Сомнения вызывает и цвет нижнего камуфляжа. В упомянутой выше инструкции нижние поверхности самолета следовало покрывать краской RLM 65. Эта краска практически никогда не использовалась совместно с красками 80-й серии. Ее заменила краска RLM 76. Но нельзя исключить возможности того, что некоторые Do 335 были снизу выкрашены краской RLM 65.

Опознавательные знаки (балочный крест — Balkenkreuz и свастика — Hakenkreuz) наносились на фюзеляж, киль и обе стороны крыльев. Кресты на фюзеляже были упрощенные и представляли собой белые уголки. На самолетах Do 335V1-V6 размах плеч креста составлял 1000 мм, а, начиная с V7 и до М14, увеличился до 1250 мм. На серийных самолетах крест снова уменьшили до 1000 мм. На верхней стороне крыльев кресты все время были упрощенные с размахом плечей 1000 мм. На нижней стороне крыльев кресты изображались полностью, то есть были черными с толстой белой обводкой и тонким черным кантом. У прототипов размах плеч составлял 1525 мм, а у машин А-0 нижние кресты стали того же размера, что и верхние.

Свастика на верхнем киле имела плечи размахом 535 мм и представляла собой лишь белую окантовку. У самолета Do 335M13 свастика на киле была необычного типа — вписанная в квадрат темного цвета (вероятно, RLM 70) со стороной 575 мм. У этого самолета была еще одна особенность — законцовки крыльев были с нижней стороны выкрашены в другой цвет. Вероятно, это был желтый или красный цвет. Несмотря на множество фотографий точно определить цвет невозможно. Мы склоняемся к мнению, что законцовки крыльев в действительности вовсе не были окрашены и оставались цвета дюраля, что на черно-белых фотографиях могло создать эффект более темного, чем RLM 65 цвета. В пользу нашего мнения говорит тот факт, что на законцовках крыльев отчетливо видны зашпаклеванные клепаные швы.

Некоторые самолеты, попавшие в руки союзников в недоделанном состоянии, оставались неокрашенными. Ис ключение составляли кили. Следует упомянуть о самолете Do 335A-12 (RP+UB, W.Nr. 240112), у которого нижняя сторона оставалась неокрашенной. Вероятно, покрасить самолет не хватило времени.

Бортовой код (Stemmkennzeichen) наносились на фюзеляж и нижнюю сторону крыльев. Код представлял собой буквы черного цвета и высотой 560 мм (фюзеляж) или 600 мм (нижняя сторона крыльев). У самолетов с более крупными крестами на фюзеляже, литеры кода были увеличены до 760 мм. Код наносили водорастворимой краской, что позволяло при необходимости быстро изменить код. К сожалению, код быстро стирался в ходе эксплуатации, и у многих самолетов его едва можно различить на фоне темного камуфляжа. Некоторые самолеты не несли бортового кода вообще. На прототипах (не всех) на нижнем киле белой краской обозначался номер прототипа (V8, V9 и т. п.). Предсерийные и серийные самолеты на верхнем киле несли три последние цифры своего серийного номера. Цифры наносили белой краской над свастикой. У некоторых прототипов, поменявших код «V» на «М», на месте трех последних серийных цифр наносился код, включавший в себя одну или две последние цифры серийного номера и номер в системе «Muster». Например, у Do 335A-1 (МЗ, W.Nr. 240161) значилось на хвосте 1/3, а самолет Do 335M18 (W.Nr. 240314) нес код 14/18. У некоторых самолетов номер в системе «Muster» указывался на нижнем киле.

Ничего не известно об окраске самолета Do 335V10/M10, прототипа ночного истребителя А-6, действовавшего в составе I./NJG 3. Скорее всего самолет нес стандартный камуфляж ночной истребительной авиации в виде небольших пятен RLM 74 или 75, нанесенных пульверизатором поверх фона RLM 76, который покрывал весь самолет целиком. Пятна же наносились на верхнюю сторону фюзеляжа и крыльев. О бортовом номере самолета можно только догадываться, начинался он на «D5» — префикс I./NJG 3. Не исключена возможность того, что самолет носил старый камуфляж, нанесенный еще на заводе. Возможен вариант камуфляжа, характерный для истребителей Do 217J/N, представлявший собой крупные пятна RLM 74 и 75 на верхней стороне фюзеляжа, крыльев и оперения, постепенно переходящих в мелкие пятна по бортам фюзеляжа. Базовый цвет камуфляжа — RLM 76. Радиопозывной самолета в тот период CP+UK.

Do 335V3, использовавшийся в составе 1. Aufkl.Gr.Ob. d.L. нес код T9+ZH.

Отреставрированный Do 335A-02 имеет ряд ошибок в окраске. Во-первых, цифры на киле имеют нехарактерную гарнитуру. Форма свастики на киле также неправильная. Во-вторых, коки и лопасти винтов выкрашены черной краской, вместо применявшейся для этих целей краски RLM 70. Еще одна ошибка, уже не относящаяся к окраске, — это длинные стволы, имитирующие дула пушек MG 151/20, расположенных в фюзеляже.

В отношении Do 335 трудно говорить об оперативном применении, тем более о применении боевом. Самолет находился на ранней стадии развития, и серийное производство еще только разворачивалось, когда Германия капитулировала. Почти все самолеты находились на полигонах, заводских аэродромах и сборочных цехах. Только об отдельных машинах можно сказать, что их применяли оперативно.

Первым оперативным Do 335 стал Do 335V3. В июле 1944 года самолет оборудовали одной фотокамерой Rb 50/18 и передали в экспериментальную часть 1./Versuchsverband OKL. Самолет имел бортовой код T9+ZH. Пилотом этого самолета был Вольфганг Цизе. Как сообщается в некоторых источниках, он совершил несколько разведывательных полетов над Англией, но это кажется маловероятным. Do 335V3 был прототипом, неприспособленным для совершения боевых вылетов. Никто бы не решился отправлять новую машину в одиночный полет над территорией противника. В действительности, машина в основном стояла в ангаре, где механики отчаянно боролись с постоянно вылезающими неисправностями. Тем не менее Цизе летал над территорией Рейха совместно с реактивным самолетом Аг 234 «Blitz». После войны Цизе попал в советский плен, где его привлекали к испытанию новых самолетов. Например, он участвовал в испытаниях сверхзвукового самолета DFS 346, спроектированного в конце войны в Германии и достроенного уже в Советском Союзе. Пилот летал несколько лет, пока в 1949 году не умер от рака.

Некоторые авторы утверждают, что было построено два или три Do 335А-4. Можно предположить, что они могли попасть в 1./FAGr 1. Но это маловероятно. Во всяком случае, не известно ни одного документа, подтверждающее это предположение.

В сентябре 1944 года сформировали специальную часть Erprobungskommando 335, задачей которой было испытание Do 335 в боевых условиях. Туда передали несколько Do 335A-0 и, возможно, А-1. Задачей пилотов части было разработать тактику использования самолета в роли перехватчика, шнельбомбера и разведчика. Командиром отряда стал капитан Альфон Майер. 26 октября 1944 года в многочисленные зенитные батареи поступил специальный приказ RLM, в котором предупреждалось о появлении нового немецкого самолета. В приказе сообщались характерные черты машины: крестообразное хвостовое оперение и тандемное расположение двигателей.

Самолеты из Erprobungskommando 335 не часто вступали в непосредственный контакт с противником. Отмечено лишь несколько таких случаев. По неподтвержденным данным осенью 1944 года один Do 335 (может быть Do 335V3) был поврежден союзническими истребителями и совершил вынужденную посадку в районе Реймса. Подтверждена потеря одного Do 335. 24 декабря 1944 года во время перелета из Оберпфаффенхофена в Рехлин в районе Донефельда был потерян Do 335А-08 (W.Nr. 240108), пилотированный фельдфебелем Альфредом Волланком. Пилот погиб, причина потери самолета неизвестна. Это могла быть как механическая неисправность, так и встреча с противником. Другими жертвами «Стрелы» стали обер-ефрейтор Конрад Шефер (март 1945 года) и обер-ефрейтор Густав Теше (апрель 1945 года).