Атаман вел переговоры с Персией, обещая шаху Аббасу I Астрахань в обмен на помощь против России, а ногайского князя Иштерека приглашал совершить набег на русские земли. Сам Заруцкий намеревался следующей весной двинуться на Самару и Казань. «Царское правительство не стало этого дожидаться и начало загодя готовиться к военным действиям, — писал Селезнев. — К ним предполагалось привлечь и нижегородцев. 28 февраля 1614 года по государеву указу нижегородской и арзамасской мордве и бортникам велено было „запас пасти“ и кормить лошадей для участия в конном походе на Заруцкого. Общее руководство войсками, отправленными против этого казачьего атамана, осуществлял И. Н. Одоевский, прибывший в Казань. Самару оборонял Д. П. Лопата-Пожарский. Нижегородским воеводой в это время (с 1613 года) был князь В. И. Бахтеяров-Ростовский».

В начале 1614 года в Нижнем Новгороде, как установил Любомиров, стоял один «приказ» — 500 человек стрельцов, из которых 14 апреля 400 человек (вместе с 200 нижегородскими иноземцами) ушли в поход против Заруцкого под командованием Ивана Остренева. То есть город оставался практически беззащитным. Смирнов подтверждал: «Военная сила (несколько тысяч человек) должна была набираться в основном в Нижегородском Поволжье. Нижний дал шестьсот человек, Алатырь — сто, Арзамас — сто, Балахна — пятьдесят.

Поплыли водой от Нижнего со вскрытием Волги. Иван Заруцкий не стал дожидаться в Астрахани московской рати. В середине мая ушел из Астраханского кремля на волжский проток Болду и пропал в степях. Долго искали его нижегородцы и москвичи и наконец нашли на реке Яике. Захваченные пленники — атаман, Марина Мнишек с младенцем-сыном (прижитым от тушинского вора) — были торжественно провезены мимо Нижнего в Москву водой на стругах».

Расправа последовала немедленно. Заруцкого посадили на кол. Маленького Ивана Дмитриевича повесили. Коронованная русской царицей Марина провела остаток дней в башне Тульского кремля.

Между тем над оставшимися без надежной вооруженной охраны нижегородскими землями нависла угроза со стороны ногайской орды. «Иштерек договорился с Заруцким о совместном походе на Русь, — рассказывает Селезнев. — …Иштерек и Заруцкий скрепили свое соглашение обменом аманатов (заложников). Иштерек оставил в качестве аманатов своих сыновей, а сам отправился вдоль правого берега Волги на север. У современного Волгограда ногайцы „перевезлись“ через реку Сарпу. Однако ни на Самару, ни на Казань они нападать не стали. Иштерека манили богатства Нижнего Новгорода. Поэтому его воины, минуя Самарскую луку, двинулись к Алатырю. Было их двадцать тысяч. 13 мая 1614 года их передовой отряд в 500 сабель ограбил окрестности Алатыря, захватил пленных и угнал скот. Май и июнь прошли в боях с ногайцами».

Помощь пришла от рати, поплывшей в Астрахань. 17 мая войско князя Одоевского вошло в город, захватив и сыновей Иштерека. После этого ногайский князь немедленно принес присягу царю Михаилу Федоровичу и увел своих людей.

После расправы с Иваном Заруцким остатки его казачьего войска продолжали разбойничать в Среднем Поволжье. Одним из атаманов был его брат — Захарий Заруцкий. В сентябре 1614 года карательная экспедиция против восставших казаков была организована из Ярославля под началом боярина князя Бориса Михайловича Лыкова-Оболенского.

О том, как завершилась история с Захарием Заруцким, рассказывал известный нижегородский краевед профессор Николай Филиппович Филатов: «Часть казаков во главе с Захарием Заруцким прорвалась в волжское Понизовье. На их пути стояли русские города, уже присягнувшие Михаилу Федоровичу. В первых числах января 1615 года воевода Нижнего Новгорода извещал правительство, „что черкасы и казаки Кинешму выжгли и людей побили и пошли в Юрьевец, а хотят идти к Нижнему“. Реакция на сей раз была быстрой — для подготовки Нижнего Новгорода к обороне был послан воевода Борис Иванович Нащокин, а за казаками „по вестям“ полк рейтар Б. М. Лыкова.

События развертывались стремительно. Особую роль в них сыграл Пожарский, укрывавшийся тогда в… центре своей нижегородской вотчины — на погосте Вершилово… Дмитрий Михайлович сумел организовать активную оборону округи от казаков, которые были наголову разбиты в Васильевой слободе 4 января 1615 года и окончательно рассеяны полком рейтар Лыкова». Их гнали на расстояние более десяти верст, многих взяли в плен. Сам Захарий Заруцкий был убит. Оставшиеся в живых казаки бежали к реке Унже или в непроходимые пестяковские леса и болота.

А Кузьму Минина привлекли к решению задачи восстановления финансового хозяйства страны. Весной 1614 года правительство с согласия Земского собора приняло решение о взимании чрезвычайного налога — запросных и пятинных денег с наиболее состоятельной части посадов — «с гостей Гостиной и Суконной сотен и с черных сотен и слобод». Сбор первой пятины с тяглого населения Москвы был поручен (вместе с дьяком Афанасием Евдокимовым) «думному дворянину Кузьме Минину, который еще в Нижнем показал свое умение сбирать деньги с торговых людей». Опыт признали успешным, и пятинные сборы были проведены еще 6 раз.

Поначалу за свою службу Минин получал жалованье, «а поместьем не верстан». В 1614 году ему были назначены в поместье, то есть без права передачи по наследству, из дворцовых земель Нижегородского уезда села Ворсма и Богородское.

20 января 1615 года Поместный приказ издал грамоту о пожаловании Кузьме Минину уже в качестве наследуемой вотчины села Богородского с деревнями за организацию Нижегородского ополчения: «…пожаловали есьмя думного своего дворянина Кузьму Минина за его Кузьмину многую службу, как в прошлом во 119 году (т. е. в 7119 году по действовавшему тогда летоисчислению. — В.Н.). Польские и Литовские люди Московское государство раззоря и завладели и Московского государства из городов бояря и воеводы собрався со всякими ратными людьми пришли под Москву…

И он, Кузьма, помятуя Бога и Пречистую Богородицу, в Нижнем Новегороде и в понизовых городах, собрав денежную казну с Нижнего, и с понизовых, и с верховых, и с поморских и со всех городов и ратных всяких разореных людей подмогал. И ратные люди с бояры и воеводы и с ним, с Кузьмою, собрався под Москву к боярам и воеводам, кои стояли под Москвою безотступно, на помочь пришли и Московское государство очистили. И за ту его службу пожаловали есьмя его Кузьму и сына его Нефедья в Нижегородском уезде из его же поместья, что ему пожаловали есьмя наперед сего за московское очищенье селом Богородицким, да к селу ж Богородскому припущено в пашню пустошь Окуловская, пустошь Орлово, пустошь Зеновова, Дуброва; да к селу ж Богородскому деревни: деревня Цепелева, деревня Высокая, деревня Осиновка, деревня Песочня, Коврово тож, деревня Бокланово, деревня Коростелево, деревня Дикое-Ременье, а Новое Ременье тож, что был Починок, и деревня Демидово, деревня Выбылово; и всего к селу Богородскому десять деревень живущих.

…в селе Богородском и в деревнях пашни тысеча шестьсот тритцать чети. И Кузьме и сыну его по сей нашей царской жалованной грамоте владеть тем селом Богородским з деревнями, и с пустошми и со всеми угодьи, в вотчину им, и их женам, и детем, и внучатом, и правнучатом и в род их неподвижно, и вольно им та вотчина по нашему царскому жалованью продати, и заложите, и по душе и в приданые отдати, и после своего живота роду своему и племяни отказати».