В мае 1920 г. в Благовещенске создается Амурская флотилия, формально входящая в состав вооруженных сил Дальневосточной республики.

Поскольку мониторы и канонерские лодки бывшей военной флотилии находились под японским контролем или были выведены из строя, основу флотилии составили вооруженные пароходы «Труд», «Марк Варягин» и «Карл Маркс», вспомогательные суда «Боткинский», «Муравьев-Амурский» и «Уссури», угнанные в апреле под огнем японцев из Блаженного затона в Хабаровске.

18 мая 1920 г. японцы использовали монитор «Смерч» для огневого прикрытия переправы японских войск через Амур. Однако переправа была сорвана огнем артиллерии войск ДВР и бронепоезда «Коммунист».

С 20 сентября по 12 октября 1920 г. японские войска ушли из Хабаровска и Осиповского затона. Предварительно ими были угнаны на Сахалин наиболее боеспособные корабли Амурской флотилии — монитор «Шквал», канонерские лодки «Бурят», «Монгол», «Вотяк» и многие другие пароходы и суда.

Японцы демонстративно затопили канонерскую лодку «Карел» и посадили на мель монитор «Смерч». С канонерок и мониторов они собрали орудийные замки, части двигателей и паровых машин и утопили в Амуре. Механизмы, надстройки и палубы облили соляной кислотой, а орудия заклинили снарядами, обернутыми смоченной в кислоте паклей. Японцы привели в негодность казармы, жилые помещения на берегу, землечерпальную машину и плавучий кран в затоне, разграбили мастерские, увезли инструмент и часть станков, разрушили водопровод и отопление. Общая сумма убытков, причиненных японцами флотилии за время интервенции, составила 11 561 528 руб. золотом. Кроме того, интервенты разрушили на всем протяжении железнодорожную ветку из Хабаровска на базу. Рельсы с нее японцы сняли и бросили в Амур.

В январе 1921 г. состоялись выборы в Учредительное собрание Дальневосточной республики, в результате которых в столице республики — Чите — было создано правительство, руководимое большевиками.

Одновременно с интервенцией на Дальнем Востоке японцы стремились захватить Внешнюю Монголию. Для этого они использовали русских белогвардейцев Семенова и барона Унгерна фон Штернберга фон Пилькау, а также маньчжурского милитариста Чжан Цзолина. Последний, будучи полновластным сатрапом Монголии, боролся за власть с пекинским правительством, сотрудничая с японцами.

Октябрьскую революцию 30-летний барон Унгерн встретил есаулом 3-го Верхнеудинского казачьего полка Забайкальского казачьего войска. Уже в конце 1917 г. он с помощью японцев собрал из всякого сброда отряд в несколько тысяч человек. В июне 1919 г. свое воинство барон переименовал в Туземный корпус, а затем — в Азиатскую конную дивизию. Себе же он присвоил чин генерал-лейтенанта. Выброшенная из России, Азиатская дивизия ворвалась в Монголию и 4 февраля 1921 г. выбила китайцев из столицы Монголии Урги (с 1924 г. Улан-Батор).

Очевидец Волков вспоминал: «Страшную картину представляла собой Урга после взятия ее Унгерном. Такими, наверное, должны были быть города, взятые Пугачевым. Разграбленные китайские лавки зияли разбитыми дверьми и окнами, трупы гамин-китайцев вперемешку с обезглавленными замученными евреями, их женами и детьми, пожирались дикими монгольскими собаками. Тела казненных не выдавались родственникам, а впоследствии выбрасывались на свалку на берегу речки Сельбы. Можно было видеть разжиревших собак, обгладывающих занесенную ими на улицы города руку или ногу казненного. В отдельных домах засели китайские солдаты и, не ожидая пощады, дорого продавали свою жизнь. Пьяные, дикого вида казаки в шелковых халатах поверх изодранного полушубка или шинели брали приступом эти дома или сжигали их вместе с засевшими там китайцами».[76]

В мае 1921 г. войска барона Унгерна (около 10,5 тыс. сабель, 200 штыков, 21 орудие, 37 пулеметов) вторглись в пределы Дальневосточной республики в районе Троицкосавска. Главный удар они наносили вдоль правого берега реки Селенга, вспомогательный — вдоль ее левого берега с целью перерезать Кругобайкальскую железную дорогу и изолировать Дальневосточную республику от РСФСР. В упорных оборонительных боях с 28 мая по 12 июня 1921 г. части Красной Армии отразили попытки белых прорваться к железной дороге по левому берегу Селенги. Войска барона Унгерна понесли большие потери и отступили вглубь Монголии за реку Иро.

В середине июня 1921 г. красные сформировали экспедиционный корпус 5-й армии под командованием К.А. Неймана в составе 7,6 тыс. штыков и 2,5 тыс. сабель. Корпус располагал 20 орудиями, 2 бронеавтомобилями и 4 самолетами. 27–28 июня части экспедиционного корпуса во взаимодействии с НРА ДВР и Монгольской Народно-революционной армией (МНРА) под командованием Сухэ-Батора начали наступление. 6 июля красные взяли Ургу.

22 августа Унгерн фон Штернберг был взят в плен, а 15 сентября расстрелян по приговору революционного трибунала. Любопытно, что на допросе барон заявил, что его родина Австрия. В какой-то мере это было справедливо, поскольку он родился в австрийском городе Граце во время путешествия его родителей по Европе.

11 июля 1921 г. было образовано Народное правительство Монголии, а 5 ноября подписан договор о сотрудничестве с РСФСР. Власть в Монголии (Внешней Монголии) сосредоточилась в руках революционных элементов, но до мая 1924 г., когда умер последний монгольский хан (богдо-гэгэн), Монголия формально являлась монархией.

12 января 1921 г. войска Дальневосточной республики нанесли поражение белогвардейцам при Волочаевке. 14 февраля был освобожден Хабаровск. Белогвардейские части, прикрываемые японскими войсками, отступили на юг. Народно-революционная армия ДВР успешно продвигалась по направлению к Никольск-Уссурийскому и Владивостоку. Большую помощь революционным войскам оказали партизаны.

Успехи, одержанные НРА и партизанами, с одной стороны, и резкое ухудшение внутреннего и международного положения Японии — с другой, вынудили японское правительство пойти на новые переговоры, на этот раз уже не только с ДВР, но и с РСФСР. Вначале сентября 1922 г. в Чаньчуне открылась конференция представителей Японии и объединенной делегации ДВР и РСФСР.

Еще до созыва конференции японцы объявили о выводе войск из Приморья к 1 ноября 1922 г. Делегация ДВР и РСФСР требовала вывода японских войск также и с Северного Сахалина, но японцы отвергли это требование. Чаньчунская конференция была Прервана 26 сентября 1922 г.

В 2 часа дня 25 октября 1922 г. стоявшая в бухте Золотой Рог многочисленная японская эскадра с последними экспедиционными войсками на борту подняла якоря и стала выходить в открытое море. Японцы задержались ненадолго на острове Русском, но через несколько дней ушли и оттуда.

В тот же день, 25 октября, в 4 часа дня, войска НРА торжественно, без единого выстрела, вступили в город Владивосток, население которого приветствовало своих освободителей от интервентов. Гражданская война на Дальнем Востоке завершилась.

Несколько слов стоит сказать о судьбе кораблей Сибирской флотилии. 23 октября 1922 г. командующий Сибирской военной флотилией адмирал Г.К. Старк увел русские корабли в корейский порт Гензан. Всего было уведено 30 кораблей, в том числе канонерская лодка «Манчжур», ледокол «Илья Муромец», вспомогательный крейсер «Лейтенант Дыдымов» (бывший крейсер пограничной стражи), транспорты, пароходы, минные заградители и т. д. На кораблях находилось около 9 тыс. человек. Адмирал Старк отобрал в Гензане лучшие суда и повел их в Шанхай. Во время шторма 4 декабря 1922 г. погиб крейсер «Лейтенант Дыдымов». В начале декабря 1922 г. флотилия Старка прибыла в Шанхай. Китайские власти встретили белогвардейцев крайне неприязненно и вскоре предложили покинуть порт. Старк вынужден был подчиниться и 10 января 1923 г. вновь вышел в море, предварительно высадив на берег всех белогвардейцев и гражданских беженцев. В Манилу вместе со Старком вышли только команды кораблей, и то в неполном составе. (Значительную часть команд составляли офицеры). Сделано это было умышленно. В Маниле Старк продал остатки флотилии и ряд пароходов Добровольного флота. Деньги господа офицеры поделили между собой. Сам адмирал Старк уехал в Париж, где безбедно прожил до 1950 г.