Во время освящения храма ФСБ в марте 2002 года патриарх Алексий упомянул «тоталитарные секты», отметив угрозу, которую несет их «духовная агрессия»[922]. В контексте своего выступления и при такой аудитории он явно подразумевал, что ФСБ должна сыграть роль в борьбе с влиянием «тоталитарных сект». Московский патриархат, очевидно, открыто полагался на союз с ФСБ в стремлении удержать свои позиции и узаконить заявления о том, что неправославные религии представляют угрозу не только для православной церкви, но и для безопасности российского общества и культуры в целом[923].

Ряд фактов свидетельствует о том, что ФСБ все активнее действует на религиозном фронте, преследуя альтернативные религиозные организации[924]. Ее сотрудники порой прибегают к старым знакомым методам КГБ: фабрикуют уголовные дела, оказывают давление на свидетелей, закидывают компромат и дезинформацию в СМИ[925].

Современный уровень вмешательства органов госбезопасности в духовную сферу подвергся бы анафеме в начале 1990-х годов. До какой степени изменилась политическая атмосфера в России к концу 1990-х, иллюстрируют комментарии офицера ФСБ, работавшего с «тоталитарными сектами» в Алтайском регионе. В интервью, данном им в начале 1999 года, этот офицер сожалел о том, что «старые» методы работы с сектантством (то есть методы КГБ) «пошли прахом», но с удовлетворением отметил, что по крайней мере сейчас они восстанавливаются. Поворотным пунктом он назвал 1997 год, когда появилась «более-менее приемлемая концепция» проведения такой деятельности[926]и была создана команда[927].

«Научные» оправдания возросшего вмешательства государства в духовную сферу представили такие интерпретаторы, как бывшие чекисты Николай Леонов и Дмитрий Рогозин. И Леонов, и Рогозин подтвердили, что духовная безопасность является частью национальной безопасности[928]. Леонов проследил происхождение этой концепции, рассматривая ее преимущественно сквозь призму традиционных отношений между личностью и обществом, личностью и государством[929]. Леонову 1991 год представляется катастрофическим и небывалым изломом, когда российское государство отказалось от своей роли хранителя духовной безопасности: «Впервые в истории России государство сняло с себя всякую ответственность за материальную и духовную жизнь народа»; «Публично объявили и стали постоянно постулировать, что личность приоритетнее интересов общества и государства»[930]. Таким образом, целью концепции духовной безопасности стало оправдание возвращения к главенству государства над личностью.

ФСБ в этой сфере сотрудничает с православной церковью. Церковь, к примеру, предоставляет ФСБ и другим государственным органам сведения о нетрадиционных религиозных организациях[931]. Часто сами представители православной церкви стремятся к более тесным отношениям с ФСБ и другими госструктурами в деле искоренения нетрадиционных религий[932].

В некоторых отношениях надзор за деятельностью религиозных организаций даже жестче, чем в советскую эпоху. Так, например, в ряде регионов местными органами юстиции практикуются запросы списков всех членов протестантских церквей. Глава протестантских церквей России епископ Сергей Ряховский отмечал в марте 2004 года: «В случае отказа предоставить список членов церкви пасторов вызывают в ФСБ, требуют сотрудничества, угрожают закрытием церкви… Со списком методы работы тоже известны: видных людей вызывают к начальству и ставят перед ними ультиматум "либо работа, либо вера"; с простыми же людьми по списку "работают" так называемые центры по реабилитации жертв сект и сотрудники ФСБ»[933].

Как видно из этих высказываний, дискриминации подвергаются не только новые «тоталитарные секты», но и традиционные конфессии. Например, когда четыре известных католических священника, среди которых был епископ Иркутский, весной 2002 года пытались вернуться из-за границы в Россию, им было сказано, что российские спецслужбы занесли их имена в черный список, а следовательно, визы на въезд им не дадут. Никакого официального объяснения от российских властей в связи с этим не последовало, но представители спецслужб намекнули, что эти священнослужители, как и отец Стефано Каприо, первый католический священник, депортированный в начале апреля 2002 года, подозреваются в шпионаже[934]. Эти случаи показывают, в чем интересы церкви и ФСБ практически полностью совпадают.