Первая жена Березовского, Нина Васильевна Короткова, училась с Борисом в одном институте двумя курсами младше. В 1971 и 1973 годах у них родились две дочери, Елизавета и Екатерина. В 1978 году Березовский стал лауреатом Премии Ленинского комсомола.

В 1989 году Березовский основал «ЛогоВАЗ» — компанию, занимавшуюся продажей автомобилей «ВАЗ», отозванных из зарубежных автосалонов ОАО «АВТОВАЗ». В 1991 году она получила статус официального импортёра автомобилей «Мерседес-Бенц» в СССР.

Вторая жена Березовского, с 1991 года, — Галина Бешарова (интересно, что в паспорте одного из «солсберийских отравителей» была похожая фамилия — Боширов). В 1993 году она уехала с детьми в Лондон, и с тех пор супруги совместно не проживали. У них двое детей, Артем и Анастасия, родившиеся соответственно в 1989 и в 1992 годах. Новой спутницей Бориса Березовского после 1993 года стала Елена Горбунова, которая родила ему двоих детей, соответственно в 1996 и 1997 года: дочь Арину и сына Глеба. Они с Березовским познакомились в Москве еще в 1981 году. В январе 2013 года они расстались, после чего Горбунова подала к бывшему гражданскому мужу иск на несколько миллионов фунтов стерлингов. Развестись же с Галиной Бешаровой Березовский смог только в июле 2011 года, после длившегося год бракоразводного процесса, причем ему пришлось выплатить рекордные алименты — предположительно от 165 до 220 миллионов фунтов стерлингов (от 260 до 360 миллионов долларов). Эти отступные для Бешаровой включили в себя денежные средства, акционерный капитал, а также пентхаус в престижном многоэтажном доме в Лондоне, неподалеку от Кенсингтонского дворца и одноименных садов. В связи с разводом Березовский с удовлетворением заявил: «Я всегда верил в британскую юстицию, и данный случай это лишь подтвердил». Судья Элеонор Кинг также была удовлетворена исходом дела, сообщив, что полюбовное решение вопроса пойдет на пользу и самим сторонам, и детям. «Совершенно не важно, о какой сумме идет речь — о тысячах фунтов или сотнях миллионов. Я с уверенностью выношу свое решение по разводу и поздравляю стороны». Березовского на процессе представлял, среди прочих, один из ведущих британских судебных экспертов по вопросам развода Мартин Пойнтер.

В 1994–1997 годах Березовский возглавлял «Автомобильный Всероссийский Альянс» (AVVA), созданный для сбора средств на строительство завода по выпуску дешёвых «народных автомобилей». Многие специалисты подозревали, что AVVA — финансовая пирамида. По данным руководства альянса, в результате размещения своих акций AVVA выручила около 20 млн долларов США. Согласно официальным заявлениям акционерного общества, собранных средств оказалось недостаточно. Были предприняты меры по производству автомобилей в Латинской Америке и Египте. В сентябре 2002 года состоялось открытие завода «GM-АВТОВАЗ».

Березовского обвиняли в организации убийства телеведущего и генерального директора ОРТ Владислава Листьева, происшедшего 1 марта 1995 года. Это утверждал, в частности, американский журналист Пол Хлебников в журнале «Форбс». Однако Березовский выиграл иск к Хлебникову в Высоком суде Лондона. В качестве мотива убийства Листьева рассматривался введенный им временный запрет рекламы на ОРТ, что должно было в дальнейшем привести к смене основных поставщиков рекламы. Однако это решение было принято с одобрения Березовского и Патаркацишвили, и Березовскому не было никакого смысла убивать Листьева. Наоборот, в первом телеинтервью после смерти Листьева Борис Абрамович выглядел очень испуганным и явно опасался, что покушавшиеся на Листьева могут постараться убрать и его самого.

В январе 1995 года Березовский участвовал в создании Общественного российского телевидения и вошёл в совет директоров ОРТ, а в 1999 году приобрёл ИД «Коммерсантъ». Против Березовского, начиная с 1999 года, неоднократно возбуждались уголовные дела.

В 1996 году Березовский стал инициатором переизбрания президента Бориса Ельцина на второй срок, хотя в начале года популярность Бориса Николаевича не превышала 3 %. Борис Абрамович создал «семибанкирщину» — объединение семи крупнейших и наиболее политически влиятельных олигархов, контролировавших основные телевизионные каналы страны, от которых фактически была отлучена оппозиция, и согласившихся финансировать предвыборную кампанию Ельцина, которая обеспечивалась тотальной пропагандой. Благодаря этому, а также массовым фальсификациям в российских автономных республиках Ельцин одержал победу во втором туре над лидером КПРФ Геннадием Зюгановым. В благодарность за победу Березовский был назначен заместителем секретаря Совета безопасности РФ. Он занимал этот пост в 1996–1997 годах и занимался прежде всего урегулированием чеченского конфликта. Борис Абрамович рассчитывал, что Чечня может стать привлекательным местом для инвестиций, на которых удастся заработать, но жестоко ошибся. В 1998–1999 годах Березовский являлся исполнительным секретарем СНГ, а в 1999–2000 годах — депутатом Госдумы.

С 1996 года Березовский являлся членом совета директоров «Сибирской нефтяной компании» («Сибнефть»). Генеральная прокуратура утверждала, что Березовский участвовал в спекуляциях на рынке ГКО, что стало одной из причин дефолта 1998 года.

Начиная с 1996 года и вплоть до 2000 года Березовский оказался вхож в ближайшее окружение Ельцина, был дружен с ее дочерью Татьяной Дьяченко и ее вторым мужем Валентином Юмашевым, в 1997–1998 годах возглавлявшим администрацию президента. Березовский выступал в качестве генератора идей, которые доносили до президента в удобоваримой для него форме Таня и Валя, как звали Дьяченко и Юмашева в узком кругу.

Березовский имел собственную службу безопасности — частное охранное предприятие «Атолл-1», которое возглавлял Сергей Юрьевич Соколов. В 1995 году оно было выделено из состава службы безопасности АО «ЛогоВАЗ» бизнес-партнёру и другу Березовского Аркадию (Бадри) Патаркацишвили. Сотрудники «Атолл-1» занимались не только охраной, но и сбором компромата (в том числе на высокопоставленных лиц) с использованием негласного прослушивания с аудиозаписью телефонных переговоров и помещений и снятием информации с технических каналов связи, скрытой видеосъёмки, наружного наблюдения и др. ЧОП «Атолл-1» было закрыто РУБОП Восточного округа города Москвы в 1999 году, после первого отъезда Березовского в эмиграцию.

В августе 1997 года Счётная палата выявила серьёзные нарушения в отчетности при ревизии финансово-хозяйственной деятельности «Аэрофлота». 18 января 1999 года по материалам проверки Генеральная прокуратура возбудила уголовное дело. Были предъявлены обвинения в незаконной предпринимательской деятельности и отмывании денег первому заместителю гендиректора «Аэрофлота» Николаю Глушкову, коммерческому директору Александру Красненкеру, старшему вице-президенту «Аэрофлота» по финансам Лидии Крыжевской, руководителю Финансовой объединенной корпорации (ФОК) Роману Шейнину и акционеру компании Борису Березовскому. По версии следствия, с 1996 по 1999 год на счета ФОК и швейцарской фирмы Andava было незаконно перечислено 252 млн долларов, выведенных из «Аэрофлота». 5 ноября 1999 года, не без содействия Путина, выдвинутые против Березовского обвинения были сняты.

7 декабря 2000 года Николай Глушков был арестован и помещен в СИЗО «Лефортовская тюрьма». Остальные обвиняемые остались под подпиской о невыезде. Около 10 вечера 29 июня 2001 года Глушков пытался бежать из-под стражи. Он был остановлен у ворот Московского гематологического центра в Ново-Зыковском проезде в тот момент, когда два помощника пытались вывезти его в неизвестном направлении. Ранее Глушков был переведен из СИЗО в медицинский центр в связи с тяжелым наследственным заболеванием (гемахроматозом). Рядом с его палатой круглосуточно находились два сотрудника милиции. В организации побега Глушкова был обвинен близкий друг Березовского — бывший председатель совета директоров телеканала ТВ-6 Бадри Патаркацишвили, которому удалось скрыться в Грузии, где он возглавил национальный олимпийский комитет, и начальник службы безопасности ОРТ Андрей Луговой. В 2004 году суд приговорил Лугового за организацию побега к году и двум месяцам тюремного заключения, и он был освобожден, так как успел отбыть срок в СИЗО. Патаркацишвили и Березовский утверждали, что никакой попытки побега не было, и обвинили ФСБ в провокации.