1 апреля 2007 года в эфире «РТР-Планета», а затем в программе «Вести недели» российского государственного телеканала «Россия» было показано интервью с неизвестным, сидевшим спиной к камере и представившимся другом Литвиненко Петром. Аноним утверждал, что отравление Литвиненко было организовано Березовским, поскольку Литвиненко знал, что тот якобы получил статус политического беженца путём подлога. По словам неизвестного, Литвиненко и Березовский подвергли его воздействию психотропных препаратов и заставили заявить, что он был направлен ФСБ с целью убийства Березовского; плёнка с этой записью была представлена в суде и якобы помогла Березовскому получить политическое убежище в Англии 9 сентября 2003 года. По поводу этой версии Березовский заявил: «Если бы такая версия существовала как реальная, то Скотланд-Ярд давно должен был бы заинтересоваться этой версией и не ездить в Москву в самом начале расследования, а сначала выяснить, верна ли эта версия». Березовский утверждал в эфире «Эха Москвы»: «Все эти многочисленные версии, которые продолжают появляться, они являются только следствием того, что российская власть хочет прикрыть это преступление. И те, кто прикрывают это преступление, в свою очередь, становятся преступниками… Совершенно очевидно сегодня, что все следы ведут в Москву и на самый верх. Без участия государства, без участия лично Путина подобные преступления не могли совершить никто». Действительно, ни одна из выдвинутых Москвой версий не объясняет, каким образом Березовский мог использовать полоний-210.

По словам друга и партнера Березовского по фонду защиты гражданских свобод Александра Гольдфарба, анонимным героем «Вестей недели» был Владимир Иванович Теплюк, эмигрировавший в Лондон из Казахстана и несколько лет безуспешно добивавшийся статуса политического беженца. Гольдфарб заявил, что Теплюк неоднократно публично рассказывал о том, что его наняли для того, чтобы отравить Березовского с помощью отравленной ручки. По словам Гольдфарба, Теплюк действительно к ним обращался и говорил о возможном покушении на Березовского. «Однако мы говорили ему, если что-то знаете, идите в полицию».

21 января 2016 года по завершении публичных слушаний, начавшихся в июле 2014 года, депутат Госдумы России Андрей Луговой и предприниматель Дмитрий Ковтун в палате общин британского парламента были названы виновными в убийстве экс-сотрудника ФСБ Александра Литвиненко, умершего в Лондоне в 2006 году от отравления радиоактивным полонием. Бывший судья Высокого суда Роберт Оуэн (после начала слушаний он ушел с поста судьи Высокого суда, поскольку слушания имеют статус расследования, а не судебного разбирательства) в этот день огласил выводы публичного расследования в палате общин. Именно он с 2013 года настаивал на проведении публичных слушаний по делу об отравлении Александра Литвиненко, поскольку, в отличие от обычного расследования, в ходе публичных слушаний суд смог бы получить доступ к части сведений, составлявших государственную тайну. Тогдашний глава МВД Тереза Мэй отказала Оуэну в проведении публичных слушаний, поскольку опасалась, что такие слушания могут осложнить отношения между Лондоном и Москвой. Тогда вдова Александра Литвиненко Марина обжаловала отказ в Высоком суде, и, не дожидаясь его вердикта, Тереза Мэй 22 июля 2014 года объявила, что публичные слушания под председательством Оуэна состоятся.

На основании секретных документов британских спецслужб, которые не попали в опубликованный текст доклада, судья объявил, что за убийством предположительно стоит ФСБ. Британское следствие также пришло к выводу о том, что Луговой и Ковтун, вероятно, действовали по указанию ФСБ, а операция по устранению Литвиненко была лично одобрена директором службы Николаем Патрушевым и президентом России Владимиром Путиным. В 329-страничном докладе говорилось, что убийство сотрудника ФСБ в Лондоне было «вероятно одобрено господином Патрушевым и также президентом Путиным». Также судья исключил возможность того, что Литвиненко принял радиоактивный полоний-210 случайно или с тем, чтобы совершить самоубийство. Естественно, столь мучительным способом самоубийства не совершают. Луговой и Корвтун согласились сотрудничать с комиссией на начальных этапах слушаний, но в итоге отказались давать показания. На слушаниях были допрошены свидетели, медицинские эксперты, сотрудники полиции, ученые-физики, специалисты в других областях. Комиссия изучила возможные мотивы убийства Литвиненко, в том числе: его прежняя работа в ФСБ; его публичная критика в адрес Владимира Путина, включая обвинения в педофилии в связях с организованной преступностью; его профессиональная деятельность в Великобритании как специалиста по российской организованной преступности; его работа с испанскими спецслужбами и британской MI6.

Роберт Оуэн назвал пять возможных мотивов преступления:

— месть ФСБ за обвинения со стороны Литвиненко в коррупции и убийствах (в том числе во взрыве жилых домов в 1999 году в Москве и в Волгодонске);

— месть ФСБ за предательство — работу на MI6 и возможные попытки завербовать Лугового;

— месть администрации Путина за сотрудничество Литвиненко с олигархом Борисом Березовским и чеченским полевым командиром Ахмедом Закаевым;

— месть администрации Путина за обвинения президента в преступлениях, включая взрывы домов;

— личная неприязнь Владимира Путина и месть за публичные обвинения в педофилии.

Судья Оуэн пришел к выводу, что не нашла подтверждений версия о том, что заказчиком убийства была «русская мафия». Он также сделал вывод о том, что личных мотивов для убийства ни у Лугового, ни у Ковтуна не было, они действовали по приказу ФСБ. Оуэн перечислил убийства в России политических оппонентов Путина, таких как журналистка Анна Политковская, лидеры связанной с «Либеральной Россией» Сергей Юшенков и Владимир Головлев, вице-президент Чечни Зелимхан Яндарбиев, и подозрительную смерть депутата Думы и журналиста Юрия Щекочихина, равно как и лидеров чеченских боевиков Ибн Хатаба и Лечи Исламова и близко связанного с Путиным и с петербургской оргпреступностью бизнесмена Романа Цепова (подозревают, что все четверо были отравлены). Были процитированы показания свидетелей, утверждавших, что операция, подобная убийству Литвиненко, не могла быть санкционирована без ведома главы ФСБ и, учитывая использование редкого яда, который сама ФСБ не производит, также и Владимира Путина, в чье ведение входят вопросы государственной безопасности. В то же время Оуэн оговорился, что не все свидетели могут считаться беспристрастными, но они могут учитываться комиссией, если они подтверждаются показаниями независимых свидетелей или экспертов.

В российском МИДе публикацию доклада Оэуна расценили негативно и заявили, что расследование обстоятельств смерти Литвиненко британскими следователями «имело ярко выраженную политическую подоплеку». Там также посетовали, что процесс «не являлся прозрачным ни для российской стороны, ни для общественности, учитывая специфику закрытого рассмотрения материалов под предлогом “секретности”». Дмитрий Ковтун утверждал, что все доказательства по делу об убийстве Литвиненко являются сфабрикованными. Андрей Луговой назвал обвинения в свой адрес абсурдными и настаивал, что выводы доклада Оуэна порождены «антироссийской истерией», начавшейся после событий 2014 года на Украине. После доклада Оуэна активы Ковтуна и Лугового на территории Соединенного Королевства были заморожены. Впрочем, нет никаких данных, что к началу 2016 года оба подозреваемых имели хоть какие-то активы в британской юрисдикции. Послу России в Англии Александру Яковенко было выражено «крайнее недовольство» действиями Лугового, Ковтуна и российских спецслужб. Тогдашний премьер-министр Великобритании Дэвид Кэмерон заявил, что доклад Оуэна «подтвердил уже существующие опасения действующего и предыдущего правительств». Выводы комиссии премьер назвал «вызывающими крайнее беспокойство», но предупредил, что правительству придется очень тщательно взвесить все данные в свете необходимости сотрудничества с Россией в борьбе с «Исламским государством».