Флот Фарнабаза базировался на порты Египта, Кипра и Финикии, поэтому прибыл слишком поздно на театр военных действий, что позволило Неарху захватить ряд островов в Эгейском море, находившихся ранее под персидским контролем. Однако даже после поражения на Гранике Мемно-ну удавалось удерживать военно-морскую базу персов в Галикарнасе до тех пор, пока его шурин не эвакуировал город по морю. В 333 г. до н. э. Мемнон погиб в сражении, пытаясь отбить у македонян один из островов в Эгейском море, и командование персидскими силами в Малой Азии перешло к Артабазу. Однако через три месяца персидская армия потерпела поражение в решающем сражении на Иссе, и Артабаз вместе с царем бежал на восток, а вся территория Малой Азии осталась за Александром.

Итак, Александр достиг того, о чем мечтали поколения эллинов: он создал единое государство по обоим берегам Эгейского моря. Однако, для того чтобы обезопасить его границы, ему требовалось добиться господства на море. Между тем Фарнабаз еще располагал в Средиземноморье флотом, во много раз превосходившим по мощи флот Неарха. Основная база македонского флота отныне располагалась на острове Крит, тогда как персидские корабли теперь базировались в Сирии и Финикии. Следовало захватить эти страны, чтобы упрочить положение Эгейского царства, поэтому армия Александра направилась на юго-восток и к лету 332 г. до н. э. установила контроль над этими регионами. Лишенный портов в Восточном Средиземноморье, не имея возможности набирать новых финикийских моряков, Фарнабаз вскоре потерпел поражение и сдался, а его флот был разгромлен.

Отныне единое царство всех эллинов, о котором они мечтали несколько веков, находилось в безопасности. Бросая ретроспективный взгляд на события тех веков, можно сказать, что тут бы и следовало завершить войну с Персией, на что, собственно, и рассчитывали Неарх и другие македонские военачальники. Возможно, некоторое время так считал и сам Александр, поскольку собрался жениться на Барсине, когда она после сражения на Иссе попала в плен к македонянам. Любой, кто собирался править мирной Ионией, должен был принимать во внимание интересы проживавших там греков и персов. За два десятилетия до Александра именно такую политику проводил здесь и Артабаз. Мы уже упоминали, что Барсина была дочерью одного из самых влиятельных вельмож в истории этого региона, и ее могли считать своей как персы, так и греки. Александр, подобно Мемнону и его брату, прекрасно осознавал политическое значение брака с Барсиной, однако по разным причинам их свадьба так и не состоялась. И не последнюю роль в этом сыграло решение царя направиться в Египет. Теперь он вынашивал планы создания значительно более обширной империи, поэтому владычество над бассейном Эгейского моря было всего лишь малой частью его глобальных устремлений. Тем не менее Барсина осталась с ним. Когда же Александр захватил Египет и направился дальше на восток, он оставил Неарха наместником Малой Азии и правителем островов в Эгейском море.

С этого времени многие македонские и греческие военачальники начали думать, что Александр ведет их к катастрофе. Персы по-прежнему располагали неизмеримо большими ресурсами для ведения войны. Если им удастся изгнать армию Александра, что тогда будет с Эгейским царством? Однако Неарх наверняка понимал, что это государство имеет неплохие перспективы для выживания, независимо от того, что произойдет с Александром и его главными силами. В бассейне Эгейского моря морская мощь государства значила неизмеримо больше всего остального, а с флотом Неарха теперь никто не мог сравняться. Даже если бы Александр потерпел поражение, он предварительно значительно ослабил бы персидскую мощь, и персы уже не смогли бы отбить у македонян важные порты в Ионии, особенно учитывая, что флот эллинов беспрепятственно снабжал бы их по морю.

Однако в действительности имеются серьезные сомнения в том, а было ли у Дария III вообще хоть малейшее желание возвращать Ионию. Кроме всего прочего, потеряв западные территории и потерпев поражения в нескольких битвах, персидский царь должен был решать массу других проблем, возникших у него в оставшихся владениях. При таком раскладе Неарх оказывался единственным человеком, кто обладал бы реальной властью в Ионии и во всем бассейне Эгейского моря. Символично и то, что со времен легендарного царя Ми-носа Неарх оказался первым выходцем с Крита, который стал правителем всего этого региона. И хотя мы не знаем, о чем думал Неарх, когда в 331 г. до н. э. Александр Македонский переправился через Евфрат и со всем войском двинулся в глубь Азии, однако смеем предположить, что флотоводец прекрасно осознавал всю уникальность того положения, в котором он оказался.

В дальнейшем оказалось, что, против всяческих ожиданий, Александр сумел наголову разгромить войско Дария в сражении при Гавгамелах, после чего захватил Вавилон, Сузы и персидскую столицу Персеполь. Но в 330 г. до н. э., уже после смерти Дария III, Александр продолжил свой поход и вторгся в Бактрию. К тому времени господствовавший в Эгейском море Неарх избрал своей столицей фригийский город Пергам — родину Барсины и ее семьи. Сама Барсина тогда находилась вдалеке, рядом с царем, но свою единственную одиннадцатилетнюю дочь от первого брака с Мемноном она оставила в Пергаме под присмотром родственников. Имя девочки в исторических источниках не упоминается, но впоследствии Неарх женился именно на ней. Тогда он близко сошелся с членами семьи Артабаза, многих из которых знал с детских лет.

После смерти царя Дария III Артабаз и его сын Фарнабаз открыто перешли на сторону Александра, когда тот начал воевать с новым персидским вождем Бессом (хотя некоторое время они могли формально поддерживать последнего). Разгромив Бесса и захватив летом 329 г. до н. э. его столицу Бактру, Александр назначил Артабаза правителем Бактрии. Но уже в конце того же года Александр ввязался в новую войну, на сей раз в Согдиане, и направил Неарху приказ привести к нему 10 000 греков пополнения из Эллады и из городов Малой Азии. Продолжая свои походы, царь почти две трети своей армии оставил в Бактрии под общим командованием Неарха. Таким образом, почти год, с лета 328 г. до н. э. по лето 327 г. до н. э., эта провинция управлялась, по сути дела, Неархом и Артабазом: первый командовал греко-македонским войском, а под началом Артабаза находились персидские союзные формирования. Кроме того, Артабаз осуществлял общую юрисдикцию в качестве, так сказать, главы гражданской администрации. Судя по тому, что эти двое делили власть без видимых трений и споров, им удалось прекрасно поладить друг с другом.

Все это время Барсина, очевидно, оставалась со своим отцом в Бактре и примерно в начале 327 г. до н. э. родила от Александра сына, которого назвали Гераклом. Однако через несколько недель, после разгрома восстания в Согдиане, Александр встретил Роксану и практически сразу женился на ней. Неизвестно, были ли связаны между собой два последующих события, но когда оскорбленная Барсина приняла решение возвратиться на родину в Пергам, ее отец Артабаз попросил Александра сменить его на посту наместника Бактрии. Царь согласился с его просьбой, очевидно, еще и потому, что сам Артабаз, которому на тот момент было уже около шестидесяти лет, утверждал, что слишком стар для такой работы. В любом случае он вернулся с дочерью домой. Александр, похоже, потерял к Барсине всяческий интерес и даже не возражал, когда она забрала с собой его единственного сына. Кажется, он этого даже не заметил.