Преемник Готтберга на посту шефа Земельного управления не был эсэсовцем, который намеревался отстаивать интересы Гиммлера как имперского комиссара по укреплению немецкой народности. Теодор Гросс в прошлом возглавлял группу "Продовольствие", которая существовала при имперском протекторе Нойрате. Как видно уже из названия группы, Гросс был ставленником Дарре, а потому нет ничего удивительного в том, что он собирался отстаивать интересы Имперского продовольственного комитета, проводя в жизнь осторожную поселенческую политику. При новом руководстве единственным выразителем эсэсовских интересов оставался профессор Хорст Бартоломейчик, который при Готтберге являлся заместителем начальника Земельного управления. Но это не могло помочь ему. Гросс совместно с госсекретарем министерства продовольствия Гербертом Баке попытался перевести Земельное управление в подчинение Имперского министерства продовольствия. Одновременно с этим предпринималось все возможное, чтобы суч щественно сократить число сотрудников Земельного управления из числа экспертов РуСХА. На тот момент их насчитывалось 47 человек] Подобная деятельность вызывала искренний гнев новых шефов — Гюнтера Панке и Отто Хоффмана, а также Германа Франка как одного из высших эсэсовских чинов в протекторатах Богемия и Моравия. Однако "подрывная деятельность" Теодора Гросса длилась недолго, им "заинтересовался" Рейнхардт Гейдрих, который решил положить конец подобным начинаниям.

Когда осенью 1941 года Рейнхардт Гейдрих фактически возглавил чешское правительство, первым делом он решил наверстать упущенное и вновь сделать СС структурой, ответственной за осуществление агарной политики. Первым делом Гейдрих заменил на посту начальника Земельного управления продовольственного специалиста Теодора Гросса на сотрудника СД гауптштурмфюрера СС Фердинанда Фишера. Фишер был видным активистом Судето-не-мецкой партии, организации, ратовавшей в свое время за союз с Гитлером. После того как Судеты были аннексированы нацистами, Фишер занимал руководящие посты в пражской полиции. Его фигура устраивала не только Гейдриха, но и Карла Германа Франка, который еще в 1940 году предполагал сделать этого судетского немца начальником Земельного управления.

Гейдрих обвинил Гросса в том, что тот безответственно отнесся к экспроприированной собственности и недостаточно активно решал важные политические задачи. Действительно, Гроссу удалось экспроприировать только 40 тысяч гектаров еврейских земель. Гейдрих решил в корне поменять ситуацию и бесцеремонно ускорил политику германизации, которая, по сути, сводилась к беззастенчивому грабежу. Кроме этого, Гейдрих выдвинул еще одно, более серьезное обвинение — Гросс как начальник Земельного управления оказался не в состоянии выполнять задания, поставленные имперским комиссаром по укреплению немецкой народности Гиммлером, который был назначен на эту должность лично Гитлером. После двухлетнего "междуцарствия", когда управлением руководил гражданский специалист, аграрная политика вновь оказалась в компетенции СС, являясь одной из важнейших задач до самого окончания войны.

Наряду с экспроприацией земли, которая использовалась для создания немецких поселений, СС намеревались осуществить в протекторатах второй крупный "проект" — так называемую "расовую инвентаризацию" чешского населения. Расовые эксперты СС должны были выявлять "расово высококачественных" чехов. Они подлежали "онемечиванию". Все остальные должны были использоваться как дешевая рабочая сила. Этот проект стал активно реализовываться, когда во главе протекторатов был поставлен Рейнхардт Гейдрих. Он поручил это дело своим эсэсовским помощникам.

Главную роль в "расовой инвентаризации" играл высший полицейский и эсэсовский чин в Праге группенфюрер СС Карл Герман Франк, который еще в августе 1940 года выразил в общих словах основные направления этнической политики в протекторатах, превратив их позже в некий меморандум. Этот документ наряду с "умеренными" наработками Нойрата в данном вопросе был направлен в Берлин. Меморандум Нойрата, окончательно подготовленный 31 августа 1940 года, назывался "К вопросу о будущем использовании богемско-моравского региона". Документ Франка, датированный 28 августа 1940 года, имел название "О решении чешского вопроса". Оба эти документа были доставлены Гитлеру 31 августа 1940 года. Гитлер лично ознакомился с проектами и выразил однозначную симпатию плану, разработанному Франком.

При последующих беседах с Нойратом и Франком Гитлер пришел к выводу о том, что протектораты должны были сохраниться в прежнем виде, но германизация Моравии и Богемии должна была идти форсированными темпами. В первую очередь это касалось онемечивания чехов.

В этой бумаге Франк настаивал на отделении "расово высококачественной части населения от расово низкокачественной части". Благодаря этому должна была быть достигнута полная "этническая переориентация". Завершить ее планировалось приблизительно через десять лет. Этот эсэсовец видел германизацию протекторатов следующим образом:

Этническая переориентация расово полноценных чехов,

Депортация расово неполноценных чехов, а также враждебно настроенной в отношении рейха интеллектуальной элиты. Особое обращение с этими и прочими деструктивными элементами.

Вследствие освобождения земель заселение данного региона носителями свежей немецкой крови.

"Учет расово неполноценных чехов", по замыслу Франка, должен был быть поручен специальным следственным комиссиям, которые могли действовать под прикрытием учреждений здравоохранения. Все остальные чехи подлежали онемечиванию, которое надлежало проводить всеми возможными средствами. Уже тогда Франк вынашивал идеи тесного сотрудничества с Главным управлением СС по вопросам расы и поселений. Это сотрудничество должно было быть направлено в первую очередь на усиление уже имеющейся сферы немецкого влияния, а именно: чешские области, где компактно проживало немецкое население. Эти "островки" надо было связать между собой при помощи "этнических мостов" и "коридоров". Само собой разумеется, что данные "мосты" и "коридоры" должны были появляться на свет после того, как из этих районов депортировалось бы чешское и еврейское население. Здесь обрести новое место жительства должны были судетские немцы, а также отчасти переселенцы из "старой империи". Эти идеи Франк уже обсуждал с Отто Хоффманом — очередным начальником РуСХА, а также ректором "немецкого университета имени Карла" Вильгельмом Зауре, который был агрономом по образованию и позже стал сотрудником РуСХА. Эти беседы Франк провел буквально накануне составления своего меморандума. Более того, он провел серию совещаний с пражскими учеными немецкого происхождения на предмет перспектив германизации Моравии и Богемии. Именно тогда Зауре заявил, что положение немецкой части населения протекторатов и форсированное онемечивание чехов являются "важнейшим преюдициальным вопросом, решение которого позволит достичь далеко идущих политических целей".

Опираясь на предложения Франка, Рейнхардт Гейдрих в сентябре 1940 года дал РуСХА как компетентному Главному управлению СС задание провести "расовую инвентаризацию" чешского народа. Очевидно, что подобная идея была поддержана Гиммлером, так как в октябре 1940 года рейхсфюрер СС приказал новому шефу РуСХА Отто Хоффману "в кратчайшие сроки подготовить проект анкеты для чешских школьных врачей", которая должна была стать базовым документом для расового обследования школьной молодежи. Хоффман тут же осуществил желание Гиммлера. В данной анкете учитывались такие показатели, как рост, возраст, вес, цвет глаз, цвет волос. Когда рейхсфюрер СС ознакомился с проектом, он предложил добавить в анкету следующие характеристики: телосложение, цвет кожи, черепно-лицевой индекс. Кроме этого, шеф РуСХА настоял на наличии фотографии, так как только при наличии оной можно было точно определить расовую принадлежность. Воодушевленный, Гиммлер приказал Франку тут же использовать эту анкету. Расовые исследования и изучение фотографий должны были проводиться под видом медицинских осмотров в школе. Для этого требовалось значительное финансирование. Подобные школьно-медицинские исследования стали первым шагом на пути "расовой инвентаризации" чешского народа.