С установлением господства русских в регионе идеология, привнесенная ими, не заменила старую образовательную традицию. Почти каждый творчески одаренный человек воспользовался случаем, чтобы извлечь пользу, поступив в медресе, где, развив свои способности, смог приобрести фундаментальное образование. Об этом сообщают многие письменные источники, а также воспоминания подобные Йаддаштха (мемуары) периода с 1880 по 1904 год, которые оставил таджикско-узбекский писатель Садриддин Мурад Ходжа-заде Айни (1878–1954).

Таджикский, туркменский или узбекский ребенок на бухарской территории с ранних лет изучал религиозные книги на арабском и персидском языках. Благодаря этому он был знаком с великой персидской поэзией Шамсуддина Мухаммада Хафиза (ок. 1325–1389), «Маслак-и муттакин» («Путь верующих») Суфи Аллах-Йара (ум. 1723) и поэтическими философскими трактатами Мирзы Абдулкадыра Бидиля (1644 – ок. 1721). Но прежде он заучивал наизусть арабский алфавит и осваивал чистописание. В тех классах, где туркменские и узбекские юноши численно превосходили таджиков, назначалось чтение дополнительных текстов из тюркской поэзии Физули Мухаммада Сулейман-оглы (1498–1556), Мир Алишера Навои (1441–1501), Ходжа Назар-оглы Гаиб Назар-Химиани Хувайда (конец XVIII – начало XIX в.) и Ишан Шаха Боборахима Машраба (1657–1711). Ученики начальных классов следовали этой программе обучения неукоснительно. Пытливые ученики изучали много больше требуемых религиозных текстов и поэзии. Как и Айни, они, начав со стихов, позднее становились признанными писателями Средней Азии. Это происходило к окончанию ими начальной школы (мактаб) в возрасте 14 лет. Образование девочки, тоже будущей поэтессы, описано Абдуллой Кадыри (Джункулбай) (1894–1940) в его узбекском романе «Мехрабдан чаян» («Скорпион из алтаря», 1929).

Способный учащийся по окончании начальной школы мог поступить в медресе Бухары или в аналогичные заведения Оренбурга, Семипалатинска, Хивы и других крупных городов. К середине XIX века в 180 медресе Бухарского эмирата обучалось почти 15 тыс. человек. Примерно в 1800 мактабах училось 150 тыс. детей. Хивинское ханство насчитывало в тот период 25 медресе. К концу века, по мере роста интеллектуального пробуждения, число медресе стало стремительно увеличиваться. Одна Бухара насчитывала 103 медресе. В Коканде в 1890 году 118 духовных заведений никогда не видели так много учащихся, а в Ташкенте было более 10 медресе, в Самаркандской области – 50, а в Сырдарьинской – 21.

Обучение в медресе длилось в течение 12 и более лет под руководством наставников из духовенства. По его окончании человек обладал знаниями тюркских языков Средней Азии, персидского и арабского литературных языков, а также основательной осведомленностью о творчестве великих поэтов, теологов, философов, историков и географов мусульманского мира. В основном выпускник мог стать учителем, секретарем при купцах, представителях знати или других деловых людях, управляющим вакуфов, судьей, или служащим, или представителем духовенства. В зависимости от особенностей своей личности, связей и некоторой удачи ему удавалось найти подходящее место, но, каковыми ни были его занятия, он в конечном счете почти наверняка становился лидером общественного мнения в сообществе. В этом отношении даже более уникальными, чем свидетельства Садриддина Айни об образовательных возможностях в Бухарском эмирате, являются его воспоминания об интеллектуальной жизни образованных мусульман Средней Азии.

Среди учащихся бухарских медресе Шариф-джан бесспорно принадлежал к немногим, кто прекрасно владел каллиграфией, в совершенстве знал языки и грамматику, а также любил и понимал поэзию. Он считался покровителем образования. Каждую неделю во вторник, среду и четверг, когда выдавались свободные вечера, дом Шариф-джана Махдума превращался в место встреч поэтов, книголюбов, рассказчиков забавных историй и остряков.

Мухаммад Шариф-джан Махдум (Садр-и Зийа) (1865–1931) являлся одним из благодетелей и учителей Айни. Сам Шариф-джан был учеником таджикского мыслителя, поэта, ученого, придворного астролога и дипломата Ахмада Махдума Калла (Дониш), посещавшего Россию в 1856, 1868 и 1870 годах. По примеру Ахмада Махдума Мухаммад Шариф-джан Махдум стал историком, поэтом и политическим деятелем. Его личная библиотека считалась одной из самых богатых в городе. Из многих прекрасных рукописей своей коллекции он составил в 1910 году антологию бухарской таджикской поэзии XIX века под названием «Тизкар-уль аш'ар» («Воспоминание о поэмах»). Он также написал обширные мемуары о политической и культурной жизни Бухары в конце XIX столетия. Он служил также судьей (кази) и на других должностях вплоть до 1917 года. Его скромность, дружелюбие, как и способность открывать талантливых молодых людей, и его готовность воспользоваться своим личным влиянием и богатством для поощрения их творческих способностей являлись качествами, которые особенно ценил Садрид-дин Айни. Высокий атлет, Мухаммад Шариф-джан Махдум любил поговорить о лошадях или петушиных боях. Он часто сам участвовал в жестком соревновании, известном как бузкоши, улак, кокбори тарту или кок бори, часто описываемом в среднеазиатской литературе. В таком соревновании всадники состязаются друг с другом, чтобы первым подхватить с земли тушу обезглавленной козы.

На вечерах, устраиваемых в доме Мухаммада Шариф-джана Махдума, велись споры, выходящие за пределы литературы и искусства и касающиеся политических и социальных вопросов. Во время этих дискуссий юноши, например мирза Абдул Вахид Мунзим (1877–1934) и Айни, слышали критические высказывания в адрес политических мошенников в противоположность оценкам некоторых известных деятелей, таких как мирза Хаит Шахба, талантливый поэт, казненный в 1918 году в возрасте 70 лет эмиром за восхваление Февральской революции 1917 года. Мирза Хаит Шахба был много лет советником при дворе эмира Абд аль-Ахада, впоследствии назначавшего своего смотрителя (мираба) главного городского канала, а затем начальника полиции (миршаба) на ключевые государственные посты, на которых тот достойно работал, в то время как другие назначенцы запятнали себя взятками. При бухарском дворе приобрел известность также Шамсуддин Махдум Шахин (1850–1894), великолепный поэт, который часто посещал собрания у Мухаммада Шариф-джана Махдума, пока возросший политический вес не заставил его избегать таких посещений, чтобы не пострадать в дворцовых интригах. При дворе служил и смуглолицый мирза Мухаммад Абдулазим Сами Бустани (1835–1907), придворный секретарь, историк и поэт, который участвовал в военных кампаниях Бухары против русских и который был близким другом Ахмада Махдума и Мухаммада Шариф-джана Махдума.

Принадлежность к дворцовым кругам и одновременно участие в интеллектуальном кружке не исключает того факта, что образованные жители Бухары делились на приверженцев политической и религиозной ортодоксии или сторонников более либеральных взглядов. Несмотря на такое деление, нет оснований полагать, что либерально мыслящие мусульмане были менее набожны, чем ортодоксы.

Те или иные политические воззрения мыслящих людей в то время вряд ли родились в результате внешнего воздействия. Ведь идеи, просачивавшиеся извне через такие газеты, как «Тарджуман» из Бахчисарая, «Хабл уль-Матин» из Индии и «Чехре наме» из Египта, стали поступать лишь около 1890-х годов и не могли оказать на них глубокого влияния за столь короткий срок. Кроме того, побывавшие в России, кроме Ахмада Махдума, встречались в Средней Азии очень редко. Вся интеллектуальная элита Бухарского эмирата была носителем исламской мудрости и опыта, вековых традиций общества. Эти люди работали и писали в условиях русского господства, которое лишь косвенно влияло на бухарское общество в условиях протектората.