Первоначально в качестве ночных истребителей использовали переделанные дневные истребители. В самом начале единственным ночным оборудованием было… развитое ночное зрение пилота. Позднее появились первые примитивные радары. Постепенно радары совершенствовались, также как и самолеты, на которых их ставили. Летом 1942 года несколько фирм получили заказ на создание специализированных ночных истребителей. До этого времени эффективнее всего ночью действовали истребители Bf HOG, а также Ju 88C и Ju 88G. Новыми специализированными ночными истребителями стали Focke-Wulf Та 154 и Heinkel He 219 «Uhu». He 219, наверное, был лучшим ночным истребителем люфтваффе во 2-й Мировой войне. Однако их было слишком мало, чтобы переломить ситуацию. Свою роль сыграли и интриги «на высшем уровне». Эрнст Хейнкель не пользовался влиянием у высших руководителей Рейха, в том числе и Мильха. Поэтому лучший немецкий ночной истребитель не имел никаких шансов на быстрое введение в строй. Травля Хейнкеля усиливалась по мере ухудшения обстановки на фронте. В результате, в роли ночного истребителя приходилось использовать любые истребители, хоть сколько-нибудь годящиеся на эту роль. Так появился истребитель Me 262B-1/U1. Ночные истребители создавались на базе Аг 234 и даже Не 111. Очевидно, что такая же судьба ждала и Do 335.

В 1944 году теоретически удалось показать, что на базе Do 335 можно создать идеальный ночной истребитель. Хорошие летные характеристики сочетались с большим внутренним объемом, что позволяло установить на самолете мощное вооружение и радар. Быстро подготовили проект Do 335А-6 на базе А-1. Экипаж увеличили до двух человек. За кабиной пилота оборудовали место оператора радара, также оснащенное катапультой. Для этого пришлось изменить топливную систему. Бак в фюзеляже уменьшили до 600 л, а, чтобы сохранить дальность полета, под крыльями подвесили два 300-литровых бака. В крыльях разместили небольшие баки с воднометанольной смесью для устройства MW-50. Благодаря этому устройству можно было кратковременно форсировать двигатели DB 603E до 2000 л.с. На выхлопные патрубки установили коллекторы.

В качестве радара для самолета выбрали аппарат Telefunken FuG 220 «Lichtenstein» SN-2 с планом в перспективе заменить его на FuG 218 «Neptun V», который был эффективнее и работал на большей частоте. Дополнительно самолет оснастили радиоальтиметром FuG 101 A, FuG 120 и пассивным радаром FuG 350 «Naxos Z», который засекал работу английских радаров H2S. Антенны FuG 220 смонтировали на крыльях: горизонтальные диполи на правом крыле, а вертикальные — на левом. Вооружение оставили как на А-1 без изменений. В бомбоотсек самолет мог брать 500-кг бомбу или дополнительный 500-литровый бензобак. Рассматривалась возможность применения новейших систем вооружения. Под крыльями предполагалось подвесить управляемые ракеты «воздух-воздух» Х-4. 30-мм пушку МК 103 предполагалось заменить 55-мм пушкой МК 114. Эта пушка при скорострельности 150 выстрелов в минуту имела эффективную дальность огня 2000 м. RLM требовало от создателя пушки фирмы Rheinmetall-Borsig ограничить ее массу 1000 кг. Однако конструкторы не смогли удовлетворить это требование, и масса пушки достигла 1265 кг. В результате программу приостановили. Один из лучших немецких пилотов ночной истребительной авиации Хайнц-Вольфганг Шнауфер предложил вооружить самолет орудийной системой «Schraege Musik». Пилот даже облетал Do 335A-1 (W.Nr. 240113), на котором разбился в предместье Гутерсло.

Предполагалось, что коллекторы выхлопных газов и радары уменьшат скорость Do 335 на 70 км/ч. На Do 336А-6 предполагали установить гироскопический прицел EZ-42, а также систему антиобледенения. Планировалось также оснастить самолет винтом Messerschmitt P8 с возможностью реверса, что должно было сократить пробег на 200 м.

Прототипом ночного истребителя стал Do 335M10 (V10, W.Nr. 230010, CP+UK). В первый раз прототип поднялся в воздух 24 января 1945 года в Дипензее. К этому времени его еще не успели полностью укомплектовать. Фонарь кабины оператора радара не выступал за силуэт фюзеляжа, а в серийных машинах ей предполагалось придать чуть выпуклую форму. В течение долгого времени считалось, что на ночном истребителе использовали опыт создания учебной машины, просто слегка утопив кабину вглубь фюзеляжа. Эта точка зрения иногда высказывается и в наши дни. Она совершенно неверна. Имеющиеся рисунки «горбатого» ночного истребителя представляют собой мысленные реконструкции внешнего вида. Авторы этих рисунков в меру своей фантазии пытались изобразить двухместный истребитель, созданный на базе одноместного. В действительности ночной истребитель А-6 и учебный самолет А-11/А-12 — это совершенно разные машины. Несмотря на это, можно предположить, что в самом конце войны появилась идея создать ночной истребитель на базе учебного Do 335. С одной стороны, так удалось бы резко сократить сроки ввода самолета в строй. С другой стороны, летные качества учебного самолета были заметно хуже боевой машины. Все же необходимо признать, что полностью утопленная вглубь фюзеляжа кабина была бы оптимальным решением.

Вскоре после облета Do 335V10 передали в центр Вернойхен для завершения испытаний. Тем временем советские войска приблизились к центру. Центр пришлось эвакуировать в Штаде, где на самолет планировалось установить радар FuG 218. В конце концов машину передали в I./NJG 3.

Дорнье рассчитывал, что к концу марта 1945 года сумеет выпустить 50 машин Do 335A-6. Сборку машин планировалось проводить на заводе Heinkel в Ораниенбурге и оснащать их радарами FuG 220D. Однако Хейнкель был перегружен заказом на Не 162 и не смог организовать серийное производство, хотя один самолет, по-видимому, все же собрал. Не удалось наладить выпуск самолетов А-6 и в городе Швехат в районе Вены.

Свое обещание Дорнье дал через два дня после облета Do 335VIO на совещании Специальной комиссии по вопросам развития ночной истребительной авиации. Председательствующий Курт Танк подтвердил, что март — это последний срок, иначе на вторую половину 1945 года будет запланирован выпуск только самолетов Me 262 и Аг 234. Однако в дальнейшем (во многом под давлением Геринга) испытания Do 335A-6 перенесли на более поздний срок, Одновременно должны были идти работы над самолетом со смешанной двигательной установкой — Do 535. В случае, если продолжение работ становилось слишком дорогим, проект предполагалось свернуть. Незадолго до этого, в декабре 1944 года на другом совещании, также под председательством Курта Танка было решено поддержать программу Do 435 с двигателями Jumo 222.

Другим прототипом ночного истребителя был Do 335M17 (W.Nr. 240313), который планировалось закончить в феврале 1945 года. Однако этот прототип соответствовал модификации В и представлял собой прототип Do 335B-6. У этого самолета фонарь кабины оператора радара также был плоским. На самолет предполагалось поставить радар FuG 218, однако завершить машину до конца войны не успели. Недоделанный самолет попал в руки французов.

Третьим прототипом ночного истребителя был Do 335M21 (W.Nr. 240317), но к концу войны он находился на еще более ранней стадии сборки, чем M17. Остальные варианты ночного истребителя на базе Do 335 не перешагнули за стадию прототипа.

В конце войны в Германии начались появляться образцы новых моторов, над которыми работали на протяжении нескольких предыдущих лет. Кроме уже упомянутых DB 603 и Jumo 213 появились и совершенно новые моторы.