После завершения операции войска оставляли занятый район и возвращались в места постоянной дислокации или переходили в другие районы боевых действий. На их место возвращались уцелевшие мятежники, восстанавливали свои базы и изгоняли или уничтожали оргядра. Так повторялось многократно. Например, в долине реки Панджшер во втором периоде было проведено 6 боевых операций, однако правительственная власть в этом районе так и не закрепилась. К концу 1981 года на активности и результатах боевых действий в определенной степени сказывался и большой отрыв личного состава, около 40 % которого было брошено на решение задач охраны объектов и нормализации жизни и быта ограниченного контингента советских войск. Прежде всего было необходимо построить и благоустроить многочисленные военные городки. Для этого потребовалось большое количество строительных материалов и другое оборудование, которое в основном доставлялось с территории СССР. Резко возрос поток грузов. Чтобы справиться с задачами по обеспечению строительства и пополнения всех необходимых запасов для ОКСВ, развертывается большое количество батальонов обеспечения. Так, к 1 декабря 1981 года в составе армии действовало восемь отдельных батальонов обеспечения, которые располагались в Баграме, Джелалабаде, Кандагаре, Cуруби, Шиндаде, Кабуле, Газни и Кундузе. Но и этих сил, как показала практика, оказалось недостаточно. В марте 1984 года были дополнительно сформированы два отдельных батальона обеспечения в г. Кабуле и Кундузе. Следовательно, с учетом отдельного батальона обеспечения, расположенного в Кабуле, и армейской бригады материального обеспечения, расположенной в г. Пули-Хурми еще в первом периоде, к концу второго периода этих сил оказалось достаточно, чтобы справиться с возложенными на них задачами. Об этом красноречиво говорят такие факты, как обустройство гарнизонов расположения ОКСВ. Почти в каждом гарнизоне были созданы условия не только для нормального отдыха, но и решены успешно другие вопросы быта (развернуты помывочные комплексы, библиотеки, клубы и т. д.). Совершенствовалась система безопасности войск, находящихся в гарнизонах. С этой целью подступы к гарнизонам прикрывались минными полями, на подъездных путях выставлялось охранение, кроме того, была налажена охрана объектов внутри гарнизонов.

В третий период своего пребывания в Афганистане (апрель 1985 г. — январь 1986 г.) войска 40-й армии выступили, имея самый многочисленный состав. Группировка их наземных войск включала четыре дивизии, пять отдельных бригад, четыре отдельных полка и шесть отдельных батальонов. В составе этих сил насчитывалось около 29 тыс. единиц боевой техники, из них танков, БТР, БМП до 6 тыс.

Для обеспечения действий войск с воздуха в распоряжении командующего имелись четыре авиационных и три вертолетных полка. Общая численность личного состава ОКСВ достигла 108,8 тыс. человек, в том числе в боевых частях — 73 тыс. Это была самая боеспособная группировка за весь период пребывания советских войск в Афганистане, однако взгляды на их применение существенно изменились.

В связи со сменой руководства в СССР впервые открыто заговорили об афганской войне как о вредном явлении, навязанном стране и народу небольшой группой старых политиков. В связи с этим наметилась тенденция к постоянному устранению советских войск от активной боевой деятельности, уменьшению частоты и масштабности проводимых ими операций и боев, сужению границ контролируемых районов. Частые операции стали проводиться афганскими частями, а советская сторона осуществляла их авиационное, артиллерийское и инженерное обеспечение. Лишь в исключительных случаях советское командование шло на проведение крупномасштабных операций. Примером тому может служить операция, проведенная в 1986 году по разгрому хорошо оборудованной базы моджахедов в округе Хост.

В этом периоде афганским руководством была начата работа по созданию вооруженных отрядов самообороны путем переговоров с местными вождями племен и старейшинами. Там, где удавалось этого достичь, антиправительственная деятельность прекращалась и жители, уставшие до предела от братоубийственной войны, с радостью возвращались к мирному труду. Большим политическим успехом государственной власти было установление мира с рядом пуштунских племен на границе с Пакистаном. Имелись положительные результаты на переговорах с местными вождями и религиозными авторитетами в целом ряде других районов страны, особенно на севере.

Наряду с этими мероприятиями продолжалась большая работа по укреплению вооруженных сил. Принимались меры по усилению воинской дисциплины, началась решительная борьба с дезертирством, была провозглашена полная свобода вероисповедания. В армии были введены штатные должности мулл и открыты курсы по их подготовке.

Реакция правительственной оппозиции на снижение боевой активности советских войск была неоднозначна. С одной стороны, они воспользовались этим, чтобы расширить сферы своего влияния в стране прежде всего мирным, идеологическим путем. С другой — опасаясь выхода из борьбы больших масс крестьянства, уставшего от войны и стремившегося вернуться к мирной жизни, душманские лидеры были вынуждены постоянно поддерживать напряженность в стране, раздувая пламя гражданской войны. Основные группировки, действующие активно, находились в провинции Лагар, Нангархар, Пактия. И в мае 1986 года под руководством командующего армией генерал-майора В. П. Дубынина в этих провинциях проводится ряд операций, в которых принимали участие советские и афганские войска. В этом же году проводится операция в округе Хост по разгрому базового района оппозиции. Эту операцию планировалось провести только силами афганских войск при поддержке советской авиации. Руководителем при проведении операции был назначен заместитель министра обороны ДРА генерал-майор Наби Азими. В ходе операции стало ясно, что по ряду причин самостоятельно афганские войска не смогут решить задачу, а это приведет к дальнейшему падению их морального духа и авторитета. И советские войска приняли участие в данной операции, прикрывая фланги и тыл афганской группировки, поддерживая их огнем своих средств. При уничтожении мелких группировок оппозиции афганские войска действовали самостоятельно.

Главным событием третьего периода войны стал вывод из Афганистана во второй половине 1986 года шести полков 40-й армии (двух мотострелковых, танкового и трех зенитно-ракетных). В результате чего численность личного состава уменьшилась на 15 тыс. человек, танков — на 53 единицы, БМП (БТР) — на 200 единиц.

Начало четвертому периоду было положено в декабре 1986 года Чрезвычайным пленумом ЦК НДПА, который провозгласил курс на национальное примирение. К этому времени здравомыслящим людям стало ясно, что военного решения афганской проблемы не существует. Принятие курса «национального примирения» отражало реально сложившуюся в стране обстановку, когда невозможно было достичь окончания войны военными средствами. Однако воплощение политики примирения в жизнь стало возможным только после проведения по инициативе Советского Союза целого комплекса предварительных мер, создавших для этого необходимую почву. Главным и решающим шагом было согласованное с афганским руководством решение правительства СССР о начале вывода советских войск из Афганистана при условии прекращения вооруженной помощи афганским мятежникам со стороны Пакистана и других стран. Новое политическое мышление, предусматривающее отказ от военных методов решения спорных международных вопросов, с которым выступил Советский Союз, привело в Женеву за стол переговоров правительства Афганистана и Пакистана при участии СССР и США. Результатом этих переговоров стало подписание Женевских соглашений по вопросам политического урегулирования положения вокруг Афганистана.