Поначалу Федора не готовили в цари, поскольку преемником отца был объявлен старший сын Алексей, а его младшего брата одно время прочили в польские короли и даже обучали латыни — впрочем, недолго: когда проект провалился, обучение прекратили. Однако судьба распорядилась иначе — после смерти старшего брата в 1674 году наследником Алексея Михайловича был провозглашен Федор.

Во время недолгого правления Федора Алексеевича власть сосредоточилась в руках его ближайшего окружения. Правда, некоторые историки считают, что юный царь сразу же прочно взял власть в свои руки (см.: Богданов А. П. Несостоявшийся император. М., 2009). Их оппоненты на основании детального изучения архивных документов утверждают, что в первые месяцы страной правили несколько влиятельных бояр — князь Ю. А. Долгоруков, Б. М. Хитрово, князь Н. И. Одоевский и другие, — а затем власть оказалась в руках царских родственников бояр Милославских (см.: Седов П. В. Закат Московского царства. Царский двор конца XVII в. СПб., 2006). В 1676–1677 годах были ликвидированы Приказ тайных дел, Монастырский и Челобитный, которые при Алексее Михайловиче были органами контроля царской власти над всей системой управления, включая церковное землевладение. С 1680 года царь приблизил к себе постельничего И. М. Языкова, стольника А. Т. Лихачева и князя В. В. Голицына, ставших его советниками во всех государственных делах. Само за себя говорит возрастание числа членов Боярской думы с шестидесяти шести в 1676 году до девяноста девяти в 1682-м.

А. П. Богданов, Н. Ф. Демидова и другие историки считают, что Федор вынашивал планы преобразований, по размаху и целям сравнимых с реформами Петра I. Однако всё же маловероятно, что подобные замыслы успели сложиться к пятнадцати годам, когда он оказался на престоле. Правда, с 1679 года юный царь начал совершать самостоятельные поступки, идущие вразрез с традициями старины, противоречить боярам и принимать независимые решения. Это касается внешней и внутренней политики, но в особенности — его собственного поведения и быта. Федор сам выбрал себе в жены Агафью Грушецкую — дочь польского шляхтича, выехавшего на русскую службу. Вскоре после бракосочетания (1680) у царя стала явно проявляться «полонофилия». Он принял польских послов, одевшись в польское платье, издал указ об обязательном ношении одежды тех же фасонов всеми прибывающими на царский двор. В его комнатах появились портреты польских королей, он велел перевести с латыни книгу о законодательстве Речи Посполитой и первым из русских царей посетил Немецкую слободу.

Возможно, здесь сказывалось влияние жены-полячки, но и до женитьбы царь имел пристрастие к польской культуре. Как считал современник событий, ученик Симеона Полоцкого Сильвестр Медведев, увлечениям царя потакали ближние советники, которые вводили «всякие новые дела в государстве… иноземским обычаям подражающее В их числе были не только И. М. Языков и братья А. Т. и М. Т. Лихачевы, но и несколько иностранцев, в частности польский шляхтич Павел Негребецкий, по царскому повелению составлявший проект академии и первую в истории России гербовную книгу русского дворянства, а также стольник С. Ф. Николев (сын французского полковника протестанта Никола де Манора), которому Федор Алексеевич поручил ведать «церковное и дворовое, и хоромное, и садовое строение на Москве». Царское окружение приветствовало ориентацию на политические порядки Речи Посполитой, поскольку они давали широкие полномочия шляхте, выбиравшей короля. Польское влияние в политике оборачивалось умалением абсолютизма и формированием придворной аристократии, включавшей как боярские, так и дворянские роды, пробившиеся к трону. (Справедливости ради следует заметить, что «полонизация» русской культуры началась задолго до правления Федора Алексеевича — еще в Смутное время.)

Самой мощной реформой в правление Федора была отмена местничества. Какова была роль самого царя в ее проведении? Князю В. В. Голицыну, возглавившему Ответную палату, было поручено подготовить реформу. 24 ноября 1681 года царь подписал указ, а 12 января 1682-го под руководством князя М. Ю. Долгорукова состоялись его торжественное оглашение на Земском соборе и сожжение местнических документов. Текст Соборного деяния перечисляет участников комиссии, собравшейся для рассмотрения «ратных дел»: «Боярин князь Василий Васильевич с товарищи… выборные стольники и генералы, стольники же и полковники рейтарские и пехотные, и стряпчие, и дворяне, и жильцы, и городовые дворяне же, и дети боярские». Следовательно, над реформой работали представители служилых людей — «шляхетства». Молодой царь не принимал активного участия в решении этого сложнейшего и животрепещущего вопроса. Отмена местничества давала возможность продвижения по службе не очень знатным, но образованным и умным людям, к каковым относились и ближайшие советники царя. Чтобы пресечь местнические иски, были сожжены все разрядные книги с перечнями назначений на должности за предшествующее время. Взамен сожженных разрядных книг было приказано завести «Родословную книгу князей и дворян российских и выезжих», называемую также «Бархатной» по материалу переплета.

Большинство планов нового царя и его советников остались неосуществленными. Среди них — намерение ввести некое подобие позднейшей петровской Табели о рангах с разделением военной и гражданской службы и перечнем служебных чинов с целью окончательной ликвидации местничества. Проект учреждения академии был реализован спустя пять лет после смерти Федора Алексеевича. Сохранившийся «Привилей на Академию», составленный, скорее всего, Сильвестром Медведевым на основе предложений Симеона Полоцкого, с одной стороны, предполагал организацию высшего образования по типу западноевропейских университетов, с другой — содержал пункты, которые С. М. Соловьев сравнил «со страшным инквизиционным трибуналом»; например, чтение книг на иностранных языках и общение с иностранцами запрещались под угрозой ссылки в Сибирь и даже сожжения на костре. «Привилей» начинался сравнением Федора с его любимым героем, библейским царем Соломоном, стремящимся к мудрости — «царских должностей родительнице и всяких благ изобретательнице и совершительнице». В качестве предтечи академии в 1679 году царь указал открыть греческое училище при Печатном дворе («типографское»).

Нельзя не упомянуть и о таком распоряжении Федора Алексеевича, как запрет в челобитных писать, «чтоб государь пожаловал, умилосердился, аки Бог». Видимо, сравнение с Господом, столь любимое отцом государя, сам он считал неуместным.

В целом же всё правление Федора Алексеевича связано с деятельностью его ближайшего окружения, «сильных людей», «царских предстателей», освещается отраженным светом их реформ и проектов преобразований, их незаурядных личных качеств. О личности и характере самого юного государя сведений мало. Известно, что он часто ездил на богомолье, любил поэзию, лошадей и сады… В записках современников образ рано ушедшего из жизни монарха идеализирован. Обычно подчеркивается его благочестие, унаследованное от отца, и акцентируется внимание на обширном круге деяний правительства Федора (естественно, все заслуги приписываются лично ему). В этом смысле показательна знаменитая посмертная парсуна, написанная в 1686 году Иваном Салтановым, Ерофеем Елиным и Лукой Смоляниновым и изображающая Федора Алексеевича в рост в царском облачении. В четырех барочных картушах по сторонам от фигуры царя помещены тексты. В них подводится итог его недолгого, но насыщенного новациями правления. Так, в одном из картушей перечисляются «памяти достойные и церкви полезные дела» царя, среди которых особо выделяется «освобождение из басурманского плена» и «научение свободных мудростей», о котором монарх «присно помышляющий и монастыр Спасский иже в Китае на то учение определил и чудную и похвалы достойную свою царскую утвердительную грамоту со всяким опасным веры охранением на то учение написа». В другом говорится о социальной политике и градостроительной деятельности Федора: «Домы каменныя на пребывание убогим и нищым доволным пропитанием содела, и оных упокоиша многия тысящи, царских многолетных долгов народу отдаде, и впредь дани облегчи, богоненавистная враждотворных и междоусобных в местничества брани прекрати. Царский свой дом и грады Кремль и Китай преизрядно обнови и многоубыточныя народу одежды премени, и иная многая и достохвалная и памяти должная содеял…» Такова панегирическая эпитафия юного преобразователя, именуемого иногда предтечей Петра Великого.