Отбив натиск земских войск, Гонсевский решил, что пришло время покончить с остатками оппозиции внутри города. Его люди жестоко расправились с Андреем Голицыным. Боярин физически не мог участвовать в восстании, все это время он находился под домашним арестом, но такая мелочь не остановила поляков. Патриарха оккупанты арестовали и бросили в темницу. Его не лишили сана, поскольку по закону сделать это мог лишь соборный суд. А как умеет защищаться «хитроречивый» московский первосвященник, всем было хорошо известно. Поэтому Гонсевский поневоле ограничился заключением Гермогена под стражу. Управление же делами церкви перешло в руки верного Семибоярщине архиепископа Арсения.

Земская власть в воинском лагере под Москвой постепенно набирала силу. В апреле воеводы провели присягу в полках. Русские ратники поклялись стоять всем заодно против короля, королевича и всех, кто с ними столковался. Они выразили готовность очистить Московское государство от польских войск, а потом служить государю, который будет избран «Всей Землей». До проведения царских выборов «Совет Всей Земли» сосредоточил власть в руках трех высших воевод: князя Дмитрия Трубецкого, дворянина Прокопия Ляпунова и атамана Ивана Заруцкого.

Когда города снаряжали ополченцев в поход, считалось само собой разумеющимся, что шапку Мономаха следует отдать одному из русских православных кандидатов. Однако за время осады многие из ратников засомневались в правильности такого варианта. Все «великие бояре», среди которых по понятиям того времени только и можно было найти кандидата в цари, сидели в Кремле с Гонсевским и даже не думали переходить на сторону осаждающих. В головы патриотов невольно закрадывалась мысль: да неужели же мы рискуем жизнью ради того, чтобы посадить на трон одного из пособников жестокого врага?

Стоило только «Совету Всей Земли» начать обсуждение конкретных кандидатур, как среди депутатов-дворян вспыхивали яростные разногласия. Чтобы их преодолеть, «Совет» под давлением Ляпунова вынес постановление о возможности избрания на трон шведского королевича. Это успокоило дворянскую часть ополчения, но вызвало бурю негодования среди казаков и московского «черного» люда. Не успели мы избавиться от одного иноверца, говорили они, а дворяне уже готовы навязать нам другого! Многие казаки, служившие под знаменами самозванца, вспомнили о крещенном по православному обряду «царевиче Иване». Вместе со своей матерью, Мариной Мнишек, он проживал в это время в Коломне. Заруцкий негласно поддерживал эту идею. Будучи любовником вдовой «царицы», он не без основания рассчитывал на пост правителя при малолетнем «воренке». Кроме этого в таборах начали циркулировать слухи, что в Псковской земле появился вот уже трижды спасшийся «царь Дмитрий Иванович». Вскоре этот человек станет известен стране как Лжедмитрий III.

В то время как русский лагерь под Москвой все больше раздирали противоречия, обстановка под Смоленском продолжала ухудшаться. Поняв, что ни на какие уступки русские послы не пойдут, Сигизмунд 12 апреля велел их арестовать и отправить в Польшу. В Смоленске меж тем уже свирепствовала цинга. Силы гарнизона таяли. Обстрелы города из осадных орудий не прекращались ни на день. На рассвете 3 июня 1611 года раздалось несколько мощных взрывов. Рухнула часть стены подле Крышолевской башни. Польские роты вошли в пролом. Начались бои на улицах города. Большинство защитников Смоленска погибло в сражении. Воевода Шеин попал в плен. По приказу короля его пытали, а затем отправили в Литву в железных оковах. Часть жителей заперлась в Богородицкой церкви в центре Смоленска. Когда поляки взломали двери и ворвались в собор, горожане взорвали сложенный в подвале порох. Под обломками каменного здания погибло много польских ратников.

Падение Смоленска стало шоком для всех патриотических сил. В лагере Ляпунова с ужасом ждали, что Сигизмунд III двинет освободившуюся армию к Москве. Однако король вместо этого вернулся в Польшу. У него не было денег, чтобы платить наемникам жалованье. Известие об этом недолго радовало ополченцев. Не прошло и полутора месяцев после падения Смоленска, как его судьбу повторил Великий Новгород. 16 июля 1611 года ратники Карла IX ворвались в город и устроили там кровавую резню. Русские воины отступили в кремль, но тот не был подготовлен к обороне. В подвалах отсутствовали запасы продовольствия и боеприпасов. Волей-неволей пришлось воеводам капитулировать.

По соглашению между городскими верхами и шведским командованием этот захват был оформлен как призвание на «Новгородское государство» шведского принца. Главный пункт договора гласил: «Митрополит Исидор и Священный собор, боярин князь Одоевский, воеводы, князья, бояре, купцы, крестьяне избрали шведского принца в цари и великие князья над Новгородским княжеством, а также над Владимирским и Московским, если последние пожелают присоединиться к Новгородскому княжеству».

Действия шведов, союз с которыми так долго пропагандировал Ляпунов, возмутили казачество. Не меньшее раздражение вызывали у атаманов попытки воевод наладить в войске дисциплину и прекратить беззаконие. Дело в том, что централизованное снабжение в земском лагере работало плохо и некоторая часть казаков вынуждена была заниматься реквизициями — а попросту говоря, грабить население, — чтобы не умереть с голоду. Находились среди них и такие, кто в жестокости своей не уступал оккупантам. Воевода Матвей Плещеев поймал за грабежами и убийствами 28 «воровских» казаков и велел их утопить. Подоспевшие товарищи отбили осужденных. Атаманы собрали круг и опротестовали действия Плещеева. В конце концов Ивану Заруцкому удалось замять конфликт. Однако вскоре после этого в лагерь попала поддельная грамота Прокопия Ляпунова. В ней властям земских городов предписывалось пойманных за грабежами «воровских» казаков казнить на месте или отсылать на суд в подмосковный лагерь.

Когда 22 июля атаманы публично зачитали текст письма, в таборах поднялась волна возмущения. Казаки спешно собрали круг и потребовали Ляпунова к ответу. Посланцы поручились, что войско не причинит воеводе вреда. Поверив им, Ляпунов явился на круг. Однако казаки не сдержали слова. Они зарубили не только самого земского воеводу, но и дворянина Ивана Ржевского, который пытался защитить Ляпунова от бессудной расправы. Трубецкой и Заруцкий никак не отреагировали на убийство своего коллеги по триумвирату. Вскоре из-под Москвы началось массовое бегство дворян и других служилых людей. Лагерь Первого ополчения все больше становился похожим на табор «воровских» казаков. Эта вольница еще могла блокировать в Китай-городе малочисленный гарнизон Гонсевского, но к полевым сражениям с регулярной армией была абсолютно непригодна.

Таким образом, к началу августа положение России ухудшилось до крайности. Оборона западных и северных рубежей рухнула. Земская армия под Москвой фактически развалилась. Казалось, гибель Русского государства стала неизбежной, и остановить его распад не в силах никто… Но к счастью, так думали не все. 5 августа 1611 года патриарх Гермоген отправил в Нижний Новгород письмо с призывом начать сбор новой земской рати. Через 20 дней эта грамота дошла до адресата. Существует много рассказов о том, кто и как доставлял патриаршее послание. В нескольких источниках приводятся разные имена и фамилии гонцов. Р.Г. Скрынников, к примеру, в одних своих работах называет его Мосеевым, а в других Моисеевым. Однако все сходятся в одном: посланец нижегородцев лично проник к Гермогену, а значит, мог привезти от патриарха не только письма, но и устные распоряжения. Это важно, поскольку Нижний Новгород традиционно не имел собственного епископа, а находился в прямом подчинении у московского первосвященника. Гермоген же, всегда глубоко вникавший в дела, скорее всего, знал, кому из горожан можно доверить общественную казну. А поскольку взявшийся за сбор средств на ополчение Кузьма Минин был избран земским старостой на том же сходе 1 сентября 1611 года, где зачитывалось письмо патриарха, можно с большой долей вероятности предположить, что его кандидатуру «миру» рекомендовал именно Гермоген. Этим во многом объясняется то влияние, которое быстро приобрел Минин среди сторонников нового земского движения.