Хотя Петр и допускал в России широкое разнообразие религиозных верований, терпимость его не распространялась на один из католических орденов – орден иезуитов. Другим католическим братствам дозволялось беспрепятственно действовать в России: францисканцы и капутинцы даже имели небольшие монастыри. Первоначально иезуитам тоже было позволено совершать в Москве свои требы, а их миссия ко двору маньчжурского императора Китая Кан-си получила свободный пропуск через территорию России. Но затем Петр заподозрил, что религиозное рвение иезуитов – не более чем ширма, прикрытие их стремления к политической власти. Подтверждением мирских интересов ордена, на взгляд Петpa, явились тесные связи братства Иисуса с венским императорским двором. Впоследствии царь издал указ, предписывавший иезуитам через четыре дня после уведомления покинуть российские пределы, поскольку всему миру известны опасные махинации иезуитов, которые «не могут отстать от того, чтобы не мешаться в политические дела». Однако, высылая иезуитов, Петр не потребовал закрытия римско-католического костела в Санкт-Петербурге. Он разрешил прихожанам послать за новым священником и настаивал лишь на том, чтобы их будущий пастырь не принадлежал к иезуитскому ордену и не был связан с австрийским двором.

О веротерпимости Петра были наслышаны и за границей. У представителей некоторых христианских концессий возникли даже надежды на то, что при поддержке царя им удастся добиться распространения в России своего учения, а то и обращения всей огромной страны в свою веру. На самом деле оснований для таких надежд не было. Петр действительно интересовался другими христианскими вероучениями, особенностями богослужения и церковного управления, но этот интерес был продиктован любознательностью, и только. У него и в мыслях не было предлагать россиянам какую-то иную веру. Тем не менее в 1717 году во время пребывания Петра в Париже группа теологов с богословского факультета Сорбонны предложила царю объединить московскую и римскую церкви на основе взаимного сближения доктрин. Прослышав о таком проекте, посланники некоторых протестантских держав в Петербурге встревожились, представив себе возможные последствия задуманной унии. Однако шансов на осуществление этого замысла практически не было, ибо, как справедливо заметил Вебер, «совершенно невероятно, чтобы, уничтожив в России власть патриарха, царь подчинился сам и подчинил свои владения куда более тягостной зависимости от папы… Не стоит даже упоминать о браках священников, почитаемых в России божественным установлением, и других разногласиях, по которым обе церкви едва ли когда-нибудь придут к соглашению».

Да, Петр сохранял господство православия в России, но при этом он настаивал на том, чтобы церковь приносила государству пользу. А самым полезным, что, по его мнению, могли делать священники, помимо спасения душ, было обучение прихожан грамоте. В стране практически не было школ, и просвещение могло коснуться разбросанного по необъятным просторам народа только при содействии духовенства. Однако священники по большей части сами отличались дремучим невежеством, неистребимой ленью и были подчас не менее суеверны, чем их паства. Мало кто из них сумел бы сказать даже несложную проповедь, не говоря уж о том, чтобы учить, передавать другим свои знания и наставлять в добродетели. Пытаясь исправить положение, Петр отправил многих сельских священников в Киев и другие богословские училища, дабы они обучились не только требы служить, но и произносить перед паствой проповеди.

Помимо невежества, которое было скорее не виной, а бедой русского духовенства, был у него и другой порок, приводивший Петра в ярость. Среди духовных лиц попадались проходимцы, наживавшиеся на предрассудках людей. Широко распространенная вера в то, что молитва, обращенная к чудотворной иконе Спаса, Богородицы или кого-нибудь из русских святых, способна обеспечить успех в любом деле, расплодила множество шарлатанов. Всякий раз, когда Петр узнавал о причастности к такому обману духовных лиц, его начинало трясти от гнева. Один петербургский священник стал уверять своих прихожан, будто хранящаяся у него дома икона Богородицы может творить чудеса, но прежде всего надо как следует раскошелиться. «Хотя он и проделывал все по ночам, в большом секрете, и наказывал прихожанам хранить тайну, – рассказывал Вебер, – об этом все же проведал царь. Дом священника обыскали и виденную там икону доставили во дворец, дабы проверить, будет ли она творить чудеса в присутствии его величества. Однако священник, видя, что все вышло наружу, бросился к ногам царя и повинился в мошенничестве, за что – в назидание своей братии – был лишен сана, заключен в крепость и подвергнут тяжкому телесному наказанию».

Вполне понятно, что особенно Петр негодовал, когда всякого рода обманщики дерзали противиться его замыслам. Один крестьянин, недовольный насильственным переселением в Петербург, принялся пророчествовать, что в сентябре надо ждать наводнения: вода поднимется так высоко, что скроет даже могучий ясень возле церкви. Перепуганные обыватели собрали пожитки и стали переправляться на более высокие места. Взбешенный тем, что кто-то посмел предрекать беду новому граду, его любимому творению, Петр приказал ясень срубить, а крестьянина до сентября держать в каземате. Сентябрь прошел, а наводнения все не было. Тогда на том месте, где остался пень от срубленного дерева, соорудили эшафот, на который возвели горе-прорицателя и наградили его пятьюдесятью ударами кнута. Созванному на экзекуцию народу была прочитана проповедь о лжепророках и тех, кто по недомыслию соблазняется их речами.

Случались и более изощренные религиозные мистификации, которые, с одной стороны, возмущали Петра, а с другой – возбуждали его любопытство. В 1720 году по Петербургу пошли толки о том, что икона Пресвятой Богородицы в одной из церквей проливает горькие слезы оттого, что вынуждена прозябать в столь мрачном и унылом краю. Об этом прослышал канцлер Головкин и тотчас отправился в церковь. Протолкнувшись сквозь собравшуюся в храме толпу, он удостоверился, что образ и впрямь источает слезы. Немедленно отправили гонца к Петру, который в то время инспектировал строившийся Ладожский канал. Узнав о чуде, царь не мешкая тронулся в путь и, проехав всю ночь, поутру явился в храм. Служители подвели государя к иконе. Глаза ее в тот момент были сухими, но многие из находившихся в церкви уверяли, что видели слезы. Петр долго смотрел на икону, покрытую толстым слоем лака, а потом велел снять образ (он висел довольно высоко) и доставить к нему во дворец. Там икону тщательно осмотрели в присутствии канцлера, многих вельмож и священников, которые были в храме, когда образ снимали со стены. Вскоре царь обнаружил, что в уголках глаз Богородицы проделаны крохотные отверстия, совершенно незаметные, если смотреть на икону снизу вверх. Перевернув образ, царь сорвал холст, прикрывавший доску сзади, и увидел, что в доске, позади глаз, выдолблены углубления, в которых сохранился остаток деревянного масла. «Вот где секрет чудесных слез!» – возгласил царь и позвал присутствующих подойти поближе и удостовериться. Что же оказалось? Пока икона находилась в прохладном месте, масло затвердевало, но во время службы, когда воздух разогревался зажженными под иконой свечами, масло медленно таяло и оттого икона начинала «плакать». Хитроумная выдумка понравилась Петру, и он взял икону для своего кабинета редкостей. Однако то, что изготовивший ее шарлатан возбуждал суеверие, грозившее благополучию новой столицы, не могло не разгневатъ царя. Виновный был найден и «подвергнут столь суровому наказанию, что после этого даже мысль о чем-то подобном никому не могла прийти в голову».