Если в последний момент осужденный не отрекался, его обычно сжигали заживо. Однако эта процедура была более мягкой, чем самосуд, который практиковал Симон де Монфорт, и ее жертв, вполне возможно, было меньше. Бернард Ги, инквизитор XIV века, имевший репутацию исключительного сурового человека, передал в руки светской власти 139 из 930 подследственных, которых он осудил между 1207 и 1324 годами. Невозможно оценить число тех, кто был казнен за полвека после Парижского договора. Но вряд ли оно превысило 5.000 человек.

Именно упорство инквизиции, а не ее жестокие наказания, сломили Церковь катаров за эти пятьдесят лет. Ее защитники и покровители, которые часто были знатными людьми, привязанными богатством и статусом к своим домам, были более уязвимы, чем сами еретики. Немногие из них остались после 1230-х годов. Их исчезновение осложнило жизнь более скромным еретикам, которые стали проводить свои собрания в лесах по ночам и вести бродячую жизнь, которая, должно быть, напомнила некоторым из них худшие времена крестового похода Симона де Монфора. Арнод де Ламот, чье бегство от крестоносцев мы уже описали, была вынуждена возобновить свои скитания в 1229 году. Вскоре после заключения Парижского договора она бежала из Тулузы вместе со своей сестрой и немощной матерью и укрылась в Ланте в двенадцати милях от города, где у ее тулузского покровителя Аламана де Руа был дом. К 1234 году сам Аламан уже попал под подозрение инквизиции, и Арнод поступила мудро, поселившись в маленькой деревянной хижине неподалеку от города, куда единоверцы приносили ей еду и топливо. Через две недели она переселилась в подвал соседней фермы. Здесь умерла ее сестра, вероятно, от дизентерии. Арнод и ее мать похоронили ее в лесу, а затем навсегда покинули этот район. В течение трех лет она жила в хижинах и пещерах, полагаясь на сочувствующих, которые приносили ей еду, давали ей приют и провожали по ночам от одного убежища к другому. В 1237 году она вернулась к относительно комфортной жизни в череде небольших городов и деревень, но по-прежнему меняла свое место жительства каждые несколько недель и принимала тщательно продуманные меры предосторожности против обнаружения. Но в 1243 году на службу, которую она проводила в лесу неподалеку от Ланте, нагрянули офицеры графа Тулузского и Арнода была арестована инквизицией. В ее признаниях было названы более сотни имен еретиков, которые поклонялись вместе с ней, помогали или укрывали ее в течение тридцати лет существования в бегах.

К 1240 году почти единственным безопасным убежищем, которое еще оставалось у катаров, была крепость Монсегюр, расположенная на вершине горы в двенадцати милях от Фуа в Пэи-де-Со. Монсегюр венчает почти отвесную скалу, возвышающуюся почти на 500 футов и окруженную вершинами пиренейских предгорий. Его географическое расположение, представляющее больший интерес для мистиков XX века, чем для еретиков XIII, вызвало целый ряд невероятных теорий, предполагающих, что это был храм солнца, скиния Святого Грааля или столица непонятного тайного культа. Но нет никаких существенных доказательств того, что Монсегюр был чем-то иным, кроме как исключительно мощной крепостью, которая оставалась в руках катаров на протяжении всего периода крестового похода, одной из многих мощных горных крепостей Лангедока. Монсегюр был построен в 1204 году для Раймунда де Перейля, сильно симпатизировавшего катарам, который позволил ряду выдающихся еретиков, среди которых были Эсклармонда де Фуа и Гилаберт де Кастр, там обосноваться. Хотя с сентября 1209 года окрестности замка были захвачены маршалом Симона де Монфора, Ги де Лависом, сам замок оставался непокоренным. И только после Парижского договора Монсегюр стал столицей преследуемой Церкви катаров Лангедока. В 1232 году Гилаберт де Кастр созвал здесь важное собрание катарских сановников, на котором, по-видимому, было решено превратить крепость в постоянное убежище, базу, откуда совершенные могли бы проводить быстрые обходы своих напуганных и разрозненных общин. Были проведены значительные строительные работы по укреплению западной стены крепости, а под стенами скала была превращена в улей крошечных камер, служивших домом для разросшегося населения катарских беженцев. Только благодаря доброй воле местного населения они смогли продержаться там двенадцать лет. Во время исключительно суровой зимы 1233-4 годов по всему западному Лангедоку от их имени проводились сборы денег и продовольствия, а за несколько недель до падения замка для них все еще накапливались большие запасы зерна. Падение других убежищ (Рокфей был захвачен в 1240 году) и возобновление инквизиторской деятельности в 1241 году привели к тому, что к скале потянулись новые группы беженцев, пока накануне окончательной катастрофы в тесном замке не оказалось, вероятно, более 500 жителей.

Существование Монсегюра доставляло немало неудобств Раймунду VII, который стремился убедить Папу в том, что катаризм больше не представляет серьезной угрозы для католической веры. Осенью 1241 года граф, договорившись с Церковью, осадил скалу с достаточно большими силами, чтобы напугать защитников при всей прочности их позиций. Но у них на этот случай были накоплены запасы продовольствия. Кроме того, среди осаждающих нашлось немало друзей осажденных. К концу года когда Раймунд снял осаду, жизнь в Монсегюре вернулась в нормальное русло, а инквизиция бессильно наблюдала за происходящим.

В следующем году катары Монсегюра вновь дали о себе знать. 28 мая 1242 года четыре инквизитора из Тулузы прибыли в маленький городок Авиньоне, расположенный на римской дороге к юго-востоку от Тулузы, чтобы провести дознание. Губернатором Авиньоне был представитель прошлой эпохи, Гуго де Альфаро, зять Раймунда VI, который тридцатью годами ранее в течение семи недель противостоял Симону де Монфору в Пенне-д'Ажене. Он послал гонца с вестью в Монсегюр по неровной дороге длиной в пятьдесят миль, и на следующую ночь Пьер-Роже де Мирпуа, комендант замка, прибыл в Авиньоне во главе 85 рыцарей, вооруженных мечами и топорами. Ворота цитадели, где остановились инквизиторы, были открыты одним из прибывших, который проник во двор через открытое окно. Двери спален были выбиты, и инквизиторы вместе со своими сотрудниками были жестоко зарублены. Инквизитора Гийома Арно, который умер с Те Deum на устах, несколько раз проткнули мечом и размозжили его голову о каменный пол. Его драгоценные записи были похищены и уничтожены.

Известие об убийстве ошеломило католическое духовенство. Раймунд VII был немедленно вновь отлучен от Церкви преемником Арно на посту инквизитора Тулузы, хотя никаких доказательств связывающих его с этим преступлением не было. Этот инцидент стал для графа серьезной проблемой. За месяц до этого Раймунд, в союзе с королем Англии и грозной партией баронов на севере, поднял восстание против короля Людовика IX. Естественно, убийство инквизиторов, стало рассматриваться как часть его коварного плана, а унизительное поражение его английских союзников при Тайбуре в июле заставило графа столкнуться с обвинениями не только в измене но  в ереси. Активное преследование ереси было частью цены, которую Раймунду пришлось заплатить за восстановление королевской благосклонности и освобождение от позорного пятна отлученного от Церкви. Катары больше не могли рассчитывать на то,