По-видимому, в 489 г. Мильтиад получил командование над афинским флотом, насчитывавшим 70 кораблей и действовавшим в Кикладах. Эти острова лежали на пути Датиса и Артаферна от Самоса к Эвбее; большинство из них покорилось Персии и волей-неволей участвовало в нападении на Карист, Эретрию и Афины. Несомненно, афинское народное собрание намеревалось наказать «коллаборационистов», возможно наложив на них штрафы, и лишить Персию морских баз в центре Эгейского моря. Парос, после падения его соседа Наксоса ставший богатейшим и самым сильным из Кикладских островов, оказал сопротивление и был осажден. Мильтиад предложил мир в обмен на уплату 100 талантов, но паросцы отказались. На двадцать шестой день Мильтиад снял осаду и отступил к Афинам. Там его предали суду и признали виновным. Вскоре он умер от последствий раны, полученной на Паросе. Вполне вероятно, что именно Мильтиад был проводником энергичной политики, направленной на закрепление марафонской победы, несмотря на то что персидский флот не пострадал и все так же господствовал в Эгейском море. Во всяком случае, после его смерти Афины отказались от такой политики, отдав инициативу персам.

Суд над Мильтиадом носил политический характер. В Афинах борьба за политическую власть велась не между организованными партиями, имеющими конкретные программы, как в современном государстве, а между отдельными лидерами, чье отношение друг к другу могло меняться в зависимости от ситуации. За исключением таких выдающихся личностей, как Фемистокл, эти лица принадлежали к богатым и аристократическим родам, определявшим афинскую политику в VI в., – ведь хотя избирательная реформа Клисфена освободила многие государственные институты от влияния родов, архонты и военачальники назначались посредством прямых выборов: первые – в народном собрании, последние – в своих филах. В таких крупных группах выборщиков роды могли серьезно влиять на ситуацию, приводя к избранию вождей родов. Само по себе это не приносило вреда, так как аристократы были способными и опытными людьми. Для того чтобы руководить государством и армией, требовался авторитет, а ответственность они несли не только перед старейшинами – Ареопагом, но и перед народом. Однако борьба вождей аристократии за власть приводила к очень неприятным последствиям. Складывавшиеся вокруг них соперничающие группировки не отличались постоянством, следовательно, лавировали и политики. Характерным примером служит биография Клисфена. Его род, Алкмеониды, породнились с Писистратом и поддержали его в 556 г.

Затем они выступили против него и в 546 г. были изгнаны. После этого Клисфен перешел на сторону Писистратидов и был архонтом в 525 г. Изгнанный ими, он прибег к помощи Спарты, но после изгнанния Исагором выступил против Спарты и начал переговоры с персами. В 510 г. он искал популярности в политических клубах аристократов, но неудачно, и тогда в 508 г. обратился за поддержкой к народу. Такие колебания были опасны для государства, а от амбициозных аристократов постоянно можно было ожидать попытки переворота. После реформ Клисфена борьба за власть продолжалась, но правила игры изменились: хотя претенденты на высочайшие должности оставались те же, граждане в лице народного собрания или Гелиеи отныне представляли собой сильного и решительного арбитра, способного потребовать сурового наказания.

Жизненный путь Мильтиада был почти такой же извилистый, как и у Клисфена. Он был архонтом при Писистратидах в 524 г., а позже выступил против них, посчитав ответственными за убийство его отца Кимона. Сам он дважды был тираном в Херсонесе; служил персам и против персов. После неудачи на Паросе соперники перед лицом народного собрания обвинили его в «предательстве народа», то есть в измене. Обвинение требовало смертной казни, а судьями и присяжными являлся народ. Главным обвинителем был Ксантипп, аристократ из рода Бузигов, женатый на алкмеонидянке Агаристе. Бузиги и Алкмеониды, по-видимому, выступали против Филаидов, рода Мильтиада, до и во время Марафонской кампании. Вполне возможно, что суд над Мильтиадом в 493/92 г. по обвинению в тирании проходил с подачи семейства Клисфена, врага тиранов. Когда накануне Марафонского сражения голоса полководцев разделились поровну, Мильтиад заявил, что отсрочка приведет к восстанию в Афинах, и его аргумент позже нашел подтверждение в широко распространенном мнении, будто сигнал щитом подали его соперники Алкмеониды. Насколько верны были его аргумент и это мнение, мы не можем сказать, но они служат примером политических настроений накануне суда над Мильтиадом.

Обвиняемый лежал на носилках, не в состоянии защищаться. Его защищали друзья – вероятно, вожди его собственного и других аристократических родов, так как Мильтиад был известен как «вождь знати» в противоположность Ксантиппу, «вождю народной партии». Защита подчеркивала заслуги Мильтиада как покорителя Лемноса и победителя при Марафоне. Возможно, только благодаря признанию этих заслуг Мильтиада приговорили не к казни, а к штрафу на 50 талантов – огромной сумме, которую позже выплатил его сын Кимон. Мильтиад стал первым из многих великих деятелей, которых вердикт афинского народа осудил на позор, ссылку или смерть.

После устранения Мильтиада образовался простор для борьбы между политическими лидерами. Но угроза вторжения – сперва Дария, а затем Ксеркса – поставила народ перед необходимостью четкого выбора. В 488 г. была применена процедура, известная как остракизм. Граждане голосовали против любого политика, которого желали изгнать, написав его имя на черепке (остраконе), и тот человек, имя которого упоминалось чаще всего, изгонялся на десять лет. Неясно, был ли изобретен остракизм Клисфеном около 507 г. или неизвестным государственным деятелем в 488 г. Второе предположение лучше соответствует обстоятельствам первого применения остракизма, возможного при сильной власти. Так или иначе, цели и последствия остракизма в 488–481 гг. не подлежат сомнению. Тот, кто предложил закон об остракизме, имел в виду изгнание вождей партии Писистратидов и семейств, имеющих родственные или брачные связи с Писистратидами. Ими и стали первые жертвы остракизма в 488–486 гг.: Гиппарх, сын Харма, вождя Писистратидов в Афинах; Мегакл, сын Гиппократа; и, вероятно, Калликсен, сын Аристонима, которые возглавляли род Алкмеонидов. Масштабы остракизма расширялись: остракизму подверглись в 485 г. Ксантипп, обвинитель Мильтиада, а в 483-м или 482 г. – Аристид, соратник Мильтиада в Марафонской битве.

Во время раскопок в Афинах обнаружены сотни остраконов, датируемых этим десятилетием. На них встречаются все вышеупомянутые имена, а кроме того, остраконы подавались против Гиппократа, сына Анаксилея, и Калликсена, сына Клисфена (вероятно, оба были Алкмеонидами), Буталиона из Марафона и Фемистокла из Фреарр. Благодаря такому процессу отбора афинский народ избрал своим вождем в войне против Персии Фемистокла из Фреарр. Как только избранник стал ясен, а вторжение неминуемо, была объявлена всеобщая амнистия и жертвам остракизма разрешили вернуться. В 480 г. Афины были более сплоченными, чем в 490 г., а избранный вождем Фемистокл отличался не меньшими способностями, чем Мильтиад.