Однако протестанты не собирались отказываться от блага быть подданными французского короля. Ассамблея, проведенная в Сомюре в феврале 1595 года, во исполнение решений, принятых в Сент-Фуа-ла-Гранд, потребовала от короля разрешить реформатам наряду с католиками занимать любые государственные должности, учредить в парламентах палаты, формировавшиеся на паритетных началах из католиков и протестантов, и для обеспечения безопасности гугенотов предоставить в их распоряжение все города, которые в тот момент находились в их руках. Эти требования, в сочетании с намерением гугенотов «жить раздельно» (с католиками), были столь чрезмерны, что Генрих IV ограничился уклончивым ответом. Второй их шаг отнюдь не был более успешным: так, вожди протестантов Ла Тремуйль и Тюренн покинули королевское войско во время осады Ла-Фера в июне 1595 года. Дюплесси-Морне, протестантский советник Генриха IV, тогда говорил королю: «Эти люди, отвергнутые двором, полны решимости самостоятельно найти выход из положения — они, совершенно не страшась, уже перешли Рубикон». Кроме того, протестанты взяли из публичных касс деньги для поддержания своих гарнизонов в крепостях, и в этих условиях в любой момент вновь могла вспыхнуть гражданская война.

2 апреля 1596 года гугеноты учредили в Лудене свою постоянную ассамблею, которая впоследствии заседала в Вандоме, Сомюре и, наконец, в Шательро. В ее состав входило около 80 членов, наиболее видных деятелей гугенотской партии. Генрих IV не хотел разрывать с ними отношений и потому направил на собрание в Луден своих представителей. Все были согласны относительно необходимости эдикта об умиротворении, но разногласия начались при составлении конкретных статей. Захват Амьена испанцами ужесточил притязания ассамблеи в Шательро. Вожди протестантов отказались присоединиться к королевской армии и начали сепаратные переговоры с Елизаветой Английской.

Очень некстати вновь возникли осложнения с Парижским парламентом, слишком легко и быстро прощенным королем и потому опять проявлявшим свою строптивость, отказываясь вотировать кредиты, необходимые для содержания армии. Больной и раздраженный Генрих IV вернулся в Париж. Народ приветствовал его, а члены парламента продолжали упорствовать, набивая себе цену и, видимо, намереваясь поставить короля под свой контроль. Это был прежний дух Лиги, еще не выветрившийся из многих из них. По возвращении в Париж 13 апреля 1597 года король обратился к парламенту с посланием, в котором просил выделить средства на армию, однако того не тронуло обращение монарха. Члены парламента, уязвленные тем, как их привели к повиновению, долго тянули с ответом. 27 апреля они направили депутацию к королю, осмелившуюся заявить ему, что Бог вручил им судебную власть и только перед Богом, а не перед королем, ответственны они в своих решениях. На это Генрих IV возразил, что ему Бог вручил судебную власть, а уж он делегирует ее им, членам парламента. Однако и после этого парламент продолжал юлить и изворачиваться, и у короля лопнуло терпение. 13 мая Генрих IV, в боевом облачении и при оружии, лично явился к депутатам и грозным приказанием напомнил им об их долге, что незамедлительно возымело действие, и требуемое решение было принято.

Заручившись необходимыми кредитами, король повел армию на осаду Амьена, начавшуюся 8 июня. Подобно тому как было в 1590 году под Парижем и в 1592 году под Руаном, из Нидерландов была послана армия для снятия осады города. Однако на сей раз Генрих IV, наученный личным опытом и получивший хороший совет от Майенна, не сдвинулся с места и 25 сентября 1597 года торжественно вошел в отвоеванный город.

К периоду осады Амьена относится анекдот: однажды Генрих IV неосмотрительно приблизился к заминированному испанцами поясу обороны города. С высоты крепостной стены солдат-гасконец, завербованный в гарнизон Амьена, узнал короля, шагавшего прямо на мины, и прокричал на гасконском наречии: «Эй, мельник из Барбасты, берегись! Кошка сейчас родит котят!» Генрих IV знал, что в его родных краях словом «кошка» обозначают мину, которая вот-вот «родит», то есть взорвется. В каждой шутке есть доля шутки: почему-то никто из осажденных, кроме солдата-гасконца, не узнал короля.

Спустя несколько месяцев капитулировал последний очаг сопротивления: в марте 1598 года герцог Меркёр пришел к соглашению с королем, возвратил Бретань в состав Французского королевства и принял условия заключения брака своей единственной дочери-наследницы Марии с Сезаром, герцогом Вандомским, сыном Генриха IV и Габриели д’Эстре. Генрих IV вознаградил Меркёра за его долгое сопротивление с великодушием, которое обычно проявлял к поверженным противникам, и щедростью, какой не видели от него друзья, выплатив самому упорному из мятежников огромную сумму, превышавшую четыре миллиона ливров. Правда, на этот раз выплата была произведена все равно что самому себе, учитывая, что Сезар со временем должен был унаследовать все деньги.

После взятия Амьена армия Генриха IV рассеялась, поскольку дворяне считали войну окончательно выигранной. И действительно, мира хотели обе стороны, измотанные столь продолжительным конфликтом. Филипп II, чувствуя приближение смерти, хотел оставить после себя Испанию, примирившуюся с давним противником, и послушался совета папы, призывавшего к миру. Переговоры начались в Вервене в присутствии папского легата Александра Медичи, кардинала Флорентийского. Францию представляли Помпон де Бельевр и будущий канцлер Брюлар де Силлери. Подписанный 2 мая 1598 года Вервенский договор подтверждал положения мирного договора 1559 года в Като-Камбрези. Франция возвращала себе Кале. Испания хотя и не отказалась от своих притязаний на Бургундию, однако была вынуждена довольствоваться графством Шароле. Хотя этот мир и увенчал франко-испанское противостояние, не принеся большой славы ни одной из сторон, однако он не урегулировал проблем с Савойей; кроме того, он оскорбил королеву Англии, с которой даже не проконсультировались. Генрих IV слишком легко путал компромисс с беспринципностью, нарушая ранее взятые на себя обязательства.

Итак, долгожданный мир не принес полного удовлетворения ни одной из сторон, однако внешнюю войну надо было заканчивать во что бы то ни стало, поскольку нельзя было долее тянуть с урегулированием внутреннего конфессионального вопроса, над решением которого советники Генриха IV бились с момента его отречения от протестантизма. Победоносно овладев Амьеном, Генрих взял инициативу в свои руки, добившись от ассамблеи, заседавшей в Шательро, чтобы она направила для консультаций к нему четверых депутатов, «наделенных всеми полномочиями для ведения переговоров и принятия решений».

Эти переговоры, посвященные поиску трудного компромисса между требованиями представителей двух конфессий, продолжались несколько месяцев и завершились составлением документа, вошедшего в историю под названием Нантского эдикта. Этот документ состоял из нескольких отдельных частей: общие статьи числом 98, подписанные 13 апреля 1598 года, были дополнены 2 мая особыми статьями, еще больше расширявшими свободы, предоставленные протестантам. Прилагавшиеся к эдикту две королевские привилегии от 13 и 30 апреля регулировали статус крепостей; эти привилегии так и не были зарегистрированы парламентом и держались исключительно на королевском слове.