Между тем Петр присмотрел, опять-таки среди киевских монахов, подходящего исполнителя своих замыслов, касающихся преобразования церкви. Феофан Прокопович, еще молодой в сравнении с Яворским, но более искушенный в житейских делах, более практичный и несравненно более деятельный, оказался именно тем человеком, который был нужен царю. Это был истинный деятель просвещенного XVIII века, волею судьбы ставший священником. В нем сочетались качества администратора, реформатора, полемиста и, если угодно, пропагандиста, а главное, он полностью разделял взгляды Петра на необходимость модернизации и секуляризации Русской церкви. Для православного священника Прокопович обладал небывалой ученостью – был знаком со взглядами Эразма Роттердамского, Лютера, Декарта, Бэкона, Макиавелли, Гоббса и Локка. Феофан с детства остался сиротой, и его первым учителем был дядюшка, ученый монах из Киевской академии. Затем юноша продолжил образование в иезуитском коллегиуме в Польше, а после отправился в Рим – изучал там теологию. В Риме ему выпало стать свидетелем коронации папы Климента XI. Однако в итоге трехлетнего пребывания в Риме у Прокоповича сформировалась стойкая неприязнь к католицизму и папству. Вернувшись в Киев, он стал преподавать в академии – читал на латыни лекции по философии, риторике и пиитике и первым добился включения в учебную программу арифметики, геометрии и физики. В неполные тридцать лет Прокопович написал пятиактную пьесу в стихах о крещении Руси князем Владимиром. В 1706 году Петр посетил Киев, был в Софийском соборе и пришел в восторг от проповеди, читанной Прокоповичем. В 1708 году, когда Мазепа изменил Петру и сделал ставку на Карла, Прокопович без колебаний стал на сторону русского царя. Киевский губернатор, князь Дмитрий Голицын, отвечая на вопрос Петра относительно лояльности высших киевских иерархов, писал: «Узнать нет ли в ком из монахов подозрения трудно, потому что монахи всех нас чураются, во всем Киеве нашел я только одного человека, именно из братского монастыря префект, который к нам снисходителен». В 1709 году, после Полтавской победы, Петр снова приехал в Киев, где Прокопович произнес в его честь панегирик, превознося царя сверх всякой меры. В 1711 году Феофан сопровождал государя в несчастном для русских войск Прутском походе, а через год, в возрасте тридцати одного года, был назначен ректором Киево-Могилянской академии. В 1716 году Петр вызвал Прокоповича в Петербург, и тот навсегда покинул Киев.

В отличие от Яворского, Прокопович всецело поддержал стремление Петра подчинить церковь государству. Фоккеродт, секретарь прусского посланника Мардефельда, писал, что помимо широчайшей учености, Прокоповича отличает «безмерная преданность благу страны, даже в ущерб интересам духовенства». Неудивительно, что он не находил общего языка с длиннобородыми поборниками патриархальных традиций. Конфликт Прокоповича с рядом видных иерархов обострился в связи с тем, что они поддерживали царевича Алексея. В 1718 году Петр повелел высшему духовенству «учинить суд» над царевичем, 6 апреля, в Вербное воскресенье, Феофан Прокопович произнес пламенную проповедь, возглашая с кафедры, что царская власть установлена Творцом, вооружена мечом Господним и повиноваться ей – святой долг всех подданных без изъятия, а всякое противодействие есть грех перед ликом Господним. Он гневно порицал тех, кто полагал, что духовенству не обязательно верноподданнически служить своему государю. «Многие мыслят, – заявил Прокопович, – что не все люди обязаны повиновением властям, что некоторые исключаются, именно священство и монашество. Это терн, жало змеиное, дух папский, неизвестно как нас коснувшийся: священство есть особое сословие в государстве, а не особое государство в государстве». Вполне понятно, что многие церковники упрекали Прокоповича в низкопоклонстве, честолюбии, вероотступничестве и лицемерии. Когда Петр назначил его архиепископом Псковским, московское духовенство не преминуло обвинить новопоставленного архиерея в протестантской ереси. Это обвинение поддержал и Яворский, однако, когда Петр потребовал представить доказательства еретических воззрений Прокоповича, местоблюститель, оказавшийся не в состоянии их раздобыть, вынужден был отступиться.

Война со Швецией близилась к концу, и Петр все чаще задумывался о необходимости дать наконец церкви постоянное управление. «Временное» назначение Яворского местоблюстителем растянулось на восемнадцать лет, а русские архиереи без конца досаждали царю просьбами о поставлении патриарха. Долгое время Петр оставлял эти прошения без внимания, а когда наконец откликнулся, ответ его оказался вовсе не таков, какого ожидали церковники. За годы, прошедшие со времени кончины последнего патриарха, Петр немало поездил по Европе, побывал и в католических, и в протестантских странах и познакомился с принятыми на Западе формами церковного управления. Римскую церковь единолично возглавлял папа, а в протестантских странах руководство церковью осуществляли коллегиальные органы – синоды, ассамблеи или административные советы. Эта-то система и пришлась по нраву Петру. Он уже реформировал гражданское управление, заменив приказы коллегиями, а теперь задумал и церковь переустроить по аналогичному образцу. В конце 1718 года Петр поручил Прокоповичу подготовить проект нового церковного уложения, получившего впоследствии название «Духовный регламент». Этот документ должен был определить на будущее принципы управления Русской православной церковью. Долгие месяцы Прокопович упорно трудился над текстом Регламента, и в том, что этот документ увидел свет, ему, бесспорно, принадлежит основная заслуга, однако каждый раздел проекта внимательно прочитывался, а порой и переписывался самим государем.

В 1721 году царским манифестом «Духовный регламент» был введен в действие, нанеся жестокий удар по столь ненавистной Петру московской церковной старине. Регламентом предписывалось искоренять невежество и суеверия не только среди паствы, но и среди священства, ибо при недостатке просвещения церковь не может обрести и доброе устроение. Епископам было указано завести школы для приготовления священников. Всего за четыре года с момента вступления Регламента в силу было открыто сорок шесть таких училищ. Священникам надлежало изучать богословие и, прежде всего, учиться доказывать истинность православных догматов ссылками на Священное Писание. Но тем дело не ограничивалось: по настоянию Прокоповича, будущим пастырям предстояло изучать историю, политику, географию, арифметику, геометрию и физику. От прихожан Регламент требовал непременного посещения церковных служб: на тех, кто пропускал богослужения или разговаривал в церкви, налагался штраф.

Однако наиболее примечательной особенностью нового Регламента явилось упразднение патриаршества. Во главе Русской церкви было поставлено бюрократические учреждение, названное Священным правительствующим синодом и организованное по образцу коллегий. Синод состоял из президента, вице-президента и восьми членов. Но, по замыслу Петра, Синод был поставлен выше коллегий и приравнен к Сенату. Как и при Сенате, при Синоде состоял особый надзиратель, обер-прокурор, к ведению которого относились все административные вопросы, забота о соблюдении порядка и благопристойности и разбор всяческих свар между членами Синода. Синод контролировал все стороны церковной жизни как собственно духовные, так и хозяйственные, и, по существу, стал министерством по делам церкви, а его оберпрокурор – министром духовных дел.