Новая избирательная система, которая использовалась при выборах в III Государственную думу, увеличила представительство в ней землевладельцев и состоятельных горожан, а также русского населения по отношению к национальным меньшинствам, что привело к формированию проправительственного большинства. Большинство в новоизбранной III Думе составили «октябристы». Находящиеся в центре «октябристы» обеспечивали Столыпину принятие законопроектов, вступая в коалицию по тем или иным вопросам либо с правыми, либо с левыми членами парламента. В то же время партия Всероссийский национальный союз, которой покровительствовал премьер, лидировала в думской национальной фракции, занимавшей промежуточное положение между октябристами и правой фракцией.

По свидетельству современников, III Государственная Дума явилась «созданием Столыпина». С первых же дней деятельности этой Думы требовал разъяснений вопрос о современном государственном строе в России. Выступление Столыпина по этому вопросу состоялось 16 ноября 1907 года. При полном составе всех депутатов, в зале, заполненном публикой, на ораторской трибуне появился П. А. Столыпин. Голос его звучал громко, отчетливо и ясно. Были даны ответы на самые серьезные вопросы русской жизни.

Современник вспоминает: «Когда Столыпиным затрагивались наиболее серьезные и важные вопросы русской жизни, давались ответы на них с обычным его красноречием, — громадное большинство Государственной думы прерывало его слова горячими и громкими аплодисментами. Первый гром таких аплодисментов раздался тогда, когда он говорил о том, что разрушительное движение перешло в открытое разбойничество, и указал на его развращающее влияние на молодежь. Он говорил:

«Для всех теперь стало очевидным, что разрушительное движение, созданное крайними левыми партиями, превратилось в открытое разбойничество и выдвинуло вперед все противообщественные преступные элементы, разоряя честных тружеников и развращая молодое поколение.

Противопоставить этому явлению можно только силу. Какие-либо послабления в этой области, правительство сочло бы за преступление, так как дерзости врагов общества возможно положить конец лишь последовательным применением всех законных средств защиты. Для этого Правительству необходимо иметь в своем распоряжении, в качестве орудия власти, должностных лиц, связанных чувством долга и государственной ответственности. Поэтому, проведение ими личных политических взглядов и впредь будет считать несовместимым с государственною службою. […]

Сознавая настоятельность возвращения государства от положения законов исключительных к обыденному порядку, правительство решило всеми мерами укрепить в стране возможность быстрого и правильного судебного возмездия. Оно пойдет к этому путем созидательным, твердо веря, что, благодаря чувству государственности и близости к жизни русского судебного сословия, правительство не будет доведено смутою до необходимости последовать примеру одного из передовых западных государств и предложить законодательным собраниям законопроекте временной приостановке судебной несменяемости.

В обстановке, когда насилие захлестнуло страну и когда Россию фактически толкали к гражданской войне, совершенно понятной становилась позиция Столыпина, выраженная словами: «Там, где аргумент — бомба, там, конечно, естественный ответ — беспощадность кары». В письме к Николаю II Петр Аркадьевич так выразил необходимость применения силы против насилия: «Тяжелый, суровый долг возложен на меня Вами же, Государь. Долг этот, ответственность перед Вашим Величеством, перед Россиею и историею диктует мне ответ мой: к горю и сраму нашему, лишь казнь немногих предотвратят моря крови».

Время правления Столыпина известно нам из всевозможных публикаций, от школьных учебников до докторских диссертаций, как «столыпинская реакция», как некая мрачная эпоха. Говорили и писали об этом много, упорно, долго, создавая устойчивое представление о том, что с 1906 по 1911 год страной управляло правительство, преследовавшее любую критику своих действий, не допускавшее ни малейшего контроля над собой, и притом правительство, попранием законов.

Последнее доказывалось особенно усердно, и прежде всего потому, что лица, разжигавшие пожар мировой революции на русском пепелище и публично заявлявшие, что диктатура пролетариата есть диктатура, не ограниченная никакими законами — ни юридическими, ни нравственными, были чрезвычайно заинтересованы в том, чтобы все думали, будто царские министры были тоже жестоки и также не признавали ни законов, ни нравственных авторитетов. Для этой цели и был создан миф, гласящий, что казнь революционера есть преступление, а военные суды — это не что иное, как издевательство над правосудием.

В разменном историографическом обращении находились непременные клише: «скорострельная юстиция», «столыпинский галстук», «столыпинский вагон». Мало кто вспоминает, что «столыпинские вагоны» впервые появились в 1908 году как вагоны, приспособленные для перевозки переселенцев из Европейской России в Сибирь.

И если столыпинскую юстицию называть «скорострельной», а политику Столыпина именовать «реакцией», то следует восстановить истину и напомнить, что эта юстиция и эта реакция были лишь ответом, естественным реагированием на бомбометательную практику борцов за «мировое счастье». Как государственный деятель Столыпин опирался на закон, как патриот он защищал национальные традиции, как христианин — Русскую Православную церковь.

Сам Столыпин объяснял вынужденность суровых карательных мер так: «…Повторяю, обязанность правительства, святая обязанность — ограждать спокойствие и законность, свободу не только труда, но и свободу жизни, и все меры, принимаемые в этом направлении, знаменуют не реакцию, а порядок, необходимый для развития самых широких реформ».

Император особым рескриптом от 1 января 1908 года, при пожаловании П. А. Столыпину звания статс-секретаря, выразил ему свою сердечную признательность за его труды, причем в числе его заслуг было особенно отмечено — «возрастающее доверие населения к правительству, особенно наглядно проявившееся при выборах в III Государственную думу, и многие отрадные признаки несомненного успокоения страны».

Наиболее тревожное время было Россией пережито. Смута закончилась.

Закон о военно-полевых судах так и не был внесен правительством на утверждение в III Государственную думу и автоматически потерял силу 20 апреля 1907 года. В итоге, вследствие принятых мер, революционный террор был подавлен, перестал носить массовый характер. Государственный порядок в стране был сохранен. И в этом была огромная заслуга П. А. Столыпина.

На протяжении семи послереволюционных десятилетий мало что говорилось о реформаторской деятельности Столыпина за исключением его аграрной реформы. А между тем, 25 августа 1906 года в газетах, одновременно с «Законом о военно-полевых судах» была опубликована обширная программа экономических и политических преобразований, намеченных правительством.

В этот список входили: свобода вероисповеданий, неприкосновенность личности и гражданское равноправие, улучшение крестьянского землевладения, улучшение быта рабочих (государственное страхование), введение земства в Прибалтийском и в Западном крае, земское и городское самоуправление в Царстве Польском, реформа местного суда, реформа средней и высшей школы, введение подоходного налога, объединение полиции и жандармерии и издание нового закона об исключительном положении. Упоминалось также об ускорении подготовки созыва церковного собора и о том, что будет рассмотрен вопрос, какие ограничения для евреев, «вселяющие лишь раздражение и явно отжившие», могут быть немедленно отменены.