Из наиболее значительных выступлений «эдзо» против власти «сынов Ямато» слсдут отметить: вооруженное восстание айнов под предводительством Косямаина (1457), выступления айнов в 1512–1515 годах и в 1525 году, айнские восстания под предводительством вождей Танасягаси (1529), Тариконны (1536), Мэннаукэ (Хэнаукэ) (1643) и Сягусяина (1669), не считая бесчисленного множества более мелких выступлений. При этом, однако, представляется необходимым подчеркнуть, что эти выступления, в сущности, не имели характера исключительно этнической «борьбы айнов против японцев». Наоборот, среди повстанцев было немало японцев. Это не только и не столько борьба айнов против японцев, сколько борьба жителей острова Эдзо за независимость от центрального сёгунското правительства-«бакуфу». К тому же это была борьба за контроль над приносившими большой доход торговыми путями (ведь через остров Эдзо проходил торговый путь в Маньчжурию).

Наиболее масштабным и значительным из всех айнских выступлений было восстание под предводительством Сягусяина. По многим свидетельствам, Сягусяин был не представителем айнской родовой аристократии — «ниспа», носившим кимоно и меч (в отличие от японских самураев, носивших к описываемому времени уже не один, а два меча), а харизматическим лидером, поднявшимся из низов и выдвинувшимся благодаря своим собственным талантам и дарованиям. Очевидно, вначале его поддерживали далеко не все айны. Следует учитывать, что на протяжении войны с японцами айны действовали, большей частью, отдельными локальными группами, ведя против самураев «малую (партизанскую) войну» и никогда не собираясь в крупные отряды. Путем насилия и принуждения Сягусяину удалось прийти к власти и объединить под своей властью многочисленное айнское население южных областей Хоккайдо. Вероятно, по ходу осуществления своих планов Сягусяин нарушал некоторые очень важные установления и константы айнской культуры. Можно даже утверждать, что Сягусяин был не традиционным вождем — старейшиной локальной группы айнов, Он скорее смотрел далеко в будущее и понимал, что айнам совершенно необходимо осваивать современные технологии (в широком смысле этого слова), если они хотят и впредь продолжать независимое существование. В этом плане Сягусяин, пожалуй, был одним из наиболее прогрессивных представителей айнской культуры. Первоначально действия Сягусяина были очень удачными. Ему удалось практически полностью уничтожить войска клана Мацумаэ и изгнать японцев с Хоккайдо. Цаси (укрепленное поселение) рода Сягусяина находилось в районе современного японского города Сидзунай, на самой высокой точке при впадении реки Сидзунай в Тихий океан. Однако его восстание было обречено, как все другие предшествующие и последующие выступления айнов против японских самураев. На наш взгляд, заслуживает внимания точка зрения, согласно которой причина поражения Сягусяина (да и не только Сягусяина, но и вообще айнов в их борьбе с «сынами Ямато») заключается не в том, что айны были менее искусными воинами, чем японцы, а в том, что основные парадигмы айнской культуры радикальнейшим образом отличались от основных парадигм японской культуры.

Культура айнов — охотничья культура, культура, которая никогда не знала больших поселений, в которой самой крупной социальной единицей была локальная группа. Айны всерьез полагали, что все задачи, которые ставит перед ними внешний мир, могут быть решены силами одной локальной группы. В айнской культуре человек значил слишком много, чтобы его можно было использовать как винтик, что было характерно для культур, основой которых было земледелие, а в особенности — рисоводство, которое позволяет существовать очень большому числу людей на крайне ограниченной территории. Система управления в Мацумаэ была следующей: самураям клана раздавались прибрежные участки (которые фактически принадлежали айнам), но гордые самураи, не умевшие и не желавшие заниматься ни рыболовством, ни охотой (не говоря уже о прибрежном собирательстве!), сдавали эти участки в аренду откупщикам. Поэтому все дела вершили откупщики. Они набирали себе помощников: переводчиков и надсмотрщиков. Переводчики и надсмотрщики допускали по отношению к подневольным айнам множество злоупотреблений: жестоко обращались со стариками и детьми, насиловали айнских девушек и женщин, а уж нецензурная брань в отношении айнов была самым обычным делом. Айны находились фактически на положении рабов. В японской системе «исправления нравов» полное бесправие айнов сочеталось с постоянным унижением их этнического достоинства. Мелочная, доведенная до абсурда регламентация жизни была направлена на то, чтобы парализовать волю айнов. Многие молодые айны изымались из своего традиционного окружения и направлялись японцами на различные работы. Так, например, айны из центральных районов Хоккайдо посылались на работу на морские промыслы островов Кунашир и Итуруп (которые в описываемую эпоху также стали объектами японской колонизации), где жили в условиях неестественной скученности, не имея возможности поддерживать свой традиционный, близкий к природе, образ жизни.

Вес это привело к новым айнским вооруженным выступлениям, например, к восстанию на Кунашире в 1789 году. События там развивались но следующему сценарию: японский промышленник Хидая попытался открыть на тогда ещё независимом, населенном айнами Кунашире свои фактории. Вождь айнов Кунашира — Тукиноэ — не позволил промышленнику осуществить свое намерение, захватил вес товары, привезенные японцами, и отослал японцев обратно в Мацумаэ. В ответ- японцы установили экономическую блокаду Кунашира. После восьми лет блокады Тукиноэ, смирившись, позволил Хидая открыть несколько факторий на острове. Айнское население Кунашира немедленно попадало в кабалу к японцам. Через некоторое время айны под предводительством Тукиноэ и Икитои восстали против японцев и в ходе ожесточенной борьбы одолели пришельцев. Однако нескольким японцам удалось спастись. Беглецы добирались до столицы Мацумаэ, поведали о случившемся, и клан Мацумаэ направил на Кунашир карательную экспедицию для подавления бунта.

После подавления восстания айнов Кунапшра и Мэнаси силами «боевых холопов» Мацумаэ центральное сёгунское правительство прислало на замиренные с таким трудом острова специальную ревизионную комиссию. Чиновники Центрального правительства рекомендовали пересмотреть политику в отношении аборигенного населения: отменить жестокие указы, назначить в каждый район врачей, обучить айнских туземцев японскому языку, земледелию, постепенно приобщать к японским обычаям. Так началась ассимиляция («японизация»). Настоящая колонизация японцами Хоккайдо началась, однако, лишь после «революции (реставрации) Мэйдзи» в 1868 году: айнских мужчин заставляли стричь бороды, женщинам запрещали делать татуировку губ, носить традиционную айнскую одежду. Ещё в начале XIX века японскими властями были введены запреты на проведение исконных айнских ритуалов, в особенности традиционного «Медвежьего праздника».

Стремительно росло число японских колонистов Хоккайдо: гак, в 1897 году на остров переселилось шестьдесят четыре тысячи триста пятьдесят человек, в 1898-м — шестьдесят три тысячи шестьсот тридцать, а в 1901-м — пятьдесят тысяч сто человек. В 1903 году население Хоккайдо состояло из восьмисот сорока пяти тысяч японцев и всего лишь восемнадцати тысяч айну. Начался период самой жестокой японизации хоккайдоских айну.

По Симодскому договору 1855 года остров Сахалин находился в общем японско-русском пользовании, а Курильские острова были разделены между двумя державами следующим образом: Япония владела грядой Хабомаи, Кунаширом и Итурупом, а Россия — островами от Урупа до Шумушу. И курильские айны более тяготели к русским, нежели к японцам: многие из них владели русским языком и были православными. Причина подобного положения вещей заключалась в том, что русские колониальные порядки, несмотря на многие злоупотребления сборщиков дани (ясака) и вооруженные конфликты, спровоцированные казаками, были куда мягче японских. Айны не вырывались из своей традиционной среды, их не заставляли радикально менять образ жизни, не низводили до положения рабов. Они жили там же, где жили и до прихода русских, и занимались теми же самыми занятиями.