Некоторое время рассматривалась возможность выноса фотокамер за пределы фюзеляжа, однако в RLM решили, что камеры должны размещаться также, как на Do 335A-4/B-4. При необходимости самолет можно было оснастить трехметровым понтоном и системой сигнализации Schwan-See FuG 302с, а также комплектом маркеров. Кроме того, самолет получил мощное вооружение, защищающее заднюю полусферу.

Ознакомившись с машиной, находившейся в Дессау, свое слово высказал летчик-испытатель фирмы Junkers Зигфрид Гольцбаур. Он раскритиковал машину за плохой обзор назад и за слишком вялую, по его мнению, работу закрылков. При больших скоростях самолет начинал рыскать, причем этот недостаток, как уже говорилось выше, устранить не удалось. Была лишь надежда, что проблему удастся решить на Ju 635.

До конца декабря 1944 года успели разработать гидравлическую систему уборки шасси, автопилот и концепцию расположения радара. Доработали ряд других узлов. Закрылки спроектировали так, что выпускавший их механизм можно было втиснуть внутрь их самих. Это позволило освободить дополнительное место внутри крыла, которое тут же заняли дополнительные топливные баки, а также баки с воднометанольной смесью MW-50. Крылья и хвостовое оперение оснастили системой антиобледенения. Автоматическая система пожаротушения заливала пеной двигательное отделение и топливные баки. Параллельно дорабатывалась конструкция кабины и винтов. Все эти работы шли в тот момент, когда каждому из участвовавших в проекте было очевидно, что Ju 635 не имеет ни малейшего шанса воплотиться в металле. Война подходила к концу, а люфтваффе не было никакого дела до патрульного самолета. Требовались только истребители, способные бороться с бомбардировщиками союзников.

Тем не менее, рабочий план с немецкой пунктуальностью расписывал ход проектных работ, словно не было никакой войны и не было бесчисленного количества проблем. Например, в январе 1945 года план предусматривал завершение предварительных проектных работ и постройку модели для испытаний в аэродинамической трубе. Выяснилось, что самолет имеет асимметричную аэродинамику, то есть воздушные потоки на одном крыле располагаются иначе, чем на другом. Параллельно велись работы над вооружением самолета. RLM предложило, чтобы Ju 635 был вооружен четырьмя пушками MG 151/20, размещенными в фюзеляже и защищающими заднюю полусферу. Альтернативный проект предусматривал установку дистанционно управляемых турелей FDL 151Z, FDL-B или FDL–C с такими же пушками. Кроме того, самолет должен был нести и наступательное вооружение.

В письме от 17 января Циндель высказался против таких планов, поскольку они бы резко ухудшили летные качества машины. В качестве основного средства защиты от союзнических истребителей Циндель предлагал использовать преимущество в скорости и большой запас хода, позволявший легко уходить из зоны действий авиации противника. Например, разведывательные самолеты «Mosquito» заслужили репутацию несбиваемых, а ведь Ju 635 мог обогнать «Москита». Кроме того, Циндель предложил использовать на самолете вместо бензина В4 с октановым числом 87 бензин СЗ с октановым числом 100. Это позволило бы поднять мощность двигателей и значительно повысить летные характеристики самолета. Однако в RLM ответили, что бензин СЗ в настоящее время недоступен. Вместе с тем было разрешено сохранить катапульты кресел экипажа. Вскоре стало ясно, что проект Ju 635 зашел в тупик. Желая получить с него хоть что-то, RLM разрешило продать Японии лицензию, на Ju 635. Самолет произвел на японцев огромное впечатление. 18 января 1945 года должна была состояться передача комплекта документации. Однако промышленность Страны Восходящего Солнца находилась к тому времени в таком удручающем состоянии, что просто не смогла бы наладить выпуск такого сложного самолета. 5 февраля 1945 года программу официально закрыли. Профессор Гертель получил сравнительные данные по Ju 635/4, Huetter Hu 211 и Ju 488. Ju 635 заметно проигрывал конкурентам. Это обстоятельство стало последним гвоздем в крышку гроба проекта Ju 635.

Прототип Do 335V1 сверху (борта и верх фюзеляжа, верхние стороны крыльев) был выкрашен краской RLM 71 Dunkelgruen. Снизу (нижняя сторона фюзеляжа и крыльев) была покрашена краской RLM 65. Винты вместе с обтекателями втулки в соответствии с правилами были покрыты краской RLM 75 Schwarzgruen.

Последующие прототипы и серийные машины имели стандартный заводской камуфляж. Верхние и боковые стороны самолета покрывали пятнами красок RLM 71 и RLM 70. Пятна были регулярные и имели границу плавного перехода шириной около 2,5 см. Такой же плавный переход имелся и на границе с нижним камуфляжем, который представлял собой сплошной фон RLM 65. Такую окраску имел Do 335V3, у которого краской RLM 65 был дополнительно выкрашен нижний киль. Следующие машины вплоть до V9 (кроме V4 и V5) окрашивались также, но оба киля у них несли верхний камуфляж. Лишь у V7 и, возможно, V6, нижний киль был окрашен как у V3. Следует заметить, что камуфляж Do 335 соответствовал камуфляжу, применяемому в бомбардировочной и разведывательной авиации.

В июле 1944 года RLM в качестве стандартных ввело краски серии 80. Основным цветом для нижних поверхностей стал RLM 76 Lichtblau. Изготовителям направили письменные описания новых камуфляжных схем, но цветные образцы отсутствовали. Кроме того, запасы старых красок следовало использовать до конца. Так появились нестандартные и смешанные камуфляжи, состоявшие, например, из цветов RLM 71 и 81 или RLM 70 и 80.

Поскольку официальных образцов цветов 80-й серии до сих пор не обнаружено, о их точном оттенке можно лишь догадываться. Очевидно, заводы так и не получили цветных образцов, поэтому все красили самолеты красками, лишь примерно соответствующими утвержденным образцам. Считается, например, что RLM 81 — это цвет с доминирующим коричневым оттенком и называется Braunviolett, в то время как RLM 82 светлее на два тона и имеет выраженную зелень — Dunkelgruen. В отношении Do 335, новые краски попросту заменялись старыми RLM 70 и RLM 71, сохраняя новый рисунок камуфляжа. Такой камуфляж несли серийные машины, а также прототипы V4 и V5.

Анализ оригинальной краски сохранившегося до наших дней самолета Do 335A-02 (пренебрегая тем обстоятельством, что за прошедшие десятилетия цвет краски мог измениться непредсказуемым образом, тогда как по воспоминаниям пилотов цвета машин заметно менялись уже через несколько дней с начала эксплуатации) показывает, что пятна верхнего камуфляжа представляют собой темный и более светлый оттенки зеленого. Что интересно, этот факт подтверждается официальной инструкцией по окраске Do 335, в которой обе краски RLM 81 и 82 характеризуются словом Dunkelgruen, т. е. темно-зеленая. Впрочем, есть вероятность, что такая интерпретация была характерна только для завода Dormer.

Чтобы еще больше запутать читателя, скажем несколько слов о краске RLM 83, которая в документах RLM от августа 1944 года характеризуется как… «темная краска». Благодаря анализу дошедших до нас документов удалось определить, что RLM 83 — это зеленая краска, несколько темнее, чем RLM 82. Возможно, что Do 335A-02 нес камуфляж RLM 82/83. Некоторые авторы безапелляционно заявляют, что Do 335 нес камуфляж 81/82, не приводя в доказательство этого ни одного документа.