Новый имперский протектор проводил различия между "оперативными задачами", которые диктовались обстановкой на фронтах, и "окончательным решением чешского вопроса", имевшего сугубо идеологическое обоснование. Злободневные вопросы политики в основном сводились к поиску наиболее "эффективных" форм угнетения и эксплуатации чехов, действенному подавлению любого сопротивления. Под "окончательным решением чешского вопроса" Гейдрих подразумевал бесповоротную германизацию протекторатов и заселение их немецкими жителями. Гейдрих намеревался еще во время войны провести некие подготовительные работы. Главным шагом должна была стать пресловутая "расово-этническая инвентаризация", которую надлежало осуществлять самыми разными методами. Сам Гейдрих говорил но этому поводу: "Я должен идти различными путями, использовать любой удобный случай, чтобы исследовать с расово-этнической точки зрения все население. Чтобы говорить о будущем этого региона, я должен иметь общее представление о населяющих его людях". Второй составляющей в подготовке онемечивания Чехии должна была стать "реанимация" Пражского Земельного управления, которое было призвано вновь реквизировать земли для будущих немецких поселенцев. "Я верю, что оно в кратчайшие сроки создаст фундамент для нашей народности". Во время беседы с представителями немецкой оккупационной администрации Гейдрих заявлял, что Земельное управление могло стать тем учреждением, которое бы претворяло в жизнь поселенческие задачи, поставленные имперским комиссаром по укреплению немецкой народности. По его мнению, в протекторатах Богемия и Моравия эти задачи имели особое значение, так как реализация их была более простой, нежели онемечивание других восточных территорий. Когда в ноябре 1941 года Гитлер дал Имперскому комиссариату по укреплению немецкой народности задание онемечить все оккупированные территории (в первую очередь протектораты), то это скорее всего произошло по инициативе Гейдриха. Сам Гитлер внес небольшие коррективы в эсэсовские планы, указав, что онемечиванию подлежало 60, а не 40 % чешского населения. Заручившись этой высочайшей поддержкой, РуСХА и Франк приступили к интенсификации аграрной политики и расового отбора.

В течение первых месяцев правления Гейдрих, опираясь на советы экспертов из РуСХА, занимался разработкой специфического метода "расового учета". Сначала он заявлял о том, что "учет" должен быть замаскирован под медицинское обследование. Затем он говорил о "политической регистрации", которая должна была осуществляться силами полиции и гражданских структур. Это весьма напоминало "расовую процедуру", которую на территории Польши осуществил Депортационный централ, созданный из экспертов главного управления СС по вопросам расы и поселений. Неудивительно, что Гейдрих призывал всячески использовать "польский опыт". В феврале 1942 года имперский протектор подчеркнул, что "расовый учет" не должен происходить в форме обследования учеников. Теперь на первое место выступала выдача чехам удостоверений личности. В соответствующих формулярах, заполняемых для выдачи документов, надлежало отдельно выделять "не подлежащих онемечиванию", "подлежащих онемечиванию". Оставшаяся часть чехов, где-то одна треть от семимиллионного населения протекторатов, должна была подвергнуться более тщательному изучению с целью установления их расовой сущности. Гейдрих уже тогда решил, что должно было произойти с "нежелательными элементами". До этого момента СС и отдельные немецкие службы в протекторатах вели речь о "выбывании" и "выселении". Однако две недели спустя после окончания Ванзейской конференции шеф РСХА стал прибегать к более конкретным формулировкам. "Не подлежащих онемечиванию можно было бы выслать на Крайний Север к Северному Ледовитому океану". "Идеальной родиной для 11,5 миллионов европейских евреев в будущем могли бы стать концентрационные лагеря". "В этих лагерях в качестве рабочего персонала и надсмотрщиков можно было бы использовать тех же самых чехов" и т. д. Если учесть, что Гейдрих не собирался вручать "расово нежелательным чехам" каких-либо важных ролей в будущем обществе, то речь шла о далеко идущей программе геноцида, так как эти чехи должны были стать надсмотрщиками в сибирских лагерях. То есть чехам была уготована "благородная роль" "европейского дозора" на границе с Азией.

Брутальные идеи Гейдриха находились в полном соответствии с представлениями Гитлера. Тот еще в октябре 1941 года заявил, что все "расово неполноценные элементы, пребывающие в богемско-моравском регионе, после войны будут выселены далеко на Восток". Видимо, и Гитлер намеревался уготовить чехам роль "смотрителей". Подобные заявления надо воспринимать в тесной связи с "Генеральным планом "Ост", который разрабатывался в те дни. Гиммлер не раз пытался убедить Гитлера в правильности идеи "концентрационных лагерей на берегу Ледовитого океана", но фюрер был непреклонен — все нежелательные элементы должны были выселяться на Восток. В 1941 году создатели плана "Ост" предполагали "переселение" 31 миллиона "расово нежелательных" жителей Восточной Европы в отдаленные районы Советского Союза, в частности в Западную Сибирь. Первые варианты "Генерального плана "Ост" были подготовлены в ноябре 1941 года, но они считаются пропавшими. Об этом документе можно судить только по воспоминаниям и небольшим отрывкам.

В тот же самый день, когда в феврале 1942 года Гейдрих заявлял верхушке протекторатов о предстоящем выселении "нежелательных чехов" на берега Ледовитого океана, сотрудники РСХА, эксперты РуСХА и члены штаба Имперского комиссариата по укреплению немецкой народности обсуждали возможность онемечивания Прибалтики с представителями Министерства восточных территорий. Все единогласно высказались за переселение расово нежелательных прибалтийцев в Сибирь, где они должны были сформировать "новый средний слой".

Рубежом в разработке "Генерального плана "Ост" штабом Имперского комиссариата по укреплению немецкой народности явилось 28 мая 1942 года. Именно тогда было решено осуществить сокращение "нежелательного европейского населения" не только за счет высылок и депортаций, но и при помощи искусственно организованного голода и изнурительного труда.

Наконец, нужно обратить внимание на то, что в апреле 1942 года уже происходило массовое уничтожение европейских евреев. Незадолго до этого Гейдрих на Ванзейской конференции представил общие контуры программы геноцида, на осуществление которого он получил общее согласие всех присутствующих. К этому времени на территории Советского Союза оперативные группы СС ("айнзатцгруппы") уже уничтожили тысячи евреев, а в концентрационных лагерях в Восточной Европе готовились осуществить массовые убийства, Осенью 1941 года в Освенциме с применением газа были умерщвлены первые советские военнопленные, затем пришла очередь евреев. Первая газовая камера в Освенциме была запущена летом 1942 года, после чего начали возводить вторую — убийства планировалось поставить на "промышленный поток".

Идея Гейдриха о концентрационных лагерях на берегу Ледовитого океана подчеркивает, что "германизация протекторатов" и "чехославизация Северо-Восточной Европы" были неразрывно связаны с пресловутым "окончательным решением еврейского вопроса". Чехи должны были стать кирпичиком в здании перекроенной по эсэсовским лекалам Европы, Руководство СС любыми силами хотело осуществить "этническую реконструкцию континента". "Расово нежелательным чехам" предоставлялась сомнительная привилегия быть "надзирателями в концентрационных лагерях", построенных по требованию Великой Германии. Однако до этого дело не дошло.