Не менее сложной оставалась обстановка и на самой территории Кавказа, особенно в его северных районах. События, произошедшие в Ингушетии, Чечне и Дагестане, показали нестабильность российской власти в этих районах, наличие там значительных антироссийских сил, способных на самые решительные действия. Положение в значительной степени усложнялось отсутствием в арсенале русского правительства действенных рычагов влияния на полудикие массы мусульманского населения горных районов, которые традиционно слушались только своих священников или ханов. В связи с этим на повестку дня был выдвинут вопрос укрепления центральной власти на местах и искоренения бандитских наклонностей среди горцев, на некоторое время лишенных своих вождей.

Кази-Мухаммад после окончания войны вернулся в Турцию. Султану он больше не был нужен. Получив чин маршала, он был отправлен в почетную ссылку в Медину, где и умер в 1902 году. Его могила находится рядом с могилой почитаемого им отца — Шамиля.

Антироссийское восстание на Северо-Восточном Кавказе было подавлено к концу 1877 года. Русское правительство высоко оценило заслуги кавказских военачальников, отличившихся в боях с горцами. Батьянов получил чин генерал-майора и назначение в свиту Его Императорского Величества. Штабс-капитан Анастасиенко за штурм Цудахара стал Георгиевским кавалером, еще 36 офицеров 80-го пехотного Кабардинского полка были удостоены других боевых орденов. 89 нижних чинов получили знаки Военного ордена, в том числе двое из них третью, а двое — вторую степени. Правда, и потери полка были немалыми. В боях с горцами погибло 44 и получило ранения 83 человека.

Успешная борьба России с внешним врагом, завершившаяся расширением и укреплением ее границ в Закавказье, не решила внутренних проблем края. Особенно остро они стояли в Армении и на Северном Кавказе.

Армянская проблема возникла неожиданно. После захвата Россией в результате войны 1877–1878 годов турецких территорий и изгнания из них турок, туда устремились сотни тысяч армян. «Заручившись дружелюбием России, армяне стали ползти в нее из Турции, обогреваться и богатеть — отмечено в полицейских документах. — Имея к тому же здесь, почти совершенно независимый от кого-либо, свой культурный центр — Эчмиадзин и своего духовного и светского главу Католикоса, получив средства, они быстро, благодаря вековой сильной центральной религиозно-политической власти, двинули армянскую массу по пути просвещения, конечно, национального».

Усиление революционного движения в Российской империи в конце XIX в. показало слабость центральной власти. Этим воспользовались националистические силы Армении. Там в 1890 году образовалась армянская буржуазно-националистическая партия «Дашнакцутюн» («Союз»), Ее целью стало создание автономного буржуазного армянского государства всеми возможными средствами, вплоть до вооруженной борьбы. Но, по утверждению Департамента полиции, основным «оружием» дашнаков практически всегда были деньги, лесть, обман и умелое лавирование между противостоящими силами.

Деятельность армянских националистов вскоре была замечена Российским правительством. Было проведено следствие, которое вскрыло религиозный обман армянской церкви, более ста лет считавшейся братской по отношению к российской православной церкви. В 1891 году, в ходе процесса над армянским священником Тер-Воскаковым выяснилось, что в тексте литургии в ектании о российском Государе упущено слово «нашего». В армянском богослужении не было молитвы ни за какого государя. На первом месте стоял Католикос, выступавший верховным объединителем и проповедником армянского национализма и антироссийских настроений.

Русские власти решительно осудили раскольническую политику армянского духовенства. Часть церквей и монастырей была закрыта. В заключении полиции указывалось: «Католикос, будучи духовным и светским главой, парализует действия правительства изданием церковных поучений, или так называемых «канонов». Канонами развязывается у армян совесть и долг к исполнению русских постановлений. На основании такого учения русский царствующий дом был предан проклятию…»

В 1892 году в Женеве состоялся первый съезд дашнаков, который наметил пути достижения программных целей. В их основе лежала подготовка к вооруженному восстанию против центральной власти, террор и разорение правительственных лиц и учреждений.

Примечательно то, что для реализации этой программы привлекались также и многочисленные армянские общины, находившиеся за пределами Российской империи. На них возлагалась задача финансовой поддержки дашнакского движения в России и прежде всего на Кавказе. Благодаря этой поддержке армянский капитал начинает существенно влиять на формирование внутреннего рынка потребительских товаров и финансовую политику многих частных банков. Особенно сильным это влияние стало в кризисные для Российского государства периоды русско-японской и Первой мировой войн. Дашнакские деньги способствовали дестабилизации обстановки, девальвации рубля, обнищанию народных масс, возникновению среди них бунтарских настроений.

Не менее острой оставалась проблема Северного Кавказа, население которого по-прежнему к России относилось враждебно. В 1886 году начались беспорядки в Чечне. Они были вызваны слухами о том, что всеобщая воинская повинность впредь будет распространяться и на горцев. Чеченцы, с колыбели не расстававшиеся с оружием, категорически не желали служить России и были готовы поднять восстание.

Для нормализации обстановки наместник направил в Чечню своего давнего соратника грузинского князя генерал-лейтенанта И.Г. Амилахвари. Иван Гивич, более 35 лет прослуживший на Кавказе, постоянно участвовавший в боевых действиях с горцами и хорошо изучивший их нравы, смог без применения оружия успокоить чеченцев. «Добрым кунаком пришел он в Чечню и одним своим нравственным влиянием восстановил тишину и спокойствие» — докладывал великий князь императору. Александр II поздравил храброго генерала с успехом и прислал ему в награду орден Белого Орла.

В следующем году вновь произошли волнения среди чеченцев, ингушей и некоторых племен Дагестана. Их удалось подавить силами полиции. Многие мятежники, объявленные вне закона, ушли в горы, образовав бандитские группы. В ряде случаев они действовали под прикрытием исламских лозунгов, стремясь придать грабежам и разбоям политическую окраску, но чаще грабили и убивали без всяких лозунгов…

Выход на арену новых антироссийских сил требовал качественно иных подходов при формировании внутренней политики региона К тому времени великий князь Михаил Николаевич потерял интерес к подведомственным ему кавказским территориям. Большую часть времени он проводил в Петербурге. Без «твердой руки» помощники наместника своими действиями лишь накаляли обстановку, провоцируя беспорядки.

В 1897 году Михаил Николаевич был освобожден от должности наместника Кавказа в связи с назначением председателем Государственного совета. Спустя шесть лет по болезни он выехал на лечение на юг Франции. Поселившись в Каннах, великий князь лишь изредка посещал Россию. Там он скончался 5 декабря 1909 года. Его тридцатипятилетнее управление Кавказом в официальных кругах считалось умелым и полезным для края.