Гражданской войны Ахмеров выразил желание получить высшее образование. Его просьба была удовлетворена: страна остро нуждалась в грамотных специалистах, а незаурядные способности татарского юноши были очевидны. В 1921 году Исхака направили на учебу в Коммунистический университет народов Востока, где он стал изучать турецкий язык. Это был своего рода подготовительный факультет, где молодежь с разным уровнем знаний получала среднее образование, а в дальнейшем — и высшее. Двадцатилетний Ахмеров сразу же проявил большие способности в изучении иностранных языков. Уже через год он был переведен на факультет международных отношений в 1-й Государственный университет (ныне МГУ).

Помимо общеобразовательных дисциплин в университете И. Ахмеров упорно изучал турецкий, французский и английский языки. После окончания университета в 1923–1925 годах работал заместителем директора Московского педагогического техникума им. Профинтерна. В те годы это было для выпускников вузов своеобразной «производственной практикой», в ходе которой представители новой интеллигенции осваивали конкретные участки работы и получали необходимые практические навыки.

После двух лет работы на педагогическом поприще Ахмеров был направлен на работу в Народный комиссариат иностранных дел. В 1925 году молодого дипломированного специалиста командируют в г. Термез, в полпредство СССР в Бухарской Советской Социалистической Республике. В Термезе он занимает первую дипломатическую должность — работает в качестве дипломатического агента. Однако вскоре эта республика была ликвидирована, ее территория вошла в состав трех вновь образованных советских азиатских республик (Узбекистана, Туркмении и Таджикистана). Молодой дипломат переводится на работу в Турцию в качестве секретаря генконсульства СССР в Стамбуле. В 1928 году Ахмеров получает повышение по службе: он назначается временно исполняющим обязанности Генерального консула СССР в Трапезунде и работает на этом посту до середины 1929 года.

Именно к этому периоду относится начало сотрудничества Ахмерова с советской внешней разведкой. Находясь в Турции, он не только усовершенствовал знания иностранных языков, но и получил навыки общения с иностранцами, познакомился с основами вербовочной работы. За период работы в Турции он сумел завести обширные связи в иностранной колонии и приобрел в ней ряд ценных источников политической информации.

В то время Стамбул и близлежащие балканские государства представляли большой интерес для советской внешней разведки. После поражения белогвардейцев в Гражданской войне армия генерала Врангеля была эвакуирована из Крыма в район Стамбула и размещена в лагерях беженцев на Галлиполийском полуострове. Часть белой эмиграции осела в Турции, однако подавляющее большинство бывших офицеров и рядовых Добровольческой армии переселилось в Болгарию, Сербию, Грецию и другие европейские страны.

В сентябре 1924 года русская военная эмиграция объединилась в Русский общевоинский союз (РОВС), насчитывавший в своих рядах до 20 тысяч активных членов. Руководитель РОВС барон Врангель стремился сохранить костяк Добровольческой армии за рубежом для организации интервенции в Советскую Россию. Поэтому Центр крайне нуждался в получении достоверной информации о планах и замыслах контрреволюции. Именно на решение этой задачи были направлены усилия Ахмерова и других разведчиков в Турции.

По возвращении в Москву Ахмеров был назначен на должность референта Наркомата иностранных дел. Руководство органов государственной безопасности внимательно присматривалось к молодому дипломату и пришло к выводу о том, что он подходит для работы в ОГПУ. В марте 1930 года Ахмеров зачисляется на работу в контрразведывательное подразделение ОГПУ в качестве оперативного сотрудника и вскоре направляется в Бухару, где активно участвует в борьбе с басмачеством. Он успешно справляется с поставленными задачами, и руководство ОГПУ принимает решение о переводе его на работу в Иностранный отдел (внешнюю разведку).

Поскольку в то время в ОПГУ еще не было специального учебного заведения для подготовки будущих разведчиков, в 1931 году, по возвращении из Бухары, Ахмеров был направлен на учебу в Институт красной профессуры. На факультете мирового хозяйства и мировой политики он совершенствует знания, необходимые для работы за границей. В 1932 году Ахмеров зачисляется в штат Иностранного отдела ОГПУ, где знакомится с работой внешней разведки и задачами, решаемыми ее загранаппаратами.

В январе 1933 года молодой разведчик был приглашен в кабинет начальника внешней разведки А.Х. Артузова. В начале беседы Артур Христианович сразу же подчеркнул, что перед Ахмеровым ставится новая, исключительно важная задача. Артузов отметил, что помимо угрозы с Запада со стороны белогвардейской эмиграции и их покровителей на Востоке страны вырисовывается дополнительный очаг напряженности. Дело в том, пояснил он, что Япония захватила китайскую провинцию Маньчжурию и создала там марионеточное правительство. Японцы упорно работают над тем, чтобы превратить Маньчжоу-Го в плацдарм для агрессии против СССР и Китая. Оперативная обстановка в этом регионе чрезвычайно осложнилась. Белогвардейская эмиграция, окопавшаяся в Маньчжурии, открыто перешла на службу Японии и вынашивает планы агресии против СССР вместе с японской императорской армией.

«Мы решили направить вас в Китай в качестве нашего нелегального работника, — сказал в заключение Артур Христианович. — Вам предстоит выехать в Пекин под видом турецкого студента-востоковеда, легализоваться там и заняться приобретением источников, которые могли бы информировать нас о положении вещей в этом районе и планах белогвардейцев и японцев».

Предложение руководства разведки было несколько неожиданным для Ахмерова: до сих пор ему никогда не доводилось не только работать в Китае, но даже посещать его. Да и с нелегальной разведкой он прежде не был связан. Однако Ахмеров, не задумываясь, дал согласие на командировку.

Началась кропотливая подготовка разведчика в Центре к роли турецкого студента-востоковеда. Для Ахмерова был приобретен настоящий турецкий паспорт, тщательно отработана легенда-биография. В Китай он должен был ехать через Европу, где «турецко-подданному» предстояло получить китайскую визу, а затем на пароходе следовать до одного из китайских портов. Конечный пункт назначения — Пекин.

Через некоторое время «Юнг» (таким стал оперативный псевдоним разведчика-нелегала) оказался в Риме, где обратился в туристическое агентство для организации поездки в Китай. В агентстве выяснилось, что большинство европейцев направляется в Китай через Советский Союз, поскольку это быстрее, безопаснее и дешевле.

В китайском посольстве в Риме «Юнг» беспрепятственно получил китайскую въездную визу. Одновременно в посольстве его предупредили, что для поездки в Пекин требуется и советская транзитная виза, оформить которую тоже не составило большого труда. Однако после выхода из советского полпредства в Риме «Юнг» заметил за собой слежку. Поскольку все делалось официально и никаких предосудительных поступков он не совершил, разведчик не стал предпринимать попыток ухода от наблюдения.

Тем не менее, через несколько часов «Юнг» был задержан итальянскими карабинерами и доставлен в экзекватуру полиции. На недоуменный вопрос разведчика о причинах задержания полицейский ответил, что, согласно имеющимся у него инструкциям, все посетители советского дипломатического представительства подвергаются обязательной проверке. Убедившись, что причиной визита в полпредство было получение советской транзитной визы, шеф полицейского участка