Переговоры с папой велись специальными представителями Генриха IV долго и трудно, а скандальная история с изгнанием из Франции иезуитов создала дополнительные преграды на пути к соглашению. И все же дело сдвинулось с мертвой точки, но отнюдь не благодаря дипломатическому искусству французских переговорщиков или тому, что понтифик изменил свое личное мнение о Беарнце, поверив в искренность его обращения в католичество. Климент VIII руководствовался соображениями целесообразности точно так же, как и Генрих IV. Иметь на своей стороне дружественную Францию во главе с королем, обладающим реальной властью, ему было выгоднее, чем продолжать конфликт из-за принципов, тем более что по мере дряхления Филиппа II испанская монархия все заметнее клонилась к упадку. Однако, желая сохранить лицо, папа выдвинул жесткие условия для отпущения Генриху IV его грехов, в частности, потребовал, чтобы в Беарне беспрепятственно осуществлялось отправление католического культа наравне с протестантским, чтобы во Франции были опубликованы постановления Тридентского собора (правда, с оговоркой «поскольку это совместимо с законами королевства», что в значительной мере сводило на нет это требование, ибо оно могло быть истолковано как «поскольку это будет угодно королю»), и наконец, дабы унизить галликанскую церковь, заявил, что не признает имеющим силу отпущение грехов, данное королю в Сен-Дени. Менее проблематичными представлялись такие требования, как воспитание юного принца Конде в католическом духе, ежедневное присутствие короля на мессе и произнесение им хотя бы нескольких молитв в день, причащение его не менее четырех раз в год, строительство монастырей и позволение иезуитам, как только улягутся страсти, возвратиться во Францию. Эти требования понтифика пришлось принять, и 17 сентября 1595 года на торжественной церемонии двое полномочных представителей французского короля склонились перед Климентом VIII, признали отпущение грехов Генриху IV, полученное им в Сен-Дени, недействительным и умоляли его о милости к королю Франции. В ответ папа символически «покарал» французского короля в лице его специальных представителей, ударив посохом по их спинам, когда они в покаянии преклонили перед ним свои колени. Примирение Генриха IV и папы состоялось. Теперь стало проще бороться с последними очагами сопротивления Лиги.

Прямым результатом победы при Фонтен-Франсез и снятия с Генриха IV церковного отлучения явилась капитуляция Майенна. По эдикту, изданному 24 января 1596 года в Фоламбре, в распоряжение герцога сроком на шесть лет предоставлялись крепости Суассон, Сёрр и Шалон-на-Соне, ему были пожалованы губернаторство в Иль-де-Франсе, за исключением Парижа, и денежная компенсация в 2 миллиона 640 тысяч ливров. В тексте эдикта король воздал Майенну должное за то, что тот всегда был противником расчленения королевства, а его образ действий оправдывался приверженностью к католической религии. 31 января герцог, чувствовавший себя весьма неловко, появился в замке Монсо, который Генрих IV недавно подарил Габриель д’Эстре. С великим трудом спешившийся толстяк (обычно ему помогали садиться на коня и спускаться на землю двое-трое оруженосцев) был встречен самой владелицей замка. Хозяйка повела гостя в просторный зал, где находился король. Генрих, обычно придававший мало значения формальностям, на сей раз восседал под балдахином, дабы добавить торжественности долгожданной встрече. Толстый герцог трижды исполнил реверанс и преклонил перед королем колено, после чего с большим трудом поднялся. С лукавой улыбкой король воскликнул: «Кузен, вы ли это?! Не пригрезились ли вы мне?!» Полагая лишним давать совершенно очевидный ответ на риторический вопрос, Майенн сразу перешел к главному, заявив, что покоряется суверену не только формально на бумаге, но и от всей своей души. На этом официальная церемония была завершена, и король повел герцога прогуляться в примыкавший к замку великолепный сад. Генрих двигался размашистым военным шагом, и толстяк вскоре взмолился: «Сир, я больше не могу, простите меня!» Король остановился и обратился к спутнику со словами: «По рукам, кузен! Больше никогда я не доставлю вам неприятностей!» Он сдержал свое обещание, и с этой прогулки в парке замка Монсо у него не было более верного человека, чем герцог Майенн.

В начале 1596 года, когда стихли бури гражданской войны, пришла неприятная новость, что испанцы захватили Кале. Елизавета Английская в ответ на просьбу о помощи заявила, что была бы готова помочь выбить испанцев из Кале, но при условии, что удержит его за собой, на чем переговоры и закончились. Завоевывать города для Генриха IV она не имела ни малейшего желания. Однако, опасаясь сближения Франции с Испанией, королева в принципе согласилась на создание оборонительного союза, что и было закреплено подписанием двух договоров в Гринвиче 24 и 26 мая 1596 года. Однако помощь, обещанная королевой, оказалась почти иллюзорной — две тысячи человек и краткосрочная ссуда в 20 тысяч экю. Эта малая выгода была оплачена тем, что Генрих IV обещал не заключать мир с Испанией, предварительно не уведомив об этом Англию и Голландию.

В ночь с 11 на 12 марта 1597 года Сюлли был внезапно вызван к королю. Он застал его в халате, колпаке и домашних тапочках прохаживающимся широкими шагами, в задумчивости опустив голову. Весь его вид выдавал сильную подавленность. «Ах, мой друг, какое несчастье! — воскликнул Генрих IV. — Амьен захвачен». Сюлли был поражен услышанной новостью, а король продолжал: «Довольно изображать из себя короля Франции, пора стать королем Наварры!» Прибежавшей в слезах Габриель д’Эстре он сказал: «Моя дорогая, придется прервать наши любовные баталии и сесть на коня, дабы отправиться на другую войну».

И вправду, случилось нечто из ряда вон выходящее. Чтобы изгнать испанцев из северных провинций, Генрих IV планировал взять весной 1597 года Аррас. Для этого он заготовил в Амьене оружие и провиант. Амьенцы, ревниво отстаивавшие свои вольности, отказались принять у себя в городе королевский гарнизон, предпочитая обороняться собственными силами, однако проявили поразительное небрежение сторожевой службой и непростительное легкомыслие. 11 марта испанцы, прибегнув к самой что ни на есть примитивной военной хитрости (они переоделись крестьянами), без боя захватили город, застав врасплох его утративших бдительность защитников. Несмотря на то, что Генрих IV получил от понтифика отпущение грехов, Филипп II пожелал быть бóльшим католиком, чем сам папа римский, изрыгая свой последний яд. Сознавая неизбежность заключения мира, он намеревался хоть в какой-то мере улучшить свои как никогда шаткие позиции.

На исходе ночи 12 марта монарх был уже на коне. К вечеру того же дня он прибыл в Понтуаз, а 13-го — в Бове. Дабы отрезать испанцам путь к отступлению, 27 марта он предпринял не увенчавшуюся успехом попытку взять Аррас. Хотя камни в почках причиняли Генриху IV нестерпимые боли, он отказался от необходимого отдыха. Болезнь продолжала терзать его и по возвращении в Бове, откуда он отдавал необходимые распоряжения и взывал к благородству и преданности французского дворянства, напоминая ему, что «нет смерти почетнее, чем отдать свою жизнь за государя».

В тот ответственный период, когда решалась судьба королевства, Генрих IV столкнулся, помимо обострения болезни, еще с одной проблемой, вдвойне неприятной оттого, что ее создавали товарищи по борьбе — протестанты, все больше выражавшие недовольство политикой короля. Вступление Генрих IV на престол ничего не изменило в действующем законодательстве, и декларация Сен-Клу от 4 августа 1589 года жестко ограничивала права протестантов. Они не допускались к публичным должностям за пределами тех мест, которые были предоставлены им. Мантский эдикт 1591 года явился первой уступкой протестантам, включив в себя положения эдикта веротерпимости, принятого в Пуатье в 1577 году. Переходя в католицизм, Генрих IV поклялся католическим сеньорам отменить все положения, противоречившие эдиктам об умиротворении, однако позднее он молчаливо одобрил отправление реформатского культа. Эти либеральные меры возмущали католиков, не удовлетворяя при этом и протестантов. Последние все больше помышляли о создании собственного государства в государстве, подтвердив свою приверженность этой идее клятвенными обещаниями на генеральной ассамблее, проходившей в Манте с октября 1593-го по январь 1594 года. В мае того же года они с согласия короля провели ассамблею в Сент-Фуа-ла-Гранд с целью придания гугенотской партии политического статуса. Это была почти республиканская организация в рамках королевства.