Для советского командования становилось все более очевидным, что полностью разгромить мятежников в короткие сроки силами ОКСВ не удастся. Главные причины военных неудач, сохранения и даже определенного расширения масштабов партизанской войны афганских моджахедов лежали не в военной сфере, а в политической. Пришедшие к власти парчамисты во главе с Барбаком Кармалем не оправдали возлагавшихся на них надежд. Реабилитировав осужденных Амином, новое руководство само встало на путь насилия и притеснений. Непродуманные и преждевременные преобразования в деревне привели к возрастанию недовольства. Афганская армия, несмотря на ее численное увеличение и насыщение частей советской военной техникой и оружием, в условиях политической нестабильности в стране оставалась почти недееспособной. Поэтому советские войска самой логикой обстоятельств все глубже втягивались в ход гражданской войны.

Введя свои войска на территорию Афганистана, советское правительство и советское военное командование не учли национально-исторические факторы этой страны, ее многовековую историю борьбы с различными завоевателями. В сознании афганца прочно укрепилось представление, что любой иностранец, вошедший в страну с оружием, — иноземный оккупант, с которым необходимо бороться. Военное командование допустило еще одну ошибку. Первоначально среди бойцов советских частей, введенных в Афганистан, большой процент составляли представители среднеазиатских народов. Очевидно, командование исходило из соображений, что воины этих национальностей найдут большее понимание у родственных жителей Афганистана. Однако на деле это имело обратный эффект. Пуштунские племена, ставшие активным звеном антиправительственного движения, исторически всегда враждовали с нацменьшинствами с севера. Появление узбеков, таджиков и туркмен явилось дополнительным раздражающим фактором, который умело использовали агитаторы и пропагандисты контрреволюции. Силы вооруженной оппозиции возрастали. Так, если в 1981–1983 гг. на территории Афганистана численность активных вооруженных формирований моджахедов составляла около 45 тыс. человек, то в 1985 году уже 150 тыс. человек. Они контролировали все основные сельскохозяйственные районы страны. Объединенные афгано-советские вооруженные силы, действующие в Афганистане, насчитывавшие в своем составе около 400 тыс. человек (из них советские войска около 100 тыс.), в основном контролировали города и связывающие их магистрали.

Непрерывно нарастали масштабы и интенсивность вооруженной борьбы оппозиции, которая все чаще принимала формы маневренных наступательных и оборонительных действий крупных полурегулярных формирований. Со второй половины 1984 года делались попытки создания на базе отдельных банд моджахедов «исламских полков» в составе 3–5 батальонов. Общая численность полка составляла 500–900 человек. Полки иногда объединялись во «фронты», в которых насчитывалось от одной до нескольких тысяч человек. На вооружении, кроме стрелкового оружия, находилась горная артиллерия, минометы, ракеты. В труднодоступной горной местности мятежники для размещения своих формирований создавали базовые районы с хорошо организованной многоярусной системой огня и инженерных заграждений.

Главную силу мятежников составляли региональные группы и отряды. Их цели, организационные формы и тактику ведения боевых действий определяли местные племенные и религиозные авторитеты — «полевые командиры», а зона действий ограничивалась районами проживания моджахедов. Эти формирования, как правило, не имели постоянного состава и организации. В случае опасности душманы растворялись среди местных жителей, что делало их выявление практически невозможным. Состав отрядов и групп в социально-этническом отношении был неоднороден. В подобные формирования входили жители одной национально-этнической группы. В большинстве случаев их командиры не имели постоянной связи с зарубежными организациями афганской контрреволюции, но главным преимуществом была активная поддержка местного населения.

Полурегулярные формирования создавались обычно на базах и в лагерях Пакистана и Ирана из афганских беженцев. Они имели хорошую военную выручку и были достаточно вооружены. Действия этих формирований не привязывались к одному району и носили высокоманевренный характер. Отряды и группы получали конкретные задачи, после выполнения которых, как правило, возвращались на свои базы для доукомплектования, перевооружения и отдыха. По оценкам западных источников, их численность составляла не более 5–8 % от общей численности сил афганской оппозиции. В состав этих групп входило много деклассированных элементов, а сами действия носили преимущественно насильственный характер по отношению к местному населению (насильственный призыв, грабежи, убийства и т. д.). Своими действиями они возвели стену определенного отчуждения между оппозицией и афганским народом. Формирования этой категории представляли собой различные по классовому составу, политическим целям и платформам эмигрантские организации оппозиции, раздираемые внутренними противоречиями и идеологической борьбой, в силу чего главной их слабостью являлось отсутствие согласованности, а нередко даже военное противоборство между собой. Составной частью вооруженных формирований контрреволюции являлись и террористические группы, действовавшие в городах. Они обладали разветвленной сетью глубоко законспирированных ячеек. Наряду с осуществлением террористических актов, саботажа, диверсий, инспирированием массовых беспорядков главари подполья имели задачи проникновения в партгосаппарат, армию и спецслужбы с целью подрыва государственной власти изнутри.

В этот период одной из главных задач борьбы с вооруженной оппозицией являлось лишение ее источников — пополнения путем возвращения на родину афганских беженцев. Но разрешение этой проблемы напрямую зависело от верности избранного общеполитического курса правительства. На практике же в результате грубых ошибок численность беженцев не только не уменьшилась, но и возросла и составила во втором периоде около 5 млн человек. Все предпринимаемые попытки перекрыть военными средствами пути поступления на территорию Афганистана свежих моджахедов успеха не давали.

Осознание того, что главными средствами борьбы с вооруженной оппозицией должны быть не военные действия регулярных войск, а продуманные социально-экономические, политические и организационно-пропагандистские мероприятия власти, привело к известной модификации тактики действий советских войск в Афганистане — их отказу от проведения многочисленных «полевых» операций против отдельных отрядов и групп душманов и сосредоточению основных усилий на удержании стратегически важных районов и обеспечения, работы коммуникаций, от чего непосредственно зависели вопросы снабжения местного населения необходимыми продуктами и товарами.

Однако на практике эта политика не всегда давала желаемые результаты, главным образом из-за слабости государственной власти на местах. Результатом многих операций советских и афганских войск было создание в уездах и волостях органов государственной власти, называвшихся оргядрами. В их состав входили представители НДПА, министерств государственной безопасности, внутренних дел, некоторых других ведомств, а также лица из числа руководящих работников общественных организаций, представители духовенства, поддерживающие правительство Афганистана. Для обеспечения безопасности работы оргядра в его составе имелось армейское подразделение (как правило, до взвода). Беда такого оргядра состояла в том, что оно было малочисленным и не обладало реальной властью. Его руководители не умели вести политическую работу с местным населением, не пользовались авторитетом. Влияние оргядра ограничивалось, как правило, тем кишлаком, в котором оно находилось.