В 1988 году эти армии были реорганизованы по военным округам и более не получали приказы от регионального командования. В добавок к этому пехотные дивизии были реорганизованы в корпуса. В прежнем формате остались исключительно элитные Пролетарские Механизированные дивизии.

Командующим югославской армии начиная с 29 сентября 1989 года стал сербский генерал Благой Аджич, у которого усташи убили семью и который понимал, что в случае конфликта с хорватами, Сербия должна обладать подавляющим техническим превосходством.

К июню 1991 года Сухопутные силы Югославии насчитывали 165,000 человек личного состава (в том числе 40,000 офицеров) и были организованы следующим образом:

военный округ (Белград) — Северный театр военных действий в составе Сербии, Хорватии, Боснии-Герцеговины и Воеводины, насчитывал 40,000 человек личного состава, 968 танков, 633 бронемашины, 1392 артиллерийских систем (92 РСЗО), состоял из 6 корпусов (4,5,12,17,24,37), 1-ой механизированной гвардейской дивизии, 1 смешанной противотанковой артиллерийской бригады, 454 смешанной противотанковой артиллерийской бригады, 389 бригады РСЗО, ТО Боснии-Герцеговины и подразделений сербских и хорватских ТО.

3 военный округ (Скопье) — Юго-восточный театр военных действий в составе Южной Сербии, Косово, внутренней Черногории и Македонии, насчитывал 41,000 человек личного состава, 729 танков, 427 бронемашин, 1190 артиллерийских систем (60 РСЗО), состоял из 5 корпусов (2,21,41,42,52), 211 и 243 танковой бригады, 150 смешенной артиллерийской бригады, 102 смешенной противотанковой артиллерийской бригады, ТО Македонии и подразделений сербских и Черногорских ТО.

5 военный округ (Загреб) — Северо-Западный театр военных действий в составе Словении и Западной Хорватии, насчитывал 35,000 человек личного состава, 711 танков, 367 бронемашин, 869 артиллерийских систем (64 РСЗО), состоял из 5 корпусов (10,13,14,31,32), 265 и 329 танковой бригады, 560 смешенной артиллерийской бригады, 158 и 288 смешанной противотанковой артиллерийской бригады, ТО Словении и подразделений Хорватских ТО.

Силы Береговой Охраны (Сплит) защищали три морских сектора Черногорского и Хорватского побережья. Личный охраны состав состоял из 20,000 человек, разделенных на 9 корпусов и 2 бригады плюс подразделения Хорватских и Черногорских ТО.

В состав армии также входили 17 отдельных корпусов: Сербские (12,21,24,37,52), Хорватские (9,10,13,32), из Боснии-Герцеговины (4,5,17), Македонские (41,42), Словенские (14,31), Черногорские (2). Каждый театр военных действий имел от 5 до 6 корпусов, плюс локальную штаб-квартиру, смешанную артиллерийскую и противотанковую бригаду. Каждый корпус имел в своем составе штабное подразделение, три полка огневой поддержки (полевой, противотанковый и зенитный), шесть вспомогательных батальонов (связь, инженеры, службы тыла) и порядка четырех танковых, механизированных и моторизированных дивизий, поддержанных бригадами легкой, горной или регулярной пехоты. Во время последующих военных событий отдельные корпуса усиливались дополнительными подразделениями, некоторые батальоны были усилены до полков, а отдельные полки превратились в бригады. Корпуса, персонал которых в массе своей дезертировал, были упразднены.

Резервные подразделения были организованы в 9 партизанских дивизий, в составе каждой из которых находилось некоторое количество партизанских бригад (число которых в каждой дивизий было различным).

В качестве примера можно рассмотреть состав бронетанковой бригады СФРЮ образца 1991 года. Он состоял из 3 бронетанковых батальонов (10 танковых рот), на вооружении которых находился 31 танк М-84 (Югославский вариант Т-72М с пушкой 2А46, композитной броней, усовершенствованной системой ведения огня и более мощным двигателем), Т-72 или Т-55.

Стоит отметить, что детальный order of battle на начало 1991 года до сих пор не доступен в открытой печати. Возможно, он находился в армейских архивах Республики Сербия, которые были частично уничтожены во время Агрессии НАТО против Югославии.

Помимо сухопутной армии у Югославии был военно-морской флот, в котором служило более 10,000 человек, в том числе 2300 солдат артиллеристов (25 береговая батарея) и 900 морских пехотинцев (12 бригада морской пехоты). Основной задачей ВМФ была защита протяженной береговой линии и контроль над проливом Отранто. В списках флота значились дизельные подводные лодки, 2 сторожевика проекта 1159, торпедные катера, 2 фрегата типа «Котор» и пара десятка ракетных катеров советского производства. Уровень подготовки югославских ВМФ оставлял желать лучшего по причине общей слабости флота и редких учений.

Военно-воздушные силы Югославии помимо военно-воздушных частей также включали в себя подразделения ПВО. Штаб-квартира ВВС располагалась в Земуне (возле Белграда). На вооружении Югославов находилось 380 боевых самолетов, включенных в состав 3 воздушных корпусов (1,3 и 5-ый корпус). Стоит отметить, что на момент развала страны ВВС Югославии были вооружены не только устаревшими МиГ-21 и F-84G Sabre, но и 16 новенькими МиГ-29 в модификация Б и УБ. Помимо иностранных разработок ВВС СФРЮ обладало парком собственных легких штурмовиков Super Galeb. Военно-воздушные силы Югославии практически полностью остались под контролем Сербов и довольно активно применялись на всем протяжении военного десятилетия, как для переброски грузов, так и для нанесения ударов по вражеским позициям.

Последним и самым массовым видом Югославских вооруженных силы были силы Территориальной обороны. Фактически это было народное ополчение югославских республик, состоящее из граждан СФРЮ, как мужчин, так и женщин общей численностью 3 млн. человек. В случае начала войны бойцы ТО должны были стать партизанами. Основным подразделением ТО являлась рота, на региональном уровне были сформированы батальоны и полки ТО, имевшие собственную артиллерию, легкую бронетехнику и части ПВО. Теоретически, силы прибрежной ТО могли контролировать береговую черту Югославии, поскольку под их контролем было некоторое количество канонерских лодок.

В 80-ые годы армия СФРЮ пользовалась заслуженным уважением, как у стран НАТО, так и у стран участниц Варшавского договора. Однако, политические кризисы 80-ых поставили под удар ее великолепную репутацию и значительно снизили ее качественный уровень. Связано это было с тем, что армия СФРЮ имела мультинациональную основу (большая часть офицеров была выходцами из Сербии, тогда как во флоте служили в основном Хорваты). В 1990 году в предчувствии больших потрясений бойцы различных национальностей несли службу с явной неохотой. Молодежь от службы в армии старалась и вовсе уклониться, поскольку многим людям было ясно, что без вооруженного конфликта дело не обойдется, а коли так, то бойцы армии СФРЮ будут стрелять по своим соотечественникам.

В марте 1991 года положении Югославской армии стало настолько критическим, что генерал Аджич отправил в отставку всех генералов не-Сербского и не-Черногорского происхождения. На вольные хлеба отправились многие офицеры армии и ТО, которым Аджич откровенно не доверял. Когда начались бои в Словении, быстро выяснилось, что Аджич был прав. Подразделения, состоящие из бойцов различных национальностей оказались полностью деморализованы и упорно не желали сражаться со своими «братушками». Возможно, в условия НАТОвской или Советской агрессии