волна била прямо в борт. Капитану пришлось отозвать экипаж бакового орудия, так как волна захлестывала банкет, на котором стояло орудие. До 20.00 шкипер пытался удержаться на предписанном ему месте в строю, но потом сдался. Скорость была уменьшена, и «Патрик Генри» положил руля лево на борт, оторвавшись от конвоя. Он снова присоединился к конвою на следующее утро, однако «Патрик Генри» был далеко не единственным судном отставшим невольно или сознательно выбравшим другой курс.

На рассвете выяснился неприятный факт — не менее 9 судов пропали вместе с 3 эскортными кораблями. Впрочем, эсминцы «Кэмпбелл» и «Маккей» и спасательное судно «Данктон» оставили строй по собственной инициативе. Они пошли к отставшим транспортам, которые находились неподалеку. Общая скорость конвоя из-за ужасной погоды пока не превышала 5 узлов.

Три отставших транспорта в течение дня самостоятельно вернулись к конвою. Эсминцы сообщили, что видят группу из 5 судов примерно в 15 милях по левой раковине. Вместе с ними находился «Данктон». «Маккей» был послан за ними ночью 4/5 сентября с приказом на рассвете привести эту группу к конвою.

К счастью, вскоре погода улучшилась до такой степени, что 5 сентября к 11.00 все отставшие суда подошли, за исключением транспорта «Джон Пенн» и спасательных судов «Данктон» и «Коупленд». Последний входил в группу «Маккея», но, видимо, самостоятельно пошел в Рейкьявик за углем, так как позднее у берегов Исландии он встретился с конвоем. «Данктон» тем временем обнаружил «Джон Пенн» и сопровождал его к конвою. «Эмпайр Тристрам» сообщил, что штормом разбило все спасательные шлюпки, кроме одной. В нее могли сесть не более 30 человек, тогда как численность экипажа составляла 70 человек. Коммодор Боддэм-Уитэм запросил, разрешить ли транспорту следовать дальше. Сначала эта информация была передана «Каталине», которая в 14.00 появилась над конвоем.

«Каталина» в ответ передала тревожную новость, что в 38 милях к северу видела на поверхности подводную лодку. Вскоре были получены сообщения о новых контактах, это убедило командира эскорта в том, что 4 или 5 немецких лодок развернуты поперек линии курса конвоя. Обнаружить противника в самом начале операции было крайне неприятно, особенно потому, что погода была очень плохой. Позднее стало известно, что немцы развернули подводные лодки в самом начале месяца, ожидая выхода PQ-18.

Теперь конвой отставал от графика на 36 часов, но тем не менее было решено временно повернуть на юг, чтобы обойти подводные лодки. «Фарндейл», «Кэмпбелл» и «Маккей» были выделены для поисков лодок, чтобы загнать под воду всякого, кто попытается преследовать конвой. Вскоре это решение принесло плоды, и стало ясно, что донесение «Каталины» было верным.

В 19.56 «Фарндейл» сообщил, что видит подводную лодку на поверхности. Было не очень ясно, где именно это произошло, но его примерная позиция в это время была в 60 милях по правой раковине конвоя. Радиограмма, полученная «Эскдейлом» около полуночи, указывала точку всего в 12 милях по левой раковине. В действительности «Фарндейл» в сумерках ненадолго заметил U-456 (капитан-лейтенант Тайхерт). Прозвучала боевая тревога, хотя экипаж и так находился на боевых постах. Носовая 102-мм установка должна была открыть огонь, но не сделала этого, так как наводчик не успел разглядеть цель. Подводная лодка погрузилась, когда расстояние до миноносца составило 500 ярдов. Были сброшены несколько глубинных бомб, но установить контакт с помощью асдика не удалось. Это совершенно не удивительно, учитывая погодные условия.

Итак, подводная лодка пережила это столкновение, чтобы на следующий день снова вступить в бой. Однако не следует обвинять «Фарндейл». Корабль прибыл в Скапа всего 11 дней назад, поэтому не следовало ожидать, что его неопытная команда сможет оперативно действовать в стремительно меняющейся обстановке ночного боя. Чудесное спасение помогло U-456 сесть на хвост конвою. Следует отметить, что примерно в это же время германская авиаразведка обнаружила в Сейдис-фиорде «Аведжер» (принятый за «Аргус»), «Сциллу» (крейсер типа «Дидо») и Боевую эскортную группу эсминцев, поэтому немцы точно представляли, что происходит.

Тем временем в 21.00 PQ-18 повернул на 30 градусов влево, но через 5 часов вернулся на прежний курс. Ночь прошла спокойно, а на рассвете 6 сентября «Джон Пенн» еще раз присоединился к конвою. Из-за потенциальной угрозы подводных лодок из Исландии были высланы еще 3 эсминца, чтобы усилить не слишком мощный эскорт. «Эхо», «Монтроз» и «Уолпол» прибыли в 13.00. Эти подкрепления позволили перестроить схему охранения. Так как на «Фарндейле» асдик вышел из строя после ночного происшествия, его место за кормой конвоя занял «Уолпол» (лейтенант А. С. Поумрой). «Кэмпбелл» и «Маккей» держались на траверзах конвоя, а «Эхо», «Франдейл», «Эскдейл» и «Монтроз» развернулись строем фронта впереди, держа интервалы 2500 ярдов.

Конвой постепенно нагонял свой график, поэтому коммодор решил подождать утра 7 сентября, прежде чем перестроить растрепанный строй в две колонны для прохождения через пролив Рейкьянес. Это было сделано в 19.00, и когда пролив остался за кормой, «Оремар», «Сан-Зотика» и «Гейтуэй Сити», которые не должны были следовать далее, отправились в Рейкьявик в сопровождении траулера «Араб». Траулер принял на борт пассажира с «Эмпайр Тристрама», чтобы он мог вернуться обратно в Англию.