Начиная с января 1987 года советские войска практически прекратили наступательные боевые действия и вели бои только в случае нападения на них мятежников. Исключение составляет проведенная в 1987 году крупнейшая за все время войны в Афганистане совместная операция советских и афганских войск «Магистраль» в провинции Пактия по доставке народно-хозяйственных грузов из Гардеза в Хост с разгромом крупных сил мятежников, блокировавших дорогу, в которой участвовали силы пяти дивизий. В последующем действия советских войск свелись к контролю за основными жизненно важными участками дорог, подготовке и обеспечению выхода из Афганистана.

В 1988 году правительство Наджибуллы лихорадочно искало пути претворения в жизнь политики национального примирения. В партийной жизни основной задачей стало укрепление и консолидация рядов НДПА. Во внешней политике был взят курс на развитие отношений со всеми странами, неприсоединения ни к каким блокам. В военной области продолжились мероприятия по превращению армии в силу, способную самостоятельно защитить существующую в стране власть. Однако ни одно из проведенных мероприятий на практике не приблизило конец войны.

Оппозиция на призывы правительственной политики национального примирения ответила отказом. Ее лидеры заявили, что будут продолжать «джихад» до тех пор, пока последний советский солдат не покинет территорию Афганистана. Они усилили агитационную работу среди местного населения, повысили интенсивность вооруженной борьбы, провели серию террористических актов.

Сложной и трудноразрешимой задачей в политике примирения и прекращения огня являлся вопрос отношений с шиитским Ираном и вооруженными отрядами его приверженцев и единоверцев в самом Афганистане. Иран не признал Женевского соглашения четырех сторон, отказавшись от его подписания в качестве пятой заинтересованной стороны. Он не поддавался влиянию — международных авторитетов и не собирался отказывать в военной помощи оппозиции, а также ликвидировать на своей территории центры по подготовке моджахедов. В этих условиях 7 апреля 1988 года советское правительство приняло решение о полном выводе ограниченного контингента советских войск из Афганистана. Вывод был осуществлен в два этапа. На первом (с 15 мая по 16 августа 1988 г.) численность войск была уменьшена в два раза. Затем, после трехмесячного перерыва, необходимого для решения ряда организационных задач, наступил второй этап, длившийся три месяца (с 15 ноября 1988 г. по 15 февраля 1989 г.).

Вывод войск на обоих этапах планировался и проводился как крупномасштабная армейская операция, в которой участвовало большое количество сил и средств. Благодаря этому вывод войск был осуществлен успешно. Вооруженные формирования оппозиции, готовясь к широкомасштабной борьбе за власть внутри страны, не препятствовали выходу соединений и частей 40-й армии. 15 февраля 1989 года последняя часть покинула территорию Афганистана. Так была перевернута еще одна страница истории многострадального советского народа, задуманная и начатая несколькими политиками в Кремле, а написанная кровью и потом многих тысяч простых людей на земле Афганистана.

Предварительная агентурная разведка и оперативное прогнозирование обстановки, расстановки правительственных и оппозиционных сил, а также ряд других факторов советским руководством до начала ввода войск в Афганистан проведен был крайне поверхностный.

В Афганистане советские войска встретились с необычным для них противником в лице воинских формирований правительственной оппозиции. Ими руководили партии и организации различной политической и идеологической направленности — от промонархических до ультралевых. История их формирования и развития была достаточно бурной.

В конце 1970-х годов, особенно после Апрельской революции, в приграничных с Афганистаном районах Пакистана сосредоточилось большое количество афганских оппозиционных организаций и групп. Из их состава к июню 1981 года был сформирован Исламский союз моджахедов Афганистана (ИСМА). В марте 1982 года он распался на две части: «Союз семи» (ИСМА-7), объединивших фундаменталистические организации, и «Союз трех» (ИСМА-3), в который вошли традиционалистические организации.

В мае 1985 года обе части вновь объединились в рамках ИСМА, создав организованную оппозицию, получившую название «Пешаварской семерки». В ее состав вошли: Исламская партия Афганистана, Исламское общество Афганистана, Исламский союз за освобождение Афганистана, Исламская партия — крыло Халеса, Национальный Исламский фронт Афганистана и Национальный фронт спасения Афганистана. Несмотря на объединение, оппозиционные партии существенно отличались одна от другой политическими программами и целями борьбы, которые выдвигали их лидеры, а также районами влияния.

Исламская партия Афганистана (ИПА) преследовала цель установления в стране исламского строя и распространение во всем мире учения ислама. Наибольшее число ее сторонников было среди таджиков и пуштунов. Наименьшее влияние эта партия имела в юго-восточных и северных районах страны. Высшим руководящим органом партии являлся центральный совет (ШУРА), возглавляемый лидером партии — эмиром Г. Хекматьяром. Этот человек, по национальности пуштун из племени Харути, родился в 1944 году в уезде Имам Сахиб провинции Кугдуз. Окончил инженерный факультет Кабульского политехнического института. Отличался сильной волей, целеустремленностью, стремлением к авторитарному руководству, ораторским искусством и жестокостью.

Партия Исламское общество Афганистана (ИОА) ставила перед собой те же цели, что и ИПА. Однако национальный состав ее был более разнороден. В партию входили не только таджики и пуштуны, но также туркмены и узбеки. Наибольшее влияние данная партия имела в провинции Герат. Ее лидер — профессор теологии Бурхануддин Раббани, по национальности таджик, родился в 1941 году. В свое время закончил Кабульский теологический лицей, затем теологический факультет Кабульского университета. Характеризовался прагматизмом, гибкостью в решении афганской проблемы при участии США.

Исламская партия Афганистана (М. Ю. Халеса) откололась в 1975 году от ИПА. В нее входила группа пожилых мулл и улемов, далеких от современной политики, ориентированных не столько на политические идеи фундаменталистов, сколько на фанатичное служение исламу в средневековых формах. Партия представляла собой шовинистскую пуштунскую группу, державшую курс на террор, самые варварские приемы борьбы. Ее лидер — моулави Мухамед Юнус Халес, по национальности пуштун из племени Хучияни, родился в 1920 году в деревне Вазир-Хучияни, провинция Хамгархар. Среди пуштунских племен он известен как религиозный авторитет и пуштунский поэт. В 1963–1973 гг. руководил в Кабуле группой своих последователей «Тавабани», которая состояла из мулл и вела пропагандистскую работу в мечетях города.

Исламский союз освобождения Афганистана (ИСОА) возник в марте 1982 г. Организация была создана с согласия других фундаменталистских лидеров для того, чтобы иметь численный перевес в количестве фундаменталистских организаций над традиционалистскими в рамках альянса ИСМА. Его лидер — профессор теологии — Аббуррасул Сайяф — родился в 1945 году в уезде Пагман Кабульской провинции в бедной крестьянской семье. Закончил теологический факультет Кабульского университета. В 1970 г. выезжал в Египет в Мусульманский университет Ам-Ахзар, затем преподавал на теологическом факультете в Кабульском университете. После Апрельской революции 1979 года выехал в Пакистан и присоединился к фундаменталистской оппозиции. Все время оставался ярым сторонником Г. Хекматьяра.