В середине ноября 1943 г. Ананьев вернулся в Ленинград. А в 1944 г. ректор Ленинградского университета А. А. Вознесенский предложил ему возглавить новую кафедру психологии. Выбор ректора был не случаен. Ананьев имел большой научный и личный авторитет, был признанным лидером ленинградских психологов. С августа 1944 г. Борис Герасимович стал заведовать, а вернее, создавать кафедру психологии и психологическое отделение философского факультета ЛГУ. Осенью начались занятия, в аудиторию пришли первые студенты. Среди них были известные ныне ученые Е. В. Шорохова и Л. М. Веккер.

В военные и первые послевоенные годы появились такие работы Ананьева, как «Передовые традиции русской психологии», «К. Д. Ушинский — великий русский психолог», «Проблема формирования характера». В этих и других публикациях утверждалось высокое общественное предназначение психологической науки.

Впоследствии, вспоминая военную пору, Ананьев говорил: «Война определила мою жизнь. Это была уже не по книгам пройденная психология. Я увидел резервы, о которых мы обычно не подозреваем. Я понял: нет более великой проблемы, чем проблема человеческих возможностей. Я понял: человек может все…»

В сентябре 1945 г. Ананьев был избран членом-корреспондентом Академии педагогических наук РСФСР (действительным ее членом он стал в 1955 г.). Научная и организаторская деятельность Ананьева была на подъеме. В период 1945–1948 гг. он опубликовал свыше 25 работ. Ученый был буквально переполнен замыслами, выступал инициатором многих начинаний. Он вел исследования сразу по нескольким направлениям: изучение осязания и других видов чувствительности, психология речи, проблемы детской психологии. Продолжал заниматься историей психологии и психологией личности. В этот период Ананьев отчетливо сформулировал идею о связи формирования характера и познания человека человеком, о закономерностях формирования самосознания человека на ранних стадиях развития.

На рубеже 40–50-х гг. оформляется новое направление исследований Ананьева, истоки которого лежат в довоенных работах Института мозга. Началось целенаправленное всестороннее изучение билатеральности мозга и его функций — проблемы, которая была тогда неизведанной и лишь в последние годы стала популярной, даже модной, хотя новаторская роль Ананьева при этом почти не упоминается.

В 1957 г. Ананьеву исполнилось 50 лет. Состоялось торжественное собрание, на котором юбиляр говорил о необходимости комплексных исследований, о синтезе всех знаний о человеке. Эти идеи волновали его, когда он писал статьи «Человек как общая проблема современной науки» (1957), «О системе возрастной психологии» (1957). Идеи Ананьева опередили свое время и в ту пору не были оценены коллегами. Лишь спустя годы ученые осознали ценность комплексного и системного подходов в сфере человекознания — по мере развития системных идей и самих наук о человеке. Приоритет Ананьева здесь неоспорим.

Стремительное движение ученого по высоким орбитам науки было прервано внезапной тяжелой болезнью. В ноябре 1959 г. с Борисом Герасимовичем случился инфаркт. Сказался непрестанный напряженный труд, а также неизбежные в жизни передового ученого конфликты с теми, кто не поспевал за мыслью и делом новатора.

Выйдя из смертельно опасного кризиса, Ананьев приступил к реализации замысла, который вызревал у него уже несколько лет. Это был замысел комплексных исследований человека в целях его психологического познания. Он был сформулирован в итоге многолетних размышлений ученого под влиянием опыта предшественников, и в первую очередь В. М. Бехтерева. В истории психологии комплексные исследования человека неразрывно связаны с именами этих двух отечественных ученых. Ананьев, как и Бехтерев, был их горячим сторонником, методологом и практиком. Методологи отмечают большую сложность комплексных исследований, которые требуют длительных коллективных усилий ученых разных специальностей. Тем дороже новаторский опыт Ананьева и его коллектива.

Замысел предусматривал два цикла комплексных исследований. В первом главное внимание уделялось возрастной динамике психофизиологических функций взрослых людей. В этом цикле преобладали сравнительно-генетические методы («поперечные срезы»), что позволяло определять нормы развития взрослых в каждом «микровозрасте».

Во втором цикле целостное развитие индивидуальности изучалось на одних и тех же людях в течение пяти лет. Здесь использовались лонгитюдные методы. Таким образом, два организационных метода — «поперечные срезы» и лонгитюд — дополняли друг друга, так что индивидуальные картины развития углубляли представления о вариативности возрастных статусов, о роли отдельных факторов в общем развитии личности. С другой стороны, обобщенные данные о возрастном развитии служили объективной психодиагностике индивидуальности, что особенно важно в практических целях.

В 1962–1966 гг. Ананьев написал серию статей, в которых всесторонне обосновывал комплексный подход в исследованиях человека. При этом он интегрировал все предыдущие разработки своей школы и предшественников. Пережитая во время тяжелой болезни опасность обострила чувство времени. Кажется, Ананьев спешит высказать самые выстраданные мысли и реализовать их в конкретных исследованиях. В начале шестидесятых он начинает работу над книгой «Человек как предмет познания», где подводит итоги своей многолетней работы и обозначает контуры синтетической науки о человеке.

Начало комплексных исследований в школе Ананьева совпало с общим подъемом психологической науки, оживлением в стране в период «оттепели». В 1959 г. в ЛГУ была создана первая в СССР лаборатория инженерной психологии, которую возглавил ученик и сотрудник Ананьева Б. Ф. Ломов. В 1962 г. организована лаборатория социальной психологии, опять-таки первая в стране (заведующий Е. С. Кузьмин — также ученик Ананьева). По инициативе Ананьева в ЛГУ открыли Институт комплексных социальных исследований и в его составе — лабораторию дифференциальной антропологии и психологии.

В 1966 г. психологическое отделение философского факультета ЛГУ было преобразовано в факультет психологии, включавший кафедры общей психологии, педагогики и педагогической психологии, эргономики и инженерной психологии. Первым его деканом был назначен Ломов, который, однако, вскоре переехал в Москву и возглавил впоследствии вновь организованный Институт психологии АН СССР. В 1967 г. Ананьев принял руководство факультетом психологии ЛГУ. На этом посту им сделано необычайно много для становления факультета и развития психологического образования. Он осуществил новые формы обучения студентов в виде творческих встреч с ведущими психологами страны. «Каждая такая встреча, — говорил Ананьев, — стоит целого семестра». Так, весной 1968 г. в ЛГУ на факультет психологии приезжали ученые из Института общей и педагогической психологии АПН СССР (ныне московский Психологический институт им. Щукиной) во главе с А. А. Смирновым. В другое время приезжали и выступали перед ленинградскими студентами психологи из МГУ, в том числе А. Н. Леонтьев, А. Р. Лурия, П. Я. Гальперин, грузинские психологи из института им. Узнадзе, ученые из Киева. Таким образом, студенты имели возможность глубже понять иные научные школы, узнать о наиболее выдающихся достижениях науки от самих исследователей. Школа Ананьева была открыта для научного общения с учеными разной ориентации.