Работа над монографией была важна и для центрального труда всей жизни ученого, «Происхождения видов». Описывая множество разновидностей усоногих раков, он особенно ясно осознал, насколько шатки и условны границы между видами. «Когда я строго сравниваю один и тот же орган у многих индивидов, то всегда нахожу его изменчивым и вижу, как опасно устанавливать виды на основе мелких признаков», – писал он.

Еще одно издание, относящееся к животному миру, исследованному во время путешествия, было выпущено совместно с другими учеными, теми, кто описывал и классифицировал привезенные Дарвином коллекции. Пятитомник «Зоология путешествия на "Бигле"», кроме подробного описания каждого вида животного, содержал заметки об ареале его обитания, образе жизни и повадках.

Почему, к примеру, страус, живущий в Бразилии, больше страуса из Аргентины, хотя в остальном они схожи? Почему верблюд, живущий в наше время, так похож на ископаемого верблюда, кости которого были найдены в Южной Америке? И чем обусловлены их небольшие различия? Ответов на эти вопросы у Дарвина поначалу не было, но он начал думать о поисках общих предков животных близких видов.

Далее его мысли, как это видно из записных книжек, обратились к общим, даже философским, вопросам: зачем природе вообще нужно размножение? Почему оно происходит при участии двух особей, мужской и женской? Может, дело в том, что при таком способе детеныши берут от родителей все лучшее, и это улучшает вид в целом? Позже он ответит на этот вопрос утвердительно. Пытаясь найти какие-то общие законы изменения видов, Дарвин изучает домашних животных, он даже составляет подробные анкеты и отправляет их окрестным животноводам, надеясь прояснить волнующую его проблему. Он обращается к садоводам, ботаникам, врачам в попытке понять общие законы жизни. И вскоре в его голове начинает складываться вполне стройная теория.

Через год после возвращения из кругосветной экспедиции Чарлз Дарвин заболел. Причина и природа болезни так и не были установлены, считалось, что он подхватил какую-то экзотическую хворь во время путешествия. На протяжении всей оставшейся жизни его мучили боли и слабость, но он продолжал работать, вопреки своему состоянию. Можно только удивляться мужеству и силе воли человека, который ежедневно занимался исследовательской работой, успевая за два-три часа сносного самочувствия сделать необыкновенно много.

Последние 40 лет жизни Дарвин провел уединенно, переехав вместе с женой в тихое поместье Даун, расположенное в графстве Кент. Он не хотел тратить время и силы, которых у него было немного, на общественную и светскую жизнь. Главной его целью было успеть написать труд всей жизни, позже названный «Происхождение видов», и создать эволюционную теорию, подкрепленную весомыми доказательствами.

С 1837 года он начал делать записи, относящиеся к этой теории, а завершенную форму она обрела только через 20 лет Дарвин мог окончить работу и раньше, основные положения были сформулированы задолго до публикации. «В июне 1842 года я впервые решил доставить себе удовлетворение и набросал карандашом на 35 страницах очень краткое резюме моей теории», – вспоминал ученый. Он не торопился, хотел все тщательно проверить и подготовиться к отпору противников, которые, как он был уверен, появятся сразу же и в немалом количестве.

Дарвин работал над «Происхождением видов» двадцать лет, и мог бы работать и дольше, если бы не неожиданное вмешательство Альфреда Уоллеса, приславшего ему свою статью. Статья содержала основные положения эволюционной теории. Тут уж Дарвину пришлось поторопиться, чтобы сохранить за собой первенство. Отложив обширный труд, подробно и аргументированно описывающий новую теорию, Дарвин создал более короткий трактат, названный им «Происхождение видов».

Успех этой работы объясняется не только тем, что в ней изложено истинное учение. Как мы знаем из истории, многие совершенно правдивые теории не встречали поддержки современников. Одна из причин успеха заключается в том, что для него была подготовлена почва. На протяжении последних лет работы Дарвин постепенно знакомил со своими взглядами друзей и некоторых коллег, проверяя, какой будет реакция. Многие считали его убеждения верными. Кроме того, Чарлз Дарвин добился большого авторитета в научных кругах при помощи других своих работ. К моменту выхода «Происхождения видов» он был одним ведущих натуралистов страны и к его мнению, естественно, прислушивались. Ну и последнее, Дарвин не просто выдвигал гипотезы и предположения, он собрал огромное количество наблюдений и доказательств, поддерживающих теорию.

Масштабность цели могла бы напугать любого исследователя, но Дарвина она только раззадоривала; он справился с ней в полной мере.

Дарвин начинает «Происхождение видов» с «Исторического наброска», в котором вкратце описывает достижения биологической науки в изучении видового разнообразия и подводит читателя к своей теории. Он пишет, что ученые, создававшие классификации представителей флоры и фауны, не могли не отметить родственное сходство между организмами. Палеонтологи, в свою очередь, обнаружили, что древние виды схожи с нынешними и что простые формы предшествуют появлению более сложных. Ту же закономерность увидели исследователи, изучавшие эмбрионы: зародыши человека и животных развиваются, постепенно усложняясь. Биологи, работающие над строением элементарной единицы организма, клетки, увидели родство на этом уровне между всеми органическими существами.

На основе всех этих фактов уже вырисовывалась теория общности всего живого, но в ней виделись непримиримые противоречия. Если считать истинной гипотезу, принятую до сих пор официальной наукой, что каждый вид был сотворен отдельно, то откуда такое поразительно сходство на разных уровнях? Если же принять за основу утверждение, что все живое имеет общую основу, то где же переходные виды? Почему преобразования происходили не постепенно, а какими-то непонятными скачками, и в природе нет переходной формы, к примеру, между дубом и березой?

Для того чтобы объяснить факты родства организмов и одновременно факты их обособленности друг от друга, Дарвин вводит понятие естественного отбора. Благодаря этому природному механизму простейшие формы растений и животных усложнялись, одновременно дробясь на виды и подвиды. Промежуточные же формы не сохранялись, так как были менее приспособлены к условиям окружающей среды.

Идея, высказанная Дарвином, кажется довольно простой, но для того, чтобы со всей очевидностью понять и объяснить происхождение и развитие органического мира, потребовался особый талант и умение видеть картину в целом. И до Дарвина существовали теории родства между видами и гипотезы об усложнении живых организмов, но механизмы действия не были удовлетворительно объяснены. Предшественники Дарвина говорили об «импульсе изменения», заложенном творцом, о естественном стремлении всего живого к прогрессу и тому подобных недоказуемых вещах. Дарвин же доказал, что организмы меняются, стремясь лучше приспособиться к меняющейся окружающей среде.