В первый раз компания против Столыпина была начата по вопросу о преобразовании русской миссии при японском правительстве в посольство. Законопроект по этому вопросу был внесен Столыпиным в Государственную Думу, причем правые хотели видеть в этом покушение Столыпина на прерогативы императора, но это дело было вскоре признано недостаточно ярким, и атака была оставлена.

Вторая атака на премьера не заставила себя ждать. После поражения русского флота в Цусимском сражении в 1905 году возникло предложение создать Морской штаб, а это требовало увеличения бюджета для его содержания. Столыпин решает провести данный вопрос через Думу. Нашлись те, которые немедленно доложили Николаю II, что Столыпин вмешивается в военную отрасль, которая находится исключительно в компетенции царя, и тот закон отклоняет.

Была и еще одна причина охлаждения отношений между императором и премьером. В то время Григорий Распутин приобретает значительное влияние на царицу. Столыпин предлагает Николаю II, чтобы прекратить разного рода кривотолки, выселить «святого старца» из столицы, на что тот отвечает: «Я с вами согласен, Петр Аркадьевич, но пусть будет десять Распутиным, чем одна истерика императрицы». Узнав об этом разговоре, Александра Федоровна также прониклась неприязнью к Столыпина и не раз настаивала на замене премьера.

В марте 1911 года Столыпин подал в Думу проект об утверждении земств в западных губерниях. Против премьер-министра сплотились противоположные силы — левые, которых реформы лишали исторической перспективы, и правые, усмотревшие в тех же реформах покушение на свои привилегии.

Столыпин просил царя обратиться через председателя Государственного совета к правым с рекомендацией поддержать законопроект. Один из членов Совета, В. Ф. Трепов, добившись приема у императора, высказал позицию правых и задал вопрос: «Как понимать царское пожелание, как приказ, или можно голосовать по совести?» Николай II ответил, что разумеется, надо голосовать «по совести». Правые восприняли такой ответ как согласие императора с их позицией, о чем незамедлительно проинформировали других правых членов Государственного совета. В результате 4 марта 1911 года законопроект был провален 68 голосами из 92.

Столыпин, узнав об этом, подал в отставку. Николай II сперва никак не отреагировал, но после разговора с матерью, вдовствующей императрицей Марией Федоровной, предложил забрать заявление. Столыпин согласился при условии, что Дума и Государственный совет будут распущены на три дня и закон вступит в силу по специальной статье. А еще убрать его главных противников из Госсовета, с 1 января 1912 назначить туда 30 новых членов по его выбору. На это царь согласился также после встречи с матерью.

Судьба Столыпина висела на волоске, и только вмешательство вдовствующей императрицы Марии Федоровны, убедившей своего сына поддержать позицию премьера, решило дело в его пользу.

В конце лета снова поползли слухи об отставке премьера. В августе 1911 года, находясь в отпуске в своем имении Колнобреже, Столыпин работал над проектами создания восьми новых министерств, искал резервы для резкого увеличения бюджета. Пришлось прервать эту работу в связи с поездкой в Киев для участия в торжествах по случаю открытия памятника Александру II, приуроченному к 50-летию крестьянской реформы 1861 г.

Там жизнь Петра Аркадьевича прервал выстрел агента царской охранки и анархиста М. Богрова. 5/18 сентября 1911 года Столыпин умер после смертельного ранения, полученного за четыре дня до этого, 1/14 сентября в Киевском театре. Убийство Столыпина прозвучало первым ударом колокола, возвещавшего миру о скорой кончине императорской России. Весьма возможно, что Столыпин, который понимал лучше других всю опасность войны для России, смог бы избежать ее, если бы летом 1914 года был жив…

Столыпин начинал свою деятельность в крайне трудное для России время — в эпоху разгула революционного террора, направляемого, прежде всего, партией эсеров, разработавших целую теорию политических убийств, подкрепленную зловещей практикой. Так, например, только в декабре 1906 года были убиты генерал А. П. Игнатьев (отец автора книги «Пятьдесят лет в строю» А. А Игнатьева), петербургский градоначальник В. Ф. фон-дер-Лауниц, главный военный прокурор генерал-лейтенант А. С. Павлов. Террор был направлен и против Русской Православной Церкви. 28 мая 1908 года погиб Экзарх Грузии архиепископ Никон (Софийский), один из выдающихся деятелей Русского Православия.

Поэтому первой и главной задачей, которую должен был решить Петр Аркадьевич Столыпин, прежде чем перейти к реализации запланированных реформ, было подавление революционного движения, вылившегося в откровенный террор против государственных служащих и членов их семей.

В течение 1901–1907 годов были осуществлены десятки тысяч террористических актов, в результате которых погибло более 9 тысяч человек. Среди них были как высшие должностные лица государства, так и простые городовые. Часто жертвами становились случайные люди.

Во время революционных событий 1905–1907 годов Столыпин лично столкнулся с актами революционного террора. По разным данным, на Столыпина было совершено от 11 до 18 покушений. В него стреляли, бросали бомбы и камни, в анонимном письме террористы угрожали отравить 2-летнего сына Аркадия. Среди погибших от революционного террора были друзья и ближайшие знакомые Столыпина (к последним следует отнести, в первую очередь, В. Плеве и В. Сахарова). И в том и другом случае убийцам удалось избежать смертной казни вследствие судебных проволочек, адвокатских уловок и гуманности общества.

С самого начала своей деятельности на посту премьер-министра в день роспуска I Государственной думы (9 июля 1906 г.), Столыпин заявил о бескомпромиссной борьбе с террором. В первом же своем циркуляре (от 11 июля) он заявил: «Открытые беспорядки должны встречать неослабленный отпор. Революционные замыслы должны пресекаться всеми законными средствами… Борьба ведется не против общества, а против врагов общества. Поэтому огульные репрессии не могут быть одобрены… Намерения государя неизменны… Старый строй получит обновление. Порядок же должен быть охранен в полной мере».

В ответ террористы объявили Столыпину войну на уничтожение.

Место взрыва 12(25) августа 1906 г.

Буквально через месяц, 12 августа 1906 года, когда Столыпин на своей даче на Аптекарском острове принимал посетителей, боевая организация эсеров подготовила на него и его семью покушение. Вот как описывает его современник (А. П. Аксаков), хорошо знавший все подробности преступления: «Спустя только месяц после назначения Столыпина Председателем Совета Министров, группа социалистов-революционеров максималистов организовала чудовищное по жестокости покушение. Произошел взрыв министерской дачи на Аптекарском острове. Вот в кратких словах описание этого события. 12 августа 1906 г., в 3 час. 15 мин. дня, во время приема у Председателя Совета Министров, к даче его у Ботанического сада подъехало ландо, в котором находилось 3 человека; из них двое были в форме офицеров. Они подъехали к даче министра уже тогда, когда запись посетителей была прекращена, а потому, несмотря на приемный день, прислуга не хотела их впускать. Они проявили намерение проникнуть силой в следующую за прихожей приемную комнату, где ждали своей очереди многочисленные посетители и находился весь состоящий при Председателе Совета Министров штат должностных лиц. Во время столкновения с прислугой, один из злоумышленников, одетый в жандармскую офицерскую форму, бросил разрывной снаряд, тотчас же со страшной силой разорвавшийся. Силой взрыва были разворочены прихожая, прилегающая к ней дежурная комната и частью следующая за ней приемная, а также разрушен подъезд, снесен балкон второго этажа, опрокинуты выходящая в сад деревянные стены первого и второго этажей. По всему зданию прошел страшный толчок. Сила взрыва была такова, что частями разрушенных стен и выброшенных из дома предметов меблировки, а также мелкими осколками стекла была осыпана вся набережная перед дачей. Министр, принимавший просителей у себя в кабинете, остался невредимым. Его дочь и сын, находившиеся на балконе второго этажа, были ранены; первая в обе ноги, а второй в бедро с переломом кости. Находившиеся в швейцарской и в соседних комнатах лица убиты и ранены. Раскопками, произведенными нижними чинами двух полков и пожарными пяти городских частей, обнаружены 27 трупов и 32 человека с разными тяжелыми повреждениями; убийцы сами были убиты взрывом. Трупы лиц, бывших на даче, особ разных рангов и положений, среди которых были дамы и даже один младенец, найдены большей частью обезображенными, в виде бесформенных масс, без голов, рук и ног; и долго объятые ужасом, родные отыскивали среди этих обезображенных тел близких им людей. Карета скорой помощи отвезла детей министра в частную лечебницу доктора Кальмейера, куда скоро прибыл и сам П. А. Столыпин. Мальчику, сыну Столыпина, было только три года, а дочери его 14. Несчастная девочка, когда ее вытащили из-под досок и мусора, и понесли в соседний дом, говорят, спросила: «Что это — сон?» «Нет, это не сон, барышня», — ответили ей. Когда ее положили на кровать, и она увидела свои окровавленные ноги, она горько заплакала.